PDB-4arx: Lepidoptera-specific toxin Cry1Ac from Bacillus thuringiensis ssp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4arx

タイトル

Lepidoptera-specific toxin Cry1Ac from Bacillus thuringiensis ssp. kurstaki HD-73

要素

PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

キーワード

TOXIN / MEMBRANE PORE-FORMING TOXIN / INSECTICIDAL PROTEIN LEPIDOPTERAN SPECIFICITY / RECEPTOR BINDING SITE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR KURSTAKI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Derbyshire, D.J. / Carroll, J. / Ellar, D.J. / Li, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis of Galnac-Dependent Receptor Recognition by B. Thuringiensis Toxin Cry1Ac
著者: Derbyshire, D.J. / Carroll, J. / Ellar, D.J. / Li, J.

履歴

登録	2012年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4arx.cif.gz	460.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4arx.ent.gz	378.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4arx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aryC 1ciyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wpc-3 4ary-1 6wpc-1 4ary-4 6dj4-d 5wab-2 4ary-3 6wpc-2 5zi1-2 4ary-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

B: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

C: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

D: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

ヘテロ分子

260 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.808, 112.975, 123.299
Angle α, β, γ (deg.)	113.11, 91.52, 100.51
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	A	A	32 - 607	2 - 577
2	1	GLY	GLY	B	B	32 - 607	2 - 577
1	2	GLY	GLY	A	A	32 - 607	2 - 577
2	2	GLY	GLY	C	C	32 - 607	2 - 577
1	3	TYR	TYR	A	A	33 - 607	3 - 577
2	3	TYR	TYR	D	D	33 - 607	3 - 577
1	4	GLY	GLY	B	B	32 - 607	2 - 577
2	4	GLY	GLY	C	C	32 - 607	2 - 577
1	5	TYR	TYR	B	B	33 - 607	3 - 577
2	5	TYR	TYR	D	D	33 - 607	3 - 577
1	6	TYR	TYR	C	C	33 - 607	3 - 577
2	6	TYR	TYR	D	D	33 - 607	3 - 577

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.9958, 0.05312, 0.07401), (0.045, -0.9932, 0.1074), (0.07921, -0.1036, -0.9915)	1.416, 12.83, 85.97
2	given	(0.9961, 0.06099, 0.06348), (-0.05478, 0.9939, -0.09536), (-0.06891, 0.09151, 0.9934)	27.44, -23.31, 56.53
3	given	(0.9965, -0.05359, 0.06442), (-0.05614, -0.9977, 0.03854), (0.0622, -0.04202, -0.9972)	26.3, 38.78, 27.04

#1: タンパク質	PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC / 133 KDA CRYSTAL PROTEIN / CRYSTALINE ENTOMOCIDAL PROTOXIN / INSECTICIDAL DELTA-ENDOTOXIN CRYIA(C) 分子量: 64993.480 Da / 分子数: 4 断片: ACTIVATED TOXIN OBTAINED BY TRYPSIN CLEAVAGE, RESIDUES 31-609 由来タイプ: 天然由来: (天然) BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR KURSTAKI (バクテリア) Variant: HD-73 / 参照: UniProt: P05068
#2: 化合物	ChemComp-13D / 1,3-DIAMINOPROPANE / 1,3-プロパンジアミン分子量: 74.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₁₀N₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	1,3-DIAMINOPROPANE (13D): USING 1,3-DIAMINOPROPANE AS BUFFER DURING PURIFICATION PREVENTED ...1,3-DIAMINOPROPANE (13D): USING 1,3-DIAMINOPROPANE AS BUFFER DURING PURIFICATION PREVENTED AGGREGATION OF CRY1AC.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: FROZEN CRYSTALS WERE ANNEALED BY THAWING IN THE CRYO -PROTECTANT SOLUTION AND RE-FROZEN IN THE VAPOUR OF LIQUID N2.
結晶化	手法: microdialysis / pH: 9.8 詳細: MICRODIALYSIS AGAINST 65-69 MM PIPERAZINE PH 9.8, 25-29 MM NABR, 21-25% GLYCEROL, 9% MPD, 1% PEG350MME. FOR DETAILS SEE REFERNCE 1 IN REMARK 1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.4
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月19日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→43.19 Å / Num. obs: 95755 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.267 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.34→2.47 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 75.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CIY

1ciy

解像度: 2.35→112.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 6.302 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOCAL NCS RESTRAINTS WERE DEFINED AUTOMATICALLY. JELLY BODY RESTRAINTS AGAINST EXCESSIVE POSITION SHIFTS WERE APPLIED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21772	4815	5 %	RANDOM
R_work	0.18382	-	-	-
obs	0.18552	90938	91.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	-0.27 Å²	0.41 Å²
2-	-	-1.1 Å²	-0.74 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→112.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18358	0	26	721	19105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	18859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	12709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.221	1.933	25692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.049	3	30587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.814	5	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.982	23.067	952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.243	15	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.463	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	21415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	22577	0.05
1	2	B	22577	0.05
2	1	A	22573	0.05
2	2	C	22573	0.05
3	1	A	22587	0.04
3	2	D	22587	0.04
4	1	B	22622	0.04
4	2	C	22622	0.04
5	1	B	22496	0.05
5	2	D	22496	0.05
6	1	C	22504	0.04
6	2	D	22504	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	299	-
R_work	0.22	5418	-
obs	-	-	74.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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