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1K4T	HUMAN DNA TOPOISOMERASE I (70 KDA) IN COMPLEX WITH THE POISON TOPOTECAN AND COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX 分子名称: (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE, 2-(1-DIMETHYLAMINOMETHYL-2-HYDROXY-8-HYDROXYMETHYL-9-OXO-9,11-DIHYDRO-INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-7-YL)-2-HYDROXY-BUTYRIC ACID, 5'-D(*(TGP)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3', ... 著者 Staker, B.L, Hjerrild, K, Feese, M.D, Behnke, C.A, Burgin Jr, A.B, Stewart, L.J. 登録日 2001-10-08 公開日 2002-12-04 最終更新日 2023-11-15 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 The mechanism of topoisomerase I poisoning by a camptothecin analog Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 99, 2002
1K4S	HUMAN DNA TOPOISOMERASE I IN COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX 分子名称: 5'-D(*(SPT)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*(5IU)P*(5IU)P*(5IU)P*(5IU)P*T)-3', 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*(5IU)P*(5IU))-3', 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*CP*AP*AP*AP*GP*(IDO)UP*CP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*T)-3', ... 著者 Staker, B.L, Hjerrild, K, Feese, M.D, Behnke, C.A, Burgin Jr, A.B, Stewart, L.J. 登録日 2001-10-08 公開日 2002-12-04 最終更新日 2023-11-15 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.2 Å) 主引用文献 The mechanism of topoisomerase I poisoning by a camptothecin analog Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 99, 2002
1LPQ	Human DNA Topoisomerase I (70 Kda) In Non-Covalent Complex With A 22 Base Pair DNA Duplex Containing an 8-oxoG Lesion 分子名称: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*(8OG)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3', 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3', DNA topoisomerase I 著者 Lesher, D.T, Pommier, Y, Stewart, L, Redinbo, M.R. 登録日 2002-05-08 公開日 2002-08-16 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.14 Å) 主引用文献 8-Oxoguanine rearranges the active site of human topoisomerase I Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 99, 2002
1TL8	Human DNA topoisomerase I (70 kDa) in complex with the indenoisoquinoline AI-III-52 and covalent complex with a 22 base pair DNA duplex 分子名称: 2,3-DIMETHOXY-12H-[1,3]DIOXOLO[5,6]INDENO[1,2-C]ISOQUINOLIN-6-IUM, 5'-D(*(TPC)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3', 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3', ... 著者 Ioanoviciu, A, Antony, S, Pommier, Y, Staker, B.L, Stewart, L, Cushman, M. 登録日 2004-06-09 公開日 2005-06-21 最終更新日 2011-07-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 Synthesis and Mechanism of Action Studies of a Series of Norindenoisoquinoline Topoisomerase I Poisons Reveal an Inhibitor with a Flipped Orientation in the Ternary DNA-Enzyme-Inhibitor Complex As Determined by X-ray Crystallographic Analysis J.Med.Chem., 48, 2005
1YUA	C-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I 分子名称: TOPOISOMERASE I 著者 Yu, L, Zhu, C.-X, Tse-Dinh, Y.-C, Fesik, S.W. 登録日 1995-03-02 公開日 1996-03-08 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of the C-terminal single-stranded DNA-binding domain of Escherichia coli topoisomerase I. Biochemistry, 34, 1995
6CQI	2.42A Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Topoisomerase I in complex with an oligonucleotide MTS2-11 分子名称: ACETATE ION, DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3'), DNA topoisomerase 1, ... 著者 Cao, N, Thirunavukkarasu, A, Tan, K, Tse-Dinh, Y.-C. 登録日 2018-03-15 公開日 2018-05-30 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.42 Å) 主引用文献 Investigating mycobacterial topoisomerase I mechanism from the analysis of metal and DNA substrate interactions at the active site. Nucleic Acids Res., 46, 2018
6CQ2	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Topoisomerase I in complex with oligonucleotide MTS2-12 and Magnesium 分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3'), DNA topoisomerase 1, MAGNESIUM ION, ... 著者 Cao, N, Thirunavukkaraus, A, Tan, K, Tse-Dinh, Y.-C. 登録日 2018-03-14 公開日 2018-05-30 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.004 Å) 主引用文献 Investigating mycobacterial topoisomerase I mechanism from the analysis of metal and DNA substrate interactions at the active site. Nucleic Acids Res., 46, 2018
1VCC	AMINO TERMINAL 9KDA DOMAIN OF VACCINIA VIRUS DNA TOPOISOMERASE I RESIDUES 1-77, EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1-77 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I 著者 Sharma, A, Hanai, R, Mondragon, A. 登録日 1995-10-02 公開日 1996-03-08 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 Crystal structure of the amino-terminal fragment of vaccinia virus DNA topoisomerase I at 1.6 A resolution. Structure, 2, 1994
1A35	HUMAN TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*(BRU)P*(BRU)P*TP*TP*T)-3'), DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*+UP*+UP*+UP*+UP*CP*+UP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*+ UP*T)-3'), PROTEIN (DNA TOPOISOMERASE I) 著者 Redinbo, M.R, Stewart, L, Kuhn, P, Champoux, J.J, Hol, W.G. 登録日 1998-01-29 公開日 1998-08-28 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Crystal structures of human topoisomerase I in covalent and noncovalent complexes with DNA. Science, 279, 1998
