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- PDB-5m14: Synthetic nanobody in complex with MBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m14
タイトルSynthetic nanobody in complex with MBP
要素
  • Maltose-binding periplasmic protein
  • synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody synthetic library / maltose bidning protein
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zimmermann, I. / Egloff, P. / Seeger, M.A.
引用ジャーナル: Elife / : 2018
タイトル: Synthetic single domain antibodies for the conformational trapping of membrane proteins.
著者: Zimmermann, I. / Egloff, P. / Hutter, C.A. / Arnold, F.M. / Stohler, P. / Bocquet, N. / Hug, M.N. / Huber, S. / Siegrist, M. / Hetemann, L. / Gera, J. / Gmur, S. / Spies, P. / Gygax, D. / ...著者: Zimmermann, I. / Egloff, P. / Hutter, C.A. / Arnold, F.M. / Stohler, P. / Bocquet, N. / Hug, M.N. / Huber, S. / Siegrist, M. / Hetemann, L. / Gera, J. / Gmur, S. / Spies, P. / Gygax, D. / Geertsma, E.R. / Dawson, R.J. / Seeger, M.A.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein
B: Maltose-binding periplasmic protein
C: synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)
D: synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3654
ポリマ-109,3654
非ポリマー00
18,7361040
1
A: Maltose-binding periplasmic protein
C: synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6822
ポリマ-54,6822
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
2
D: synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)

B: Maltose-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6822
ポリマ-54,6822
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
手法PISA
3
B: Maltose-binding periplasmic protein

D: synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6822
ポリマ-54,6822
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.890, 57.950, 281.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 40806.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: 抗体 synthetic Nanobody L2_G11 (a-MBP#2)


