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3N6L	The crystal structure of RNA-dependent RNA polymerase of EV71 virus 分子名称: NICKEL (II) ION, RNA-dependent RNA polymerase 著者 Wu, Y, Rao, Z.H. 登録日 2010-05-26 公開日 2011-06-15 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Structures of EV71 RNA-dependent RNA polymerase in complex with substrate and analogue provide a drug target against the hand-foot-and-mouth disease pandemic in China. Protein Cell, 1, 2010
4HHJ	Dengue serotype 3 RNA-dependent RNA polymerase 分子名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER, HEXAETHYLENE GLYCOL, Non-structural protein 5, ... 著者 Noble, C.G, Lescar, J. 登録日 2012-10-10 公開日 2013-02-27 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.79 Å) 主引用文献 Conformational flexibility of the Dengue virus RNA-dependent RNA polymerase revealed by a complex with an inhibitor J.Virol., 87, 2013
6KWR	Crystal structure of enterovirus 71 polymerase elongation complex (ddCTP form) 分子名称: 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE, MAGNESIUM ION, RNA (31-MER), ... 著者 Shi, W, Gong, P. 登録日 2019-09-08 公開日 2019-12-11 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 A nucleobase-binding pocket in a viral RNA-dependent RNA polymerase contributes to elongation complex stability. Nucleic Acids Res., 48, 2020
6KWQ	Crystal structure of enterovirus 71 polymerase elongation complex (native form) 分子名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER, GLYCEROL, MAGNESIUM ION, ... 著者 Shi, W, Gong, P. 登録日 2019-09-08 公開日 2019-12-11 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.76 Å) 主引用文献 A nucleobase-binding pocket in a viral RNA-dependent RNA polymerase contributes to elongation complex stability. Nucleic Acids Res., 48, 2020
5U04	Crystal structure of Zika virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase 分子名称: PHOSPHATE ION, ZINC ION, Zika Virus NS5 RdRp 著者 Godoy, A.S, Lima, G.M.A, Oliveira, K.I.Z, Torres, N.U, Maluf, F.V, Guido, R.V.C, Oliva, G. 登録日 2016-11-22 公開日 2017-02-22 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Crystal structure of Zika virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase. Nat Commun, 8, 2017
6IZZ	The RNA-dependent RNA polymerase domain of dengue 3 NS5, bound with RK-0404678 分子名称: 2-oxo-2H-1,3-benzoxathiol-5-yl acetate, Genome polyprotein, ZINC ION 著者 Shimizu, H, Sekine, S. 登録日 2018-12-20 公開日 2019-12-25 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.97 Å) 主引用文献 Discovery of a small molecule inhibitor targeting dengue virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase. Plos Negl Trop Dis, 13, 2019
6J00	The RNA-dependent RNA polymerase domain of dengue 3 NS5 分子名称: Genome polyprotein, ZINC ION 著者 Shimizu, H, Sekine, S. 登録日 2018-12-20 公開日 2019-12-25 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.14 Å) 主引用文献 Discovery of a small molecule inhibitor targeting dengue virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase. Plos Negl Trop Dis, 13, 2019
6IZY	The RNA-dependent RNA polymerase domain of dengue 2 NS5 分子名称: COBALT (II) ION, Genome polyprotein, ZINC ION 著者 Shimizu, H, Sekine, S. 登録日 2018-12-20 公開日 2019-12-25 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.11 Å) 主引用文献 Discovery of a small molecule inhibitor targeting dengue virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase. Plos Negl Trop Dis, 13, 2019
6IZX	The RNA-dependent RNA polymerase domain of dengue 2 NS5, bound with RK-0404678 分子名称: 2-oxo-2H-1,3-benzoxathiol-5-yl acetate, COBALT (II) ION, Genome polyprotein, ... 著者 Shimizu, H, Sekine, S. 登録日 2018-12-20 公開日 2019-12-25 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.43 Å) 主引用文献 Discovery of a small molecule inhibitor targeting dengue virus NS5 RNA-dependent RNA polymerase. Plos Negl Trop Dis, 13, 2019
