+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ee0 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of SNX23 PX domain | ||||||||||||
Components | Kinesin-like protein KIF16B | ||||||||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / PX domain / endosome / trafficking / sorting nexin | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information formation of primary germ layer / Golgi to endosome transport / receptor catabolic process / early endosome to late endosome transport / endoderm development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding ...formation of primary germ layer / Golgi to endosome transport / receptor catabolic process / early endosome to late endosome transport / endoderm development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule-based movement / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of receptor recycling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / spindle / early endosome membrane / microtubule binding / microtubule / early endosome / endosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.518 Å | ||||||||||||
Authors | Chandra, M. / Collins, B.M. | ||||||||||||
Funding support | Australia, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Classification of the human phox homology (PX) domains based on their phosphoinositide binding specificities. Authors: Chandra, M. / Chin, Y.K. / Mas, C. / Feathers, J.R. / Paul, B. / Datta, S. / Chen, K.E. / Jia, X. / Yang, Z. / Norwood, S.J. / Mohanty, B. / Bugarcic, A. / Teasdale, R.D. / Henne, W.M. / ...Authors: Chandra, M. / Chin, Y.K. / Mas, C. / Feathers, J.R. / Paul, B. / Datta, S. / Chen, K.E. / Jia, X. / Yang, Z. / Norwood, S.J. / Mohanty, B. / Bugarcic, A. / Teasdale, R.D. / Henne, W.M. / Mobli, M. / Collins, B.M. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ee0.cif.gz | 180.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ee0.ent.gz | 145.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ee0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ee0_validation.pdf.gz | 444 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ee0_full_validation.pdf.gz | 449.3 KB | Display | |
Data in XML | 6ee0_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 6ee0_validation.cif.gz | 21.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6ee0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6ee0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5woeC 6ecmC 6edxC 6mbiC 2v14S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 15621.159 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KIF16B, C20orf23, KIAA1590, SNX23 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q96L93 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.56 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 50 mM Tris (pH 8.5), 0.2 M NaCl, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.518→47.03 Å / Num. obs: 13562 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.518→2.62 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1488 / CC1/2: 0.706 / Rpim(I) all: 0.428 / % possible all: 96.7 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2V14 Resolution: 2.518→47.027 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 29.96 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.518→47.027 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|