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- PDB-4nik: Structure of human Gankyrin in complex to the single chain antibody F5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nik
タイトルStructure of human Gankyrin in complex to the single chain antibody F5
要素
  • 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
  • Single-chain Fv fragment antibody
キーワードOncoprotein/Immune System / beta-hairpin-alpha-hairpin repeat / Oncoprotein / 26S proteasome / Oncoprotein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome regulatory particle assembly / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Proteasome assembly / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transcription factor binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein ubiquitination / proteasome complex ...proteasome regulatory particle assembly / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Proteasome assembly / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transcription factor binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein ubiquitination / proteasome complex / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule cytoskeleton / positive regulation of cell growth / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cytoskeleton / cilium / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...: / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sato, Y. / Weiss, E. / Rochel, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Restricted diversity of antigen binding residues of antibodies revealed by computational alanine scanning of 227 antibody-antigen complexes
著者: Robin, G. / Sato, Y. / Desplancq, D. / Rochel, N. / Weiss, E. / Martineau, P.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
B: Single-chain Fv fragment antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7382
ポリマ－51,7382
非ポリマー00
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.578, 135.578, 68.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-459-

HOH

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要素

#1: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10 / 26S proteasome regulatory subunit p28 / Gankyrin / p28(GANK)


分子量: 24873.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSMD10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75832
#2: 抗体 Single-chain Fv fragment antibody


分子量: 26864.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: semi synthetic scFv / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% PEG8000, 0.1M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 25163 / Num. obs: 25163 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 29.98 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UOH, 3KFU

1uoh

3kfu


解像度: 2.5→29.633 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8739 / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 1284 5.11 %random
Rwork0.1636 ---
all0.1658 25162 --
obs0.1658 25115 98.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.531 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.78 Å2 / Biso mean: 41.7502 Å2 / Biso min: 9.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9597 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.9597 Å2-0 Å2
3----5.9193 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3419 0 0 428 3847
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5003-2.60030.26631440.20982599274398
2.6003-2.71860.25171510.20022607275899
2.7186-2.86180.25011370.18492642277999
2.8618-3.04090.23481340.18942623275799
3.0409-3.27540.20591500.166526432793100
3.2754-3.60450.21541520.148226592811100
3.6045-4.12490.18571450.14382656280199
4.1249-5.19240.18521310.14132649278098
5.1924-29.63550.17191400.15362753289398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.0257 Å / Origin y: 55.9162 Å / Origin z: 29.7362 Å
111213212223313233
T0.084 Å20.0323 Å2-0.0138 Å2-0.061 Å20.0447 Å2--0.0728 Å2
L0.8452 °2-0.2557 °2-0.3265 °2-0.4999 °20.1369 °2--0.9138 °2
S-0.0107 Å °-0.1847 Å °-0.1543 Å °0.0184 Å °0.0045 Å °0.0588 Å °0.203 Å °0.1357 Å °0.034 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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