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4GB0	Crystal Structure of the RING domain of RNF168 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168, MALONATE ION, ZINC ION 著者 Zhang, X.Q, Wang, C.L, Zang, J.Y. 登録日 2012-07-26 公開日 2013-07-10 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Structural basis for role of ring finger protein RNF168 RING domain Cell Cycle, 12, 2013
2K4D	E2-c-Cbl recognition is necessary but not sufficient for ubiquitination activity 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase CBL, ZINC ION 著者 Huang, A, De Jong, R.N, Wienk, H, Winkler, S.G, Timmers, H.T.M, Boelens, R. 登録日 2008-06-06 公開日 2009-01-20 最終更新日 2023-06-14 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 E2-c-Cbl recognition is necessary but not sufficient for ubiquitination activity J.Mol.Biol., 385, 2009
2ECW	Solution structure of the Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) domain Tripartite motif protein 30 分子名称: Tripartite motif-containing protein 30, ZINC ION 著者 Abe, H, Miyamoto, K, Tochio, N, Yoneyama, M, Kigawa, T, Yokoyama, S, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) 登録日 2007-02-14 公開日 2008-02-26 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of the Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) domain Tripartite motif protein 30 To be Published
5YUF	Crystal Structure of PML RING tetramer 分子名称: Protein PML, ZINC ION 著者 Wang, P, Benhend, S, Wu, H, Breitenbach, V, Zhen, T, Jollivet, F, Peres, L, Li, Y, Chen, S, Chen, Z, de THE, H, Meng, G. 登録日 2017-11-22 公開日 2018-04-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 RING tetramerization is required for nuclear body biogenesis and PML sumoylation. Nat Commun, 9, 2018
6IR0	Zinc finger domain of the human DTX protein 分子名称: Probable E3 ubiquitin-protein ligase DTX2, ZINC ION 著者 Miyamoto, K. 登録日 2018-11-09 公開日 2019-11-13 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Zinc finger domain of the human DTX protein adopts a unique RING fold. Protein Sci., 28, 2019
4R7E	Structure of Bre1 RING domain 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1, ZINC ION 著者 Kumar, P, Wolberger, C. 登録日 2014-08-27 公開日 2015-05-13 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.251 Å) 主引用文献 Structure of the yeast Bre1 RING domain. Proteins, 83, 2015
3L11	Crystal Structure of the Ring Domain of RNF168 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168, MALONATE ION, ZINC ION 著者 Neculai, D, Yermekbayeva, L, Crombet, L, Weigelt, J, Bountra, C, Edwards, A.M, Arrowsmith, C.H, Bochkarev, A, Dhe-Paganon, S, Structural Genomics Consortium (SGC) 登録日 2009-12-10 公開日 2010-01-19 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.12 Å) 主引用文献 Molecular insights into the function of RING finger (RNF)-containing proteins hRNF8 and hRNF168 in Ubc13/Mms2-dependent ubiquitylation. J.Biol.Chem., 287, 2012
2LDR	Solution structure of Helix-RING domain of Cbl-b in the Tyr363 phosphorylated form 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, ZINC ION 著者 Kumeta, H, Kobashigawa, Y, Inagaki, F. 登録日 2011-06-01 公開日 2011-12-14 最終更新日 2023-06-14 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Autoinhibition and phosphorylation-induced activation mechanisms of human cancer and autoimmune disease-related E3 protein Cbl-b Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 108, 2011
1CHC	STRUCTURE OF THE C3HC4 DOMAIN BY 1H-NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; A NEW STRUCTURAL CLASS OF ZINC-FINGER 分子名称: EQUINE HERPES VIRUS-1 RING DOMAIN, ZINC ION 著者 Barlow, P.N, Everett, R.D, Luisi, B. 登録日 1994-02-02 公開日 1994-04-30 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structure of the C3HC4 domain by 1H-nuclear magnetic resonance spectroscopy. A new structural class of zinc-finger. J.Mol.Biol., 237, 1994
2MWX	The RING Domain of human Promyelocytic Leukemia Protein (PML) 分子名称: Protein PML, ZINC ION 著者 Huang, S.Y, Chang, C.F, Fan, P.J, Guntert, P, Shih, H.M, Huang, T.H. 登録日 2014-12-02 公開日 2015-02-11 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The RING domain of human promyelocytic leukemia protein (PML). J.Biomol.Nmr, 61, 2015
1BOR	TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC 分子名称: TRANSCRIPTION FACTOR PML, ZINC ION 著者 Borden, K.L.B, Freemont, P.S. 登録日 1995-09-27 公開日 1997-04-01 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The solution structure of the RING finger domain from the acute promyelocytic leukaemia proto-oncoprotein PML. EMBO J., 14, 1995
5H7R	Structural basis of the flanking zinc-finger motifs crucial for the E3 ligase activity of the LNX1 RING domain 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase LNX, ZINC ION 著者 Nayak, D, Sivaraman, J. 登録日 2016-11-21 公開日 2017-11-29 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å) 主引用文献 Structure of LNX1:Ubc13~Ubiquitin Complex Reveals the Role of Additional Motifs for the E3 Ligase Activity of LNX1. J. Mol. Biol., 430, 2018
5TRB	Crystal structure of the RNF20 RING domain 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A, ZINC ION 著者 Foglizzo, M, Middleton, A.J, Day, C.L. 登録日 2016-10-25 公開日 2016-11-02 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Structure and Function of the RING Domains of RNF20 and RNF40, Dimeric E3 Ligases that Monoubiquitylate Histone H2B. J.Mol.Biol., 428, 2016
