PDB: 187 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

---

4UUS	CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 分子名称: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3', 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3', HOMEOTIC PROTEIN EXTRADENTICLE, ... 著者 Foos, N, Mate, M.J, Ortiz-Lombardia, M. 登録日 2014-07-31 公開日 2015-02-18 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.55 Å) 主引用文献 A Flexible Extension of the Drosophila Ultrabithorax Homeodomain Defines a Novel Hox/Pbc Interaction Mode. Structure, 23, 2015
7U0I	Structure of LIN28b nucleosome bound 2 OCT4 分子名称: DNA (162-MER), Histone H2A type 2-C, Histone H2B type 2-E, ... 著者 Tengfei, L, Guan, R, Bai, Y. 登録日 2022-02-18 公開日 2023-06-28 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.6 Å) 主引用文献 Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4. Mol.Cell, 83, 2023
7U0G	structure of LIN28b nucleosome bound 3 OCT4 分子名称: DNA (162-MER), Histone H2A type 2-C, Histone H2B type 2-E, ... 著者 Lian, T, Guan, R, Bai, Y. 登録日 2022-02-18 公開日 2023-06-28 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.6 Å) 主引用文献 Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4. Mol.Cell, 83, 2023
3D1N	Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with corticotrophin-releasing hormone gene promoter 分子名称: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3', 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3', POU domain, ... 著者 Pereira, J.H, Ha, S.C, Kim, S.-H. 登録日 2008-05-06 公開日 2009-05-26 最終更新日 2021-10-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.51 Å) 主引用文献 Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with CRH gene promoter. J.Struct.Biol., 167, 2009
1S7E	Solution structure of HNF-6 分子名称: Hepatocyte nuclear factor 6 著者 Liao, X, Sheng, W. 登録日 2004-01-29 公開日 2004-12-28 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structure of the hepatocyte nuclear factor 6alpha and its interaction with DNA. J.Biol.Chem., 279, 2004
5NO6	TEAD4-HOXB13 complex bound to DNA 分子名称: DNA, Homeobox protein Hox-B13, Transcriptional enhancer factor TEF-3 著者 Morgunova, E, Jolma, A, Yin, Y, Popov, A, Taipale, J. 登録日 2017-04-11 公開日 2018-05-16 最終更新日 2024-01-17 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.88 Å) 主引用文献 TEAD4-HOXB13 complex bound to DNA To Be Published
6WC5	Crystal Structure of a Ternary MEF2B/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 分子名称: Homeobox protein Nkx-2.5, Myocardin enhancer DNA, Myocyte-specific enhancer factor 2B 著者 Chen, L, Lei, X. 登録日 2020-03-29 公開日 2020-07-22 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 Crystal Structures of Ternary Complexes of MEF2 and NKX2-5 Bound to DNA Reveal a Disease Related Protein-Protein Interaction Interface. J.Mol.Biol., 432, 2020
6WC2	Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 分子名称: Homeobox protein Nkx-2.5, MEF2 Chimera,Myocyte-specific enhancer factor 2B,Myocyte-specific enhancer factor 2A, Myocardin Enhancer DNA 著者 Lei, X, Chen, L. 登録日 2020-03-29 公開日 2020-07-22 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Crystal Structures of Ternary Complexes of MEF2 and NKX2-5 Bound to DNA Reveal a Disease Related Protein-Protein Interaction Interface. J.Mol.Biol., 432, 2020
8SPS	High resolution structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site a and site b 分子名称: DNA (168-MER), Histone H2A type 2-C, Histone H2B type 2-E, ... 著者 Lian, T, Guan, R, Bai, Y. 登録日 2023-05-03 公開日 2023-06-28 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3 Å) 主引用文献 Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4. Mol.Cell, 83, 2023
8SPU	Structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site c 分子名称: DNA (168-MER), Histone H2A type 2-C, Histone H2B type 2-E, ... 著者 Lian, T, Guan, R, Bai, Y. 登録日 2023-05-03 公開日 2023-06-28 最終更新日 2024-02-07 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.8 Å) 主引用文献 Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4. Mol.Cell, 83, 2023
2XSD	Crystal Structure of the dimeric Oct-6 (Pou3f1) POU domain bound to palindromic MORE DNA 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, 5'-D(*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP)-3', 5'-D(*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP)-3', ... 著者 Jauch, R, Choo, S.H, Ng, C.K.L, Kolatkar, P.R. 登録日 2010-09-28 公開日 2010-10-20 最終更新日 2023-12-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.049 Å) 主引用文献 Crystal Structure of the Dimeric Oct6 (POU3F1) POU Domain Bound to Palindromic More DNA. Proteins, 79, 2011
5EGO	HOXB13-MEIS1 heterodimer bound to methylated DNA 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*G)-3'), Homeobox protein Hox-B13, ... 著者 Morgunova, E, Yin, Y, Jolma, A, Popov, A, Taipale, J. 登録日 2015-10-27 公開日 2016-11-09 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.54 Å) 主引用文献 Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors. Science, 356, 2017
5EG0	HOXB13-MEIS1 heterodimer bound to DNA 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*G)-3'), Homeobox protein Hox-B13, ... 著者 Morgunova, E, Yin, Y, Jolma, A, Popov, A, Taipale, J. 登録日 2015-10-26 公開日 2016-11-09 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.101 Å) 主引用文献 Molecular basis of recognition of two distinct DNA sequences by a single transcription factor To Be Published
