+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5m13 | ||||||
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Title | Synthetic nanobody in complex with MBP | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / nanobody / synthetic library / maltose binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.372 Å | ||||||
Authors | Zimmermann, I. / Egloff, P. / Seeger, M.A. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2018 Title: Synthetic single domain antibodies for the conformational trapping of membrane proteins. Authors: Zimmermann, I. / Egloff, P. / Hutter, C.A. / Arnold, F.M. / Stohler, P. / Bocquet, N. / Hug, M.N. / Huber, S. / Siegrist, M. / Hetemann, L. / Gera, J. / Gmur, S. / Spies, P. / Gygax, D. / ...Authors: Zimmermann, I. / Egloff, P. / Hutter, C.A. / Arnold, F.M. / Stohler, P. / Bocquet, N. / Hug, M.N. / Huber, S. / Siegrist, M. / Hetemann, L. / Gera, J. / Gmur, S. / Spies, P. / Gygax, D. / Geertsma, E.R. / Dawson, R.J. / Seeger, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5m13.cif.gz | 216.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5m13.ent.gz | 177.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5m13.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m13 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40806.090 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: malE, b4034, JW3994 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0AEX9 | ||
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#2: Antibody | Mass: 13785.271 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) | ||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM Tris pH 8.5, 25 % PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00004 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.372→50 Å / Num. obs: 196280 / % possible obs: 97.79 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 10.04 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.372→47.666 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / Phase error: 18.23
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.372→47.666 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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