6DBO	Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs 分子名称: CALCIUM ION, Forward strand of substrate RSS DNA, Recombination activating gene 1 - MBP chimera, ... 著者 Wu, H, Liao, M, Ru, H, Mi, W. 登録日 2018-05-03 公開日 2018-08-01 最終更新日 2024-03-13 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.4 Å) 主引用文献 DNA melting initiates the RAG catalytic pathway. Nat. Struct. Mol. Biol., 25, 2018
1FBV	STRUCTURE OF A CBL-UBCH7 COMPLEX: RING DOMAIN FUNCTION IN UBIQUITIN-PROTEIN LIGASES 分子名称: SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL, SULFATE ION, UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E12-18 KDA UBCH7, ... 著者 Zheng, N, Wang, P, Jeffrey, P.D, Pavletich, N.P. 登録日 2000-07-17 公開日 2000-08-30 最終更新日 2017-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 Structure of a c-Cbl-UbcH7 complex: RING domain function in ubiquitin-protein ligases. Cell(Cambridge,Mass.), 102, 2000
7LYB	Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c 分子名称: BRCA1-associated RING domain protein 1, DNA (146-MER), DNA (147-MER), ... 著者 Hu, Q, Botuyan, M.V, Zhao, D, Cui, D, Mer, E, Mer, G. 登録日 2021-03-06 公開日 2021-07-28 最終更新日 2021-09-01 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.28 Å) 主引用文献 Mechanisms of BRCA1-BARD1 nucleosome recognition and ubiquitylation. Nature, 596, 2021
6V0V	Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 分子名称: CALCIUM ION, DNA (30-MER), V(D)J recombination-activating protein 1, ... 著者 Chen, X, Yang, W, Gellert, M. 登録日 2019-11-19 公開日 2020-01-29 最終更新日 2024-03-06 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.61 Å) 主引用文献 Cutting antiparallel DNA strands in a single active site. Nat.Struct.Mol.Biol., 27, 2020
1RMD	RAG1 DIMERIZATION DOMAIN 分子名称: RAG1, ZINC ION 著者 Bellon, S.F, Rodgers, K.K, Schatz, D.G, Coleman, J.E, Steitz, T.A. 登録日 1997-01-10 公開日 1997-07-23 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Crystal structure of the RAG1 dimerization domain reveals multiple zinc-binding motifs including a novel zinc binuclear cluster. Nat.Struct.Biol., 4, 1997
6FGA	Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21, GLYCEROL, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1, ... 著者 Anandapadamanaban, M, Moche, M, Sunnerhagen, M. 登録日 2018-01-10 公開日 2019-06-12 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.82 Å) 主引用文献 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21-mediated lysine capture by UBE2E1 reveals substrate-targeting mode of a ubiquitin-conjugating E2. J.Biol.Chem., 294, 2019
7JZV	Cryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to a nucleosome 分子名称: BRCA1,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3, BRCA1-associated RING domain protein 1, Histone H2A type 2-A, ... 著者 Witus, S.R, Burrell, A.L, Hansen, J.M, Farrell, D.P, Dimaio, F, Kollman, J.M, Klevit, R.E. 登録日 2020-09-02 公開日 2021-02-17 最終更新日 2024-03-06 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.9 Å) 主引用文献 BRCA1/BARD1 site-specific ubiquitylation of nucleosomal H2A is directed by BARD1. Nat.Struct.Mol.Biol., 28, 2021
1JM7	Solution structure of the BRCA1/BARD1 RING-domain heterodimer 分子名称: BRCA1-ASSOCIATED RING DOMAIN PROTEIN 1, BREAST CANCER TYPE 1 SUSCEPTIBILITY PROTEIN, ZINC ION 著者 Brzovic, P.S, Rajagopal, P, Hoyt, D.W, King, M.-C, Klevit, R.E. 登録日 2001-07-17 公開日 2001-10-03 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structure of a BRCA1-BARD1 heterodimeric RING-RING complex. Nat.Struct.Biol., 8, 2001
8IEJ	RNF20-RNF40/hRad6A-Ub/nucleosome complex 分子名称: DNA (147-MER), E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, ... 著者 Ai, H, Deng, Z, Sun, M, Du, Y, Pan, M, Liu, L. 登録日 2023-02-15 公開日 2023-09-06 最終更新日 2023-09-20 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.12 Å) 主引用文献 Mechanistic insights into nucleosomal H2B monoubiquitylation mediated by yeast Bre1-Rad6 and its human homolog RNF20/RNF40-hRAD6A. Mol.Cell, 83, 2023
3KNV	Crystal structure of the RING and first zinc finger domains of TRAF2 分子名称: TNF receptor-associated factor 2, ZINC ION 著者 Yin, Q, Wu, H. 登録日 2009-11-12 公開日 2009-11-24 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Structural basis for the lack of E2 interaction in the RING domain of TRAF2. Biochemistry, 48, 2009
7OIM	Mouse RNF213, with mixed nucleotides bound 分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, E3 ubiquitin-protein ligase RNF213, ... 著者 Grabarczyk, D, Ahel, J, Clausen, T. 登録日 2021-05-11 公開日 2022-06-01 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4 Å) 主引用文献 E3 ubiquitin ligase RNF213 employs a non-canonical zinc finger active site and is allosterically regulated by ATP To Be Published
7OIK	Mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized 分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, E3 ubiquitin-protein ligase RNF213, MAGNESIUM ION, ... 著者 Grabarczyk, D, Ahel, J, Clausen, T. 登録日 2021-05-11 公開日 2022-06-01 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.5 Å) 主引用文献 E3 ubiquitin ligase RNF213 employs a non-canonical zinc finger active site and is allosterically regulated by ATP To Be Published

 

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