6T90	OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 分子名称: DNA (146-MER), Green fluorescent protein,POU domain, class 5, ... 著者 Michael, A.K, Kempf, G, Cavadini, S, Bunker, R.D, Thoma, N.H. 登録日 2019-10-25 公開日 2020-05-06 最終更新日 2020-07-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.05 Å) 主引用文献 Mechanisms of OCT4-SOX2 motif readout on nucleosomes. Science, 368, 2020
1HF0	Crystal structure of the DNA-binding domain of Oct-1 bound to DNA as a dimer 分子名称: DNA 5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*GP* CP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*G)-3', DNA 5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*TP* TP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*G)-3', OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1 著者 Remenyi, A, Tomilin, A, Pohl, E, Scholer, H.R, Wilmanns, M. 登録日 2000-11-27 公開日 2001-11-10 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 Differential Dimer Activities of the Transcription Factor Oct-1 by DNA-Induced Interface Swapping Mol.Cell, 8, 2001
1GT0	Crystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex 分子名称: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP* CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3', 5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP* GP*GP*AP* TP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*A)-3', OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1, ... 著者 Remenyi, A, Wilmanns, M. 登録日 2002-01-09 公開日 2003-01-30 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Crystal Structure of a POU/Hmg/DNA Ternary Complex Suggests Differential Assembly of Oct4 and Sox2 on Two Enhancers Genes Dev., 17, 2003
8G8E	Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence 分子名称: LIN28B DNA (32-MER), POU domain, class 5, ... 著者 Sinha, K.K, Bilokapic, S, Du, Y, Malik, D, Halic, M. 登録日 2023-02-17 公開日 2023-03-22 最終更新日 2023-07-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.9 Å) 主引用文献 Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity. Nature, 619, 2023
8G87	Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of Oct4 bound region) 分子名称: POU domain, class 5, transcription factor 1, ... 著者 Sinha, K.K, Bilokapic, S, Du, Y, Malik, D, Halic, M. 登録日 2023-02-17 公開日 2023-03-22 最終更新日 2023-07-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (8.1 Å) 主引用文献 Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity. Nature, 619, 2023
8G8B	Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 分子名称: Histone H2A, Histone H2B, Histone H3, ... 著者 Sinha, K.K, Bilokapic, S, Du, Y, Malik, D, Halic, M. 登録日 2023-02-17 公開日 2023-03-22 最終更新日 2023-07-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.3 Å) 主引用文献 Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity. Nature, 619, 2023
8G8G	Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 分子名称: Histone H2A, Histone H2B, Histone H3, ... 著者 Sinha, K.K, Bilokapic, S, Du, Y, Malik, D, Halic, M. 登録日 2023-02-17 公開日 2023-03-22 最終更新日 2023-12-13 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å) 主引用文献 Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity. Nature, 619, 2023
8G88	Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 分子名称: Histone H2A, Histone H2B, Histone H3, ... 著者 Sinha, K.K, Bilokapic, S, Du, Y, Malik, D, Halic, M. 登録日 2023-02-17 公開日 2023-03-22 最終更新日 2023-07-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.3 Å) 主引用文献 Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity. Nature, 619, 2023
1MH3	maltose binding-a1 homeodomain protein chimera, crystal form I 分子名称: maltose binding-a1 homeodomain protein chimera 著者 Ke, A, Wolberger, C. 登録日 2002-08-19 公開日 2002-09-18 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Insights into binding cooperativity of MATa1/MATalpha2 from the crystal structure of a MATa1 homeodomain-maltose binding protein chimera Protein Sci., 12, 2003
1MH4	maltose binding-a1 homeodomain protein chimera, crystal form II 分子名称: maltose binding-a1 homeodomain protein chimera 著者 Ke, A, Wolberger, C. 登録日 2002-08-19 公開日 2002-09-18 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Insights into binding cooperativity of MATa1/MATalpha2 from the crystal structure of a MATa1 homeodomain-maltose binding protein chimera Protein Sci., 12, 2003
1MNM	YEAST MATALPHA2/MCM1/DNA TERNARY TRANSCRIPTION COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE 分子名称: DNA (STE6 OPERATOR DNA), PROTEIN (MAT ALPHA-2 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR), PROTEIN (MCM1 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR) 著者 Tan, S, Richmond, T.J. 登録日 1997-11-03 公開日 1998-03-18 最終更新日 2023-08-02 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Crystal structure of the yeast MATalpha2/MCM1/DNA ternary complex. Nature, 391, 1998
1O4X	TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT 分子名称: 5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*A)-3', 5'-D(*TP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*G)-3', Transcription factor SOX-2, ... 著者 Clore, G.M, Williams, D.C. 登録日 2003-07-17 公開日 2004-01-27 最終更新日 2023-12-27 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Molecular basis for synergistic transcriptional activation by Oct1 and Sox2 revealed from the solution structure of the 42-kDa Oct1.Sox2.Hoxb1-DNA ternary transcription factor complex. J.Biol.Chem., 279, 2004

<12345678>