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- PDB-1erz: CRYSTAL STRUCTURE OF N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1erz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE WITH A NOVEL CATALYTIC FRAMEWORK COMMON TO AMIDOHYDROLASES
要素N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / four-layer sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nakai, T. / Hasegawa, T. / Yamashita, E. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Ueki, T. / Nanba, H. / Ikenaka, Y. / Takahashi, S. / Sato, M. / Tsukihara, T.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase with a novel catalytic framework common to amidohydrolases.
著者: Nakai, T. / Hasegawa, T. / Yamashita, E. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Ueki, T. / Nanba, H. / Ikenaka, Y. / Takahashi, S. / Sato, M. / Tsukihara, T.
#1: ジャーナル: BIOSCI.BIOTECHNOL.BIOCHEM. / 年: 1998
タイトル: Isolation of Agrobacterium sp. Strain KNK712 that Produces N-carbamyl-D-amino acid Amidohydrolase, Cloning of the Gene for this Enzyme, and Properties of the Enzyme.
著者: Nanba, H. / Ikenaka, Y. / Yamada, Y. / Yajima, K. / Takano, M. / Takahashi, S.
#2: ジャーナル: PATENT / 年: 1999
タイトル: Crystals and Three-dimensional Structure of DCase, and their Use
著者: Nakai, T. / Morikawa, S. / Ishii, K. / Nanba, H. / Yajima, K. / Ikenaka, Y. / Takahashi, S.
履歴
登録2000年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_patent
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE
B: N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3982
ポリマ－68,3982
非ポリマー00
水13,673759
1
A: N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE
B: N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE

A: N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE
B: N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,7964
ポリマ－136,7964
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.84, 137.83, 68.39
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21B-699-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and B. A symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 N-CARBAMYL-D-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE


分子量: 34199.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrobacterium sp. (バクテリア) / 株: KNK712 / プラスミド: PAD108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P60327, N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, lithium chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 M1reservoirLiSO4
20.1 MHEPES1reservoir
320 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.9341
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9341 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→69 Å / Num. all: 68606 / Num. obs: 68596 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Num. unique all: 6418 / % possible all: 91.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 189832
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→69 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3492 -RANDOM
Rwork0.176 ---
all-68596 --
obs-65104 91.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4814 0 0 759 5573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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