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タイトルThe Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
ジャーナル・号・ページJ. Struct. Funct. Genomics, Vol. 11, Page 167-, Year 2010
掲載日2006年6月22日 (構造データの登録日)
著者Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. ...Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
リンクJ. Struct. Funct. Genomics / PubMed:20419351
手法X線回折
解像度1.1 - 2.9 Å
構造データ

PDB-2ivy:
Crystal structure of hypothetical protein sso1404 from Sulfolobus solfataricus P2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-2jg5:
CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-2jg6:
CRYSTAL STRUCTURE OF A 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE I FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2vw8:
Crystal Structure of Quinolone signal response protein pqsE from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-2vxz:
Crystal Structure of hypothetical protein PyrSV_gp04 from Pyrobaculum spherical virus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2wj9:
ArdB
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-2x0o:
Apo structure of the Alcaligin biosynthesis protein C (AlcC) from Bordetella bronchiseptica
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-2x3d:
Crystal Structure of SSo6206 from Sulfolobus solfataricus P2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-2x3e:
Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III, FabH from Pseudomonas aeruginosa PAO1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-2x3f:
Crystal Structure of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Sar2676, a Pantothenate Synthetase.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-2x3g:
Crystal Structure of the hypothetical protein ORF119 from Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2x3l:
Crystal Structure of the Orn_Lys_Arg decarboxylase family protein SAR0482 from Methicillin-resistant Staphylococcus aureus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2x3m:
Crystal Structure of Hypothetical Protein ORF239 from Pyrobaculum Spherical Virus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-2x3n:
Crystal structure of pqsL, a probable FAD-dependent monooxygenase from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-2x3o:
Crystal Structure of the Hypothetical Protein PA0856 from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-2x48:
ORF 55 from Sulfolobus islandicus rudivirus 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-2x4g:
Crystal structure of PA4631, a nucleoside-diphosphate-sugar epimerase from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-2x4h:
Crystal Structure of the hypothetical protein SSo2273 from Sulfolobus solfataricus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-2x4i:
ORF 114a from Sulfolobus islandicus rudivirus 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-2x4j:
Crystal structure of ORF137 from Pyrobaculum spherical virus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-2x4k:
Crystal structure of SAR1376, a putative 4-oxalocrotonate tautomerase from the methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-2x4l:
Crystal structure of DesE, a ferric-siderophore receptor protein from Streptomyces coelicolor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-2x5c:
Crystal structure of hypothetical protein ORF131 from Pyrobaculum Spherical Virus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2x5d:
Crystal Structure of a probable aminotransferase from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-2x5f:
Crystal structure of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus Sar2028, an aspartate_tyrosine_phenylalanine pyridoxal-5'-phosphate dependent aminotransferase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2x5g:
Crystal structure of the ORF131L51M mutant from Sulfolobus islandicus rudivirus 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2x5h:
Crystal structure of the ORF131 L26M L51M double mutant from Sulfolobus islandicus rudivirus 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2x5p:
Crystal structure of the Streptococcus pyogenes fibronectin binding protein Fbab-B
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-2x5q:
Crystal Structure of Hypothetical protein sso1986 from Sulfolobus solfataricus P2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-2x5r:
Crystal Structure of the hypothetical protein ORF126 from Pyrobaculum spherical virus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2x5t:
Crystal structure of ORF131 from Sulfolobus islandicus rudivirus 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-2x7b:
Crystal structure of the N-terminal acetylase Ard1 from Sulfolobus solfataricus P2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-2x7i:
Crystal structure of mevalonate kinase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus MRSA252
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-2xu2:
Crystal Structure of the hypothetical protein PA4511 from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-CAC:
CACODYLATE ION / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-BME:
BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-APC:
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / α,β-メチレンATP / AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸

ChemComp-SM:
SAMARIUM (III) ION / サマリウム

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM / HEPES

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MLI:
MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸

ChemComp-COA:
COENZYME A / CoA / 補酵素A

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸

由来
  • sulfolobus solfataricus (古細菌)
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • pseudomonas aeruginosa pao1 (緑膿菌)
  • pyrobaculum spherical virus (ウイルス)
  • escherichia coli cft073 (大腸菌)
  • bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
  • staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
  • sulfolobus islandicus rudivirus 1 variant xx (ウイルス)
  • sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1 (ウイルス)
  • streptomyces coelicolor (バクテリア)
  • sulfolobus islandicus rudivirus 1 (ウイルス)
  • streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CAS / RNAI (RNA干渉) / CRISPR (CRISPR) / TRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / 1-PHOSPHOFRUCTOKINASE / HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / 3-METHYLADENINE-DNA-GLYCOSYLASE-I / SIGNALING PROTEIN / QUINOLONE SIGNAL RESPONSE PROTEIN / SSPF / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / ORF165A / HYDROLASE INHIBITOR / ANTIRESTRICTION / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / ALCALIGIN BIOSYNTHESIS / ADENYLATION (アデニリル化) / SIDEROPHORES (シデロホア) / IRON ACQUISITION / HED / ACYLTRANSFERASE (アシルトランスフェラーゼ) / LIPID SYNTHESIS (脂質代謝) / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / FATTY ACID BIOSYNTHESIS (脂肪酸の合成) / LIGASE (リガーゼ) / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PANTOTHENATE BIOSYNTHESIS / HOST MEMBRANE / LYASE (リアーゼ) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MONOOXYGENASE / ARCHEAL VIRUS / ISOMERASE (異性化酵素) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DUF1874 / TRANSPORT / PROTEIN BINDING (タンパク質) / DOMAIN-SWAP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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