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1FHZ	PSORALEN CROSS-LINKED D(CCGGTACCGG) FORMS HOLLIDAY JUNCTION 分子名称: 4'-HYDROXYMETHYL-4,5',8-TRIMETHYLPSORALEN, DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3') 著者 Eichman, B.F, Mooers, B.H.M, Alberti, M, Hearst, J.E, Ho, P.S. 登録日 2000-08-02 公開日 2001-04-21 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 The crystal structures of psoralen cross-linked DNAs: drug-dependent formation of Holliday junctions. J.Mol.Biol., 308, 2001
3E43	Q138F HincII bound to GTTAAC and cocrystallized with 2.5 mM MgCl2 分子名称: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3', Type-2 restriction enzyme HindII, UNKNOWN ATOM OR ION 著者 Horton, N.C, Babic, A.C, Little, E.J, Manohar, V.M. 登録日 2008-08-08 公開日 2008-08-26 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.73 Å) 主引用文献 DNA distortion and specificity in a sequence-specific endonuclease. J.Mol.Biol., 383, 2008
5VGB	Crystal structure of NmeCas9 HNH domain bound to anti-CRISPR AcrIIC1 分子名称: Anti-CRISPR protein (AcrIIC1), CRISPR-associated endonuclease Cas9, GLYCEROL, ... 著者 Harrington, L.B, Doxzen, K.W, Ma, E, Knott, G.J, Kranzusch, P.J, Doudna, J.A. 登録日 2017-04-10 公開日 2017-08-30 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.497 Å) 主引用文献 A Broad-Spectrum Inhibitor of CRISPR-Cas9. Cell, 170, 2017
4HDU	Crystal structure of S. pombe ATL1 in complex with damaged DNA containing 2-aminopurine 分子名称: 5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3', 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(2PR)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3', Alkyltransferase-like protein 1 著者 Tubbs, J.L, Tainer, J.A. 登録日 2012-10-02 公開日 2012-12-26 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.848 Å) 主引用文献 Alkyltransferase-like protein (Atl1) distinguishes alkylated guanines for DNA repair using cation-{pi} interactions. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
1J47	3D Solution NMR Structure of the M9I Mutant of the HMG-Box Domain of the Human Male Sex Determining Factor SRY Complexed to DNA 分子名称: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*C)-3', 5'-D(*GP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3', SEX-DETERMINING REGION Y PROTEIN 著者 Clore, G.M, Murphy, E.C. 登録日 2001-07-23 公開日 2001-10-03 最終更新日 2023-12-27 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structural basis for SRY-dependent 46-X,Y sex reversal: modulation of DNA bending by a naturally occurring point mutation. J.Mol.Biol., 312, 2001
2H9S	Crystal Structure of Homo-DNA and Nature's Choice of Pentose over Hexose in the Genetic System 分子名称: 5'-D(*(XCT)P*(XGU)P*(XAD)P*(XAD)P*(XTH)P*(XTH)P*(XCT)P*(XGU))-3', MAGNESIUM ION 著者 Egli, M, Pallan, P.S. 登録日 2006-06-11 公開日 2006-12-12 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) 主引用文献 Crystal structure of homo-DNA and nature's choice of pentose over hexose in the genetic system. J.Am.Chem.Soc., 128, 2006
3E42	Q138F HincII bound to GTCGAC and Ca2+ (cocrystallized) 分子名称: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DC)-3', CALCIUM ION, SODIUM ION, ... 著者 Horton, N.C, Babic, A.C, Little, E.J, Manohar, V.M. 登録日 2008-08-08 公開日 2008-08-26 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.68 Å) 主引用文献 DNA distortion and specificity in a sequence-specific endonuclease. J.Mol.Biol., 383, 2008
1MJE	STRUCTURE OF A BRCA2-DSS1-SSDNA COMPLEX 分子名称: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3', Deleted in split hand/split foot protein 1, breast cancer 2 著者 Yang, H, Jeffrey, P.D, Miller, J, Kinnucan, E, Sun, Y, Thoma, N.H, Zheng, N, Chen, P.L, Lee, W.H, Pavletich, N.P. 登録日 2002-08-27 公開日 2002-09-27 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.5 Å) 主引用文献 BRCA2 function in DNA binding and recombination from a BRCA2-DSS1-ssDNA structure. Science, 297, 2002
4OF5	Refinement of RAGE-DNA complex in 3S59 without DNA 分子名称: Advanced glycosylation end product-specific receptor 著者 Yatime, L, Andersen, G.R. 登録日 2014-01-14 公開日 2014-04-23 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.803 Å) 主引用文献 The specificity of DNA recognition by the RAGE receptor. J.Exp.Med., 211, 2014
5HIX	Cocrystal structure of an anti-parallel DNA G-quadruplex and a tetra-Quinoline Foldamer 分子名称: 4-(3-aminopropoxy)-8-({[4-(3-aminopropoxy)-8-({[4-(3-aminopropoxy)-8-({[4-(3-aminopropoxy)-8-nitroquinolin-2-yl]carbonyl}amino)quinolin-2-yl]carbonyl}amino)quinolin-2-yl]carbonyl}amino)quinoline-2-carboxylic acid, Dimeric G-quadruplex, POTASSIUM ION 著者 Mandal, P.K, Baptiste, B, Langlois d'Estaintot, B, Kauffmann, B, Huc, I. 登録日 2016-01-12 公開日 2016-11-02 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.48 Å) 主引用文献 Multivalent Interactions between an Aromatic Helical Foldamer and a DNA G-Quadruplex in the Solid State. Chembiochem, 17, 2016
3GNB	Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 分子名称: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*C)-3', 5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3', V(D)J recombination-activating protein 1 著者 Yin, F.F, Bailey, S, Innis, C.A, Steitz, T.A, Schatz, D.G. 登録日 2009-03-16 公開日 2009-04-28 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 Structure of the RAG1 nonamer binding domain with DNA reveals a dimer that mediates DNA synapsis. Nat.Struct.Mol.Biol., 16, 2009