1U09	Footand Mouth Disease Virus RNA-dependent RNA polymerase 分子名称: polyprotein 著者 Ferrer-Orta, C, Arias, A, Perez-Luque, R, Escarmis, C, Domingo, E, Verdaguer, N. 登録日 2004-07-13 公開日 2004-08-31 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.91 Å) 主引用文献 Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus RNA-dependent RNA Polymerase and Its Complex with a Template-Primer RNA J.Biol.Chem., 279, 2004
3QID	Crystal structures and functional analysis of murine norovirus RNA-dependent RNA polymerase 分子名称: GLYCEROL, MANGANESE (III) ION, RNA dependent RNA polymerase, ... 著者 Kim, K.H, Intekhab, A, Lee, J.H. 登録日 2011-01-27 公開日 2011-12-21 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Crystal structures of murine norovirus-1 RNA-dependent RNA polymerase. J.Gen.Virol., 92, 2011
8WIL	Crystal structure of Jingmen tick virus RNA-dependent RNA polymerase (D55 construct) 分子名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER, GLYCEROL, Jingmen tick virus NSP1, ... 著者 Wang, X, Jing, X, Deng, F, Gong, P. 登録日 2023-09-24 公開日 2024-01-17 最終更新日 2024-04-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 A jingmenvirus RNA-dependent RNA polymerase structurally resembles the flavivirus counterpart but with different features at the initiation phase. Nucleic Acids Res., 52, 2024
8WIM	Crystal structure of Jingmen tick virus RNA-dependent RNA polymerase (D307 construct) 分子名称: DI(HYDROXYETHYL)ETHER, GLYCEROL, Jingmen tick virus NSP1, ... 著者 Wang, X, Jing, X, Deng, F, Gong, P. 登録日 2023-09-24 公開日 2024-01-17 最終更新日 2024-04-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.84 Å) 主引用文献 A jingmenvirus RNA-dependent RNA polymerase structurally resembles the flavivirus counterpart but with different features at the initiation phase. Nucleic Acids Res., 52, 2024
3JA4	RNA-dependent RNA polymerases of transcribing cypoviruses 分子名称: RNA-dependent RNA polymerase 著者 Liu, H, Cheng, L. 登録日 2015-04-20 公開日 2015-10-28 最終更新日 2024-03-20 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.8 Å) 主引用文献 Cryo-EM shows the polymerase structures and a nonspooled genome within a dsRNA virus. Science, 349, 2015
4HDH	Crystal Structure of viral RdRp in complex with ATP 分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, Polyprotein, ZINC ION 著者 Surana, P, Nair, D.T. 登録日 2012-10-02 公開日 2013-12-25 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.28 Å) 主引用文献 RNA-dependent RNA polymerase of Japanese encephalitis virus binds the initiator nucleotide GTP to form a mechanistically important pre-initiation state. Nucleic Acids Res., 42, 2014
4HDG	Crystal Structure of viral RdRp in complex with GTP 分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, Polyprotein, ZINC ION 著者 Surana, P, Nair, D.T. 登録日 2012-10-02 公開日 2013-12-25 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.38 Å) 主引用文献 RNA-dependent RNA polymerase of Japanese encephalitis virus binds the initiator nucleotide GTP to form a mechanistically important pre-initiation state. Nucleic Acids Res., 42, 2014
4MTP	RdRp from Japanesese Encephalitis Virus 分子名称: RNA dependent RNA polymerase, ZINC ION 著者 Surana, P, Nair, D.T. 登録日 2013-09-20 公開日 2013-12-25 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.65 Å) 主引用文献 RNA-dependent RNA polymerase of Japanese encephalitis virus binds the initiator nucleotide GTP to form a mechanistically important pre-initiation state. Nucleic Acids Res., 42, 2014