分子量: 13876.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Potassium thiocyanate, 30 % PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 126132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 16.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→49.307 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 6307 5 %
Rwork0.1904 --
obs0.1917 126118 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7635 0 0 1040 8675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59110638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3264629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.35472060.31573913X-RAY DIFFRACTION100
1.6182-1.63720.32492070.32183923X-RAY DIFFRACTION100
1.6372-1.65720.34752100.30433983X-RAY DIFFRACTION100
1.6572-1.67820.35572050.28623901X-RAY DIFFRACTION100
1.6782-1.70020.28422090.28383972X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.72350.29572060.26233908X-RAY DIFFRACTION100
1.7235-1.74820.27382100.26413991X-RAY DIFFRACTION100
1.7482-1.77430.28832060.25873919X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.8020.31792080.25353957X-RAY DIFFRACTION100
1.802-1.83150.26492070.2443933X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.86310.26762110.2314000X-RAY DIFFRACTION100
1.8631-1.8970.23232050.22613901X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.93350.2332130.21654049X-RAY DIFFRACTION100
1.9335-1.9730.22312060.21023899X-RAY DIFFRACTION100
1.973-2.01590.24642080.20953957X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.06270.22882110.20574012X-RAY DIFFRACTION100
2.0627-2.11430.27162080.20763944X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.17150.22242090.20263975X-RAY DIFFRACTION100
2.1715-2.23540.20762110.19944019X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.30750.23522090.1943973X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.390.22312090.18813967X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.48570.22152120.1874024X-RAY DIFFRACTION100
2.4857-2.59880.21822090.19383973X-RAY DIFFRACTION100
2.5988-2.73580.23642130.19034047X-RAY DIFFRACTION100
2.7358-2.90720.22352130.1874040X-RAY DIFFRACTION100
2.9072-3.13170.21732100.18364001X-RAY DIFFRACTION100
3.1317-3.44670.17382150.17044077X-RAY DIFFRACTION100
3.4467-3.94530.19422140.1614074X-RAY DIFFRACTION100
3.9453-4.96990.16462180.14894135X-RAY DIFFRACTION100
4.9699-49.33050.19442290.18094344X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3444-0.0870.08520.073-0.14770.2802-0.150.18530.0148-0.2660.0707-0.27020.07360.0278-00.2694-0.02460.04690.1917-0.00830.275823.528237.451242.1818
20.44360.00270.20940.498-0.21870.36-0.0169-0.2466-0.11310.27630.0094-0.1312-0.04380.0621-00.28920.01010.00810.22330.00260.242721.505833.892658.5793
30.41270.3149-0.35231.0505-0.6320.49840.0742-0.05260.00610.1834-0.03670.1607-0.019-0.03270.00330.273-0.03690.0350.2184-0.00110.20473.308513.321661.0504
40.75180.5423-0.4071.314-0.6440.3973-0.01720.0132-0.01070.08220.03780.03260.0571-0.0765-0.00210.2677-0.02860.02890.1929-0.00550.16917.130916.467754.6004
50.2850.04860.00430.1271-0.01950.0763-0.11380.10120.186-0.080.22110.39-0.0118-0.061300.2344-0.01350.03520.2070.02480.29386.027934.976846.6691
60.12010.213-0.21370.2653-0.31090.2817-0.09050.00640.12030.1806-0.0050.0357-0.0758-0.0029-00.2979-0.02140.03260.22720.0290.28475.415424.298159.0141
70.3324-0.18930.03940.12920.08460.15530.0776-0.1299-0.2730.2877-0.3784-0.66210.09840.3182-0.00080.3731-0.0242-0.06730.36230.13170.416616.08975.913869.2665
80.0880.07880.03730.4328-0.02970.273-0.0641-0.15930.47290.07380.0586-0.2117-0.011-0.0590.01430.1635-0.01580.02940.2427-0.04570.365622.313840.257626.0557
90.53350.43670.15090.4193-0.27910.6091-0.07690.3180.3019-0.36510.0346-0.10090.06930.081-0.1040.3018-0.01610.07310.34180.07520.26918.241836.0410.2447
101.27630.63640.29691.58740.08330.4745-0.0395-0.0038-0.0111-0.2040.009-0.04720.1898-0.0912-0.04370.2459-0.07580.04220.255-0.02580.02962.938920.382714.8722
110.4140.3532-0.00280.47140.18720.1625-0.07640.06370.0732-0.36120.08680.02710.2027-0.14170.00480.3495-0.0883-0.07190.360.04610.1406-2.651725.84444.7283
120.02790.00310.01010.00130.00560.0074-0.0371-0.29370.02190.19220.0818-0.2593-0.16380.293500.30710.0047-0.00430.3196-0.09960.459836.18213.469951.7348
130.0327-0.00860.00180.01320.00720.00190.17760.31820.0733-0.2269-0.1041-0.144-0.11680.3190.00010.2672-0.02040.06490.4083-0.08170.407835.6086-0.543129.9451
14-0.00660.0152-0.0124-0.0026-0.01450.0287-0.054-0.0874-0.18140.18920.0996-0.17650.01380.1819-0.00010.23650.0159-0.00280.2972-0.05950.342635.87633.928546.2141
150.14710.0356-0.03850.16120.10970.07860.1319-0.13970.1417-0.02570.1273-0.0903-0.22180.11-0.00010.2890.01070.04930.2259-0.02130.286427.3598.95950.5609
160.1735-0.00270.09680.05070.07330.0979-0.0620.3631-0.08060.1139-0.20220.0942-0.29940.0289-0.00560.30930.02910.09430.24410.0980.383223.8110.853938.3912
170.0709-0.0202-0.03770.12310.06190.08230.0891-0.0691-0.27330.1939-0.01390.14530.1741-0.11750.00010.2631-0.00610.05060.23460.03660.334622.2499-0.39944.6682
180.0330.03010.00230.0578-0.01740.0191-0.2228-0.0343-0.1347-0.00940.1629-0.36280.19690.117-0.00020.2340.0599-0.02080.2445-0.00530.360133.3759-0.203748.1214
19-0.003-0.0024-0.01540.01530.00670.04360.11050.4366-0.3393-0.30370.15030.2835-0.0354-0.089-00.3138-0.00410.01670.3077-0.00540.350527.77031.337629.6983
200.1813-0.01850.12220.04260.03620.0826-0.0335-0.06280.32310.00760.1958-0.14430.3058-0.0509-00.30460.01330.03320.2306-0.00740.341123.428211.818747.3377
210.04430.04690.03410.07540.04390.1-0.0986-0.0670.1248-0.13690.1223-0.1799-0.13790.0315-00.29240.00780.05250.2016-0.00150.277626.498815.413447.5885
22-0.00260.00490.01660.01660.00120.04370.30490.20170.2343-0.4198-0.1662-0.04020.0830.0612-0.00010.4046-0.01580.10180.3587-0.05020.323834.49775.874229.8842
230.03-0.00470.04450.0406-0.00290.03550.01560.12410.3389-0.28550.07630.0995-0.43730.38050.00010.349-0.02970.06130.40650.04520.7004-1.757-6.700714.7558
240.1271-0.02940.0759-0.0586-0.00950.04970.078-0.01680.4543-0.0757-0.2334-0.0189-0.2994-0.0544-00.2530.03350.07520.2686-0.03410.5588-13.6642-4.698627.1873
250.10830.0893-0.06140.0860.00680.05030.0910.07180.3135-0.09050.09690.0698-0.00410.26460.00410.20330.01540.02850.3133-0.01020.4083-6.2477-15.186417.2379
260.0378-0.0281-0.0330.2958-0.16210.11010.0088-0.06810.04780.04130.20990.16080.15120.33940.0290.15650.0313-0.01050.373-0.13860.4146-4.2531-16.466229.9082
270.11550.0628-0.10310.06060.00930.07550.05120.1623-0.09050.0465-0.0780.0070.0195-0.29570.00240.17970.0277-0.01660.2929-0.05550.4988-15.5918-19.199323.9027
280.0956-0.1837-0.0720.4110.24530.19650.28480.03030.50960.0207-0.44050.02530.20590.0949-0.03880.16730.11620.00260.29650.00020.5739-14.9894-9.654626.6722
290.04450.0323-0.05360.4296-0.92912.13250.195-0.03060.7355-0.31510.0872-0.050.3747-0.16530.1490.07690.02320.02510.3137-0.09640.4789-3.3965-18.558421.1008
300.0204-0.12990.08820.0824-0.2460.72520.2517-0.04460.5475-0.1386-0.05420.0735-0.01750.1190.0620.1364-0.03170.05670.2763-0.08870.5194-3.1669-11.675125.6803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 282 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 283 through 314 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 315 through 333 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 334 through 366 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 42 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 43 through 105 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 106 through 314 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 315 through 366 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid -1 through 7 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 8 through 17 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 18 through 26 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 27 through 39 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 40 through 52 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 53 through 73 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 74 through 83 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 84 through 91 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 92 through 108 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 109 through 118 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 119 through 125 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid -1 through 7 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 8 through 26 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 27 through 39 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 40 through 52 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 53 through 73 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 74 through 91 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 92 through 108 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 109 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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