4OFV	Refinement of RAGE-DNA complex in 3S58 without DNA 分子名称: Advanced glycosylation end product-specific receptor 著者 Yatime, L, Andersen, G.R. 登録日 2014-01-15 公開日 2014-04-23 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 The specificity of DNA recognition by the RAGE receptor. J.Exp.Med., 211, 2014
6PL8	Structure of human DNA polymerase eta complexed with 8OA in the template base paired with incoming non-hydrolyzable TTP 分子名称: 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(A38)P*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2019-06-30 公開日 2020-07-01 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.17 Å) 主引用文献 Structure of human DNA polymerase eta complexed with 8OA in the template base paired with incoming non-hydrolyzable TTP To Be Published
2ICZ	NMR Structures of the Expanded DNA 10bp xTGxTAxCxGCxAxGT:xACTxGCGxTAxCA 分子名称: 5'-D(*(XAE)P*CP*TP*(XGA)P*CP*GP*(XTY)P*AP*(XCS)P*A)-3', 5'-D(*(XTY)P*GP*(XTY)P*AP*(XCS)P*(XGA)P*CP*(XAE)P*(XGA)P*T)-3' 著者 Lynch, S.R. 登録日 2006-09-13 公開日 2006-11-21 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Toward a Designed, Functioning Genetic System with Expanded-Size Base Pairs: Solution Structure of the Eight-Base xDNA Double Helix. J.Am.Chem.Soc., 128, 2006
8FFD	Crystal structure of manganeese bound Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (cubic form) 分子名称: L(+)-TARTARIC ACID, MANGANESE (II) ION, Probable dna-binding stress protein 著者 Lovell, S, Seibold, S, Battaile, K.P, Rivera, M. 登録日 2022-12-08 公開日 2023-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity. Int J Mol Sci, 24, 2023
8FF9	Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (orthorhombic form) 分子名称: CHLORIDE ION, Probable dna-binding stress protein, SODIUM ION, ... 著者 Lovell, S, Kashipathy, M.M, Battaile, K.P, Rivera, M. 登録日 2022-12-08 公開日 2023-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å) 主引用文献 Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity. Int J Mol Sci, 24, 2023
8FFA	Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (cubic form) 分子名称: Probable dna-binding stress protein 著者 Lovell, S, Kashipathy, M.M, Battaile, K.P, Rivera, M. 登録日 2022-12-08 公開日 2023-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.15 Å) 主引用文献 Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity. Int J Mol Sci, 24, 2023
8FFB	Crystal structure of iron bound Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (orthorhombic form) 分子名称: FE (II) ION, Probable dna-binding stress protein 著者 Lovell, S, Kashipathy, M.M, Battaile, K.P, Rivera, M. 登録日 2022-12-08 公開日 2023-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity. Int J Mol Sci, 24, 2023
8FFC	Crystal structure of iron bound Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (cubic form) 分子名称: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID, FE (II) ION, Probable dna-binding stress protein 著者 Lovell, S, Kashipathy, M.M, Battaile, K.P, Rivera, M. 登録日 2022-12-08 公開日 2023-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) 主引用文献 Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity. Int J Mol Sci, 24, 2023
8FOG	Crystal structure of human DNA polymerase eta incorporating dITP across dT 分子名称: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate, CALCIUM ION, DNA polymerase eta, ... 著者 Jung, H. 登録日 2022-12-30 公開日 2023-05-03 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.29 Å) 主引用文献 Crystal structure of human DNA polymerase eta incorporating dITP across dT To Be Published
8FN3	Crystal structure of human DNA polymerase eta incorporating dITP across dC 分子名称: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate, CALCIUM ION, DNA polymerase eta, ... 著者 Jung, H. 登録日 2022-12-26 公開日 2023-05-03 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.17 Å) 主引用文献 Crystal structure of human DNA polymerase eta incorporating dITP across dC To Be Published
8PMN	transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences 分子名称: BarH-like 2 homeobox protein, DNA 著者 Morgunova, E, Popov, A, Yin, Y, Taipale, J. 登録日 2023-06-29 公開日 2024-07-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.3 Å) 主引用文献 transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences To Be Published
6PPB	Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex structure 分子名称: Capsid vertex component 1, Capsid vertex component 2, Large tegument protein deneddylase, ... 著者 Gong, D, Dai, X, Jih, J, Liu, Y.T, Bi, G.Q, Sun, R, Zhou, Z.H. 登録日 2019-07-06 公開日 2019-09-11 最終更新日 2019-11-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.3 Å) 主引用文献 DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV. Cell, 178, 2019
5N41	Archaeal DNA polymerase holoenzyme - SSO6202 at 1.35 Ang resolution 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, PolB1 Binding Protein 2 著者 Yan, J, Beattie, T.R, Rojas, A.L, Schermerhorn, K, Gristwood, T, Trinidad, J.C, Albers, S.V, Roversi, P, Gardner, A.F, Abrescia, N.G.A, Bell, S.D. 登録日 2017-02-09 公開日 2017-05-17 最終更新日 2024-01-17 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.351 Å) 主引用文献 Identification and characterization of a heterotrimeric archaeal DNA polymerase holoenzyme. Nat Commun, 8, 2017
6PL7	Structure of human DNA polymerase eta complexed with A in the template base paired with incoming non-hydrolyzable TTP 分子名称: 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2019-06-30 公開日 2020-07-01 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structure of human DNA polymerase eta complexed with A in the template base paired with incoming non-hydrolyzable TTP To Be Published

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