2PGG	Crystal Structure of a Birnavirus (IBDV) RNA-dependent RNA Polymerase VP1 分子名称: RNA-directed RNA polymerase 著者 Pan, J, Vakharia, V.N, Tao, Y.J. 登録日 2007-04-09 公開日 2007-05-22 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 The structure of a birnavirus polymerase reveals a distinct active site topology. Proc.Natl.Acad.Sci.Usa, 104, 2007
1YUY	HEPATITIS C VIRUS NS5B RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE GENOTYPE 2a 分子名称: RNA-Dependent RNA polymerase, SULFATE ION 著者 Biswal, B.K, Cherney, M.M, Wang, M, Chan, L, Yannopoulos, C.G, Bilimoria, D, Nicolas, O, Bedard, J, James, M.N.G. 登録日 2005-02-14 公開日 2005-03-22 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Crystal structures of the RNA dependent RNA polymerase genotype 2a of hepatitis C virus reveal two conformations and suggest mechanisms of inhibition by non-nucleoside inhibitors. J.Biol.Chem., 280, 2005
6TZ0	In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at abortive state 分子名称: RNA-dependent RNA Polymerase, Viral structural protein 4 著者 Cui, Y.X, Zhang, Y.N, Sun, J.C, Zhou, Z.H. 登録日 2019-08-09 公開日 2019-11-20 最終更新日 2024-03-20 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.8 Å) 主引用文献 Conservative transcription in three steps visualized in a double-stranded RNA virus. Nat.Struct.Mol.Biol., 26, 2019
1HHS	RNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 分子名称: MANGANESE (II) ION, RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE 著者 Grimes, J.M, Butcher, S.J, Makeyev, E.V, Bamford, D.H, Stuart, D.I. 登録日 2000-12-28 公開日 2001-03-27 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 A Mechanism for Initiating RNA-Dependent RNA Polymerization Nature, 410, 2001
7BZF	COVID-19 RNA-dependent RNA polymerase post-translocated catalytic complex 分子名称: Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, RNA (31-MER), ... 著者 Wang, Q, Gao, Y, Ji, W, Mu, A, Rao, Z. 登録日 2020-04-27 公開日 2020-06-03 最終更新日 2024-03-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.26 Å) 主引用文献 Structural Basis for RNA Replication by the SARS-CoV-2 Polymerase. Cell, 182, 2020
7B3B	Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with Remdesivir at position -3 (structure 1) 分子名称: DNA/RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*G)-D(P*(RMP))-R(P*UP*G)-3'), Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, ... 著者 Kokic, G, Hillen, H.S, Tegunov, D, Dienemann, C, Seitz, F, Schmitzova, J, Farnung, L, Siewert, A, Hoebartner, C, Cramer, P. 登録日 2020-11-30 公開日 2020-12-23 最終更新日 2022-07-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.1 Å) 主引用文献 Mechanism of SARS-CoV-2 polymerase stalling by remdesivir. Nat Commun, 12, 2021
7B3C	Structure of elongating SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with Remdesivir at position -4 (structure 2) 分子名称: DNA/RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*A)-D(P*(RMP))-R(P*GP*UP*G)-3'), Non-structural protein 7, Non-structural protein 8, ... 著者 Kokic, G, Hillen, H.S, Tegunov, D, Dienemann, C, Seitz, F, Schmitzova, J, Farnung, L, Siewert, A, Hoebartner, C, Cramer, P. 登録日 2020-11-30 公開日 2020-12-23 最終更新日 2022-07-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Mechanism of SARS-CoV-2 polymerase stalling by remdesivir. Nat Commun, 12, 2021
2IJD	Crystal Structure of the Poliovirus Precursor Protein 3CD 分子名称: Picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase, SULFATE ION, ... 著者 Marcotte, L.L, Gohara, D.W, Filman, D.J, Hogle, J.M. 登録日 2006-09-29 公開日 2007-02-13 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.4 Å) 主引用文献 Crystal structure of poliovirus 3CD: virally-encoded protease and precursor to the RNA-dependent RNA polymerase. J.Virol., 81, 2007

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