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- PDB-4gba: DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gba
タイトルDCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide
要素
  • DCN1-like protein 3
  • NEDD8-conjugating enzyme UBE2F
キーワードligase/peptide / E3 ligase / ligase-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of cell cycle process / regulation of protein neddylation / NEDD8 transferase activity / negative regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding ...E2 NEDD8-conjugating enzyme / NEDD8 conjugating enzyme activity / positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of cell cycle process / regulation of protein neddylation / NEDD8 transferase activity / negative regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / NEDD8 ligase activity / response to UV-C / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / post-translational protein modification / response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / positive regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cullin, PONY binding domain / Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / : / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 ...Cullin, PONY binding domain / Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / : / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DCN1-like protein 3 / NEDD8-conjugating enzyme UBE2F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Monda, J.K. / Scott, D.C. / Miller, D.J. / Harper, J.W. / Bennett, E.J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Conservation of Distinctive N-terminal Acetylation-Dependent Interactions across a Family of Mammalian NEDD8 Ligation Enzymes.
著者: Monda, J.K. / Scott, D.C. / Miller, D.J. / Lydeard, J. / King, D. / Harper, J.W. / Bennett, E.J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2012年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 2.02025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCN1-like protein 3
B: DCN1-like protein 3
F: NEDD8-conjugating enzyme UBE2F
G: NEDD8-conjugating enzyme UBE2F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6524
ポリマ－56,6524
非ポリマー00
水2,378132
1
A: DCN1-like protein 3
F: NEDD8-conjugating enzyme UBE2F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3262
ポリマ－28,3262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
2
B: DCN1-like protein 3
G: NEDD8-conjugating enzyme UBE2F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3262
ポリマ－28,3262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.465, 44.578, 101.216
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DCN1-like protein 3 / DCUN1 domain-containing protein 3 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 3


分子量: 25671.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCUN1D3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IWE4
#2: タンパク質・ペプチド NEDD8-conjugating enzyme UBE2F / NEDD8 carrier protein UBE2F / NEDD8 protein ligase UBE2F / NEDD8-conjugating enzyme 2 / Ubiquitin- ...NEDD8 carrier protein UBE2F / NEDD8 protein ligase UBE2F / NEDD8-conjugating enzyme 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 F


分子量: 2654.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969M7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: crystals in 2.28M sodium malonate, seeded into 2.05M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月14日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.1 Å / Num. all: 28832 / Num. obs: 28812 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.4-2.49197.9
2.49-2.59198.8
2.59-2.7199.9
2.7-2.851100
2.85-3.021100
3.02-3.261100
3.26-3.581100
3.58-4.11100
4.1-5.161100
5.16-301100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.085 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 1466 5.09 %random
Rwork0.1939 ---
obs0.1956 28812 99.44 %-
all-28832 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.838 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1497 Å2-0 Å2-9.9209 Å2
2---10.8347 Å20 Å2
3----0.8215 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 0 132 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0324701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2851263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48280.311460.26742608X-RAY DIFFRACTION96
2.4828-2.58220.31131330.25532703X-RAY DIFFRACTION99
2.5822-2.69960.29441330.2362737X-RAY DIFFRACTION100
2.6996-2.84180.27081580.21362703X-RAY DIFFRACTION100
2.8418-3.01970.28691450.20782717X-RAY DIFFRACTION100
3.0197-3.25260.22321620.18912722X-RAY DIFFRACTION100
3.2526-3.57940.21691440.1872744X-RAY DIFFRACTION100
3.5794-4.09610.20211530.16712771X-RAY DIFFRACTION100
4.0961-5.1560.18121310.15932780X-RAY DIFFRACTION100
5.156-29.08710.20941610.20472861X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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