1CY2	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH TPTPTP3' 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, PHOSPHATE ION, THYMIDINE-5'-PHOSPHATE 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1CY8	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE AND 3'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, PHOSPHATE ION, THYMIDINE-3'-PHOSPHATE, ... 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.45 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1CYY	CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, ZINC ION 著者 Feinberg, H, Lima, C, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.15 Å) 主引用文献 Conformational changes in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1A36	TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*A P*TP*TP*TP*TP*T)- 3'), DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*C P*TP*TP*TP*TP*T)- 3'), TOPOISOMERASE I 著者 Stewart, L, Redinbo, M.R, Qiu, X, Champoux, J.J, Hol, W.G.J. 登録日 1998-01-29 公開日 1998-08-12 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.8 Å) 主引用文献 A model for the mechanism of human topoisomerase I. Science, 279, 1998
1A41	TYPE 1-TOPOISOMERASE CATALYTIC FRAGMENT FROM VACCINIA VIRUS 分子名称: SULFATE ION, TOPOISOMERASE I 著者 Cheng, C, Kussie, P, Pavletich, N, Shuman, S. 登録日 1998-02-10 公開日 1999-06-01 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Conservation of structure and mechanism between eukaryotic topoisomerase I and site-specific recombinases. Cell(Cambridge,Mass.), 92, 1998
1CY7	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, PHOSPHATE ION, THYMIDINE-5'-PHOSPHATE 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1CY4	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'pTpTpTp3' 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, PHOSPHATE ION, THYMIDINE-5'-PHOSPHATE 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.55 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1CY6	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3' THYMIDINE MONOPHOSPHATE 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, PHOSPHATE ION, THYMIDINE-3'-PHOSPHATE 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1CY1	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'PTPTPT 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I, PHOSPHATE ION, THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE, ... 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-03 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1A31	HUMAN RECONSTITUTED DNA TOPOISOMERASE I IN COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*5IUP*5IU*TP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*5IUP*5IUP*5IUP*5IUP*T)-3'), DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*5IUP*5IUP*5IUP*5IUP*CP*AP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'), PROTEIN (TOPOISOMERASE I) 著者 Redinbo, M.R, Stewart, L, Kuhn, P, Champoux, J.J, Hol, W.G.J. 登録日 1998-01-27 公開日 1998-08-28 最終更新日 2011-07-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Crystal structures of human topoisomerase I in covalent and noncovalent complexes with DNA. Science, 279, 1998
1CY9	CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. MONOCLINIC FORM 分子名称: DNA TOPOISOMERASE I 著者 Feinberg, H, Lima, C, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Conformational changes in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
1CY0	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3'-5'-ADENOSINE DIPHOSPHATE 分子名称: ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE, DNA TOPOISOMERASE I 著者 Feinberg, H, Changela, A, Mondragon, A. 登録日 1999-08-31 公開日 2000-03-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.45 Å) 主引用文献 Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I. Nat.Struct.Biol., 6, 1999
2B9S	Crystal Structure of heterodimeric L. donovani topoisomerase I-vanadate-DNA complex 分子名称: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3', 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3', 5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3', ... 著者 Davies, D.R, Hol, W.G.J. 登録日 2005-10-12 公開日 2006-01-17 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.27 Å) 主引用文献 The Structure of the Transition State of the Heterodimeric Topoisomerase I of Leishmania donovani as a Vanadate Complex with Nicked DNA. J.Mol.Biol., 357, 2006
3I93	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dUTPase STOP138T mutant 分子名称: 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE, 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL, Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, ... 著者 Leveles, I, Harmat, V, Lopata, A, Toth, J, Vertessy, B.G. 登録日 2009-07-10 公開日 2009-11-24 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Direct contacts between conserved motifs of different subunits provide major contribution to active site organization in human and mycobacterial dUTPases. Febs Lett., 584, 2010
8CW2	Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ760 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID, 4-({(4R)-7-phenyl-2-[4-(2-{[4-(pyridin-2-yl)phenyl]methoxy}ethyl)phenyl]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}amino)benzene-1,2-dicarboxylic acid, ... 著者 Lountos, G.T, Zhao, X.Z, Wang, W, Kiselev, E, Tropea, J.E, Needle, D, Pommier, Y, Burke, T.R. 登録日 2022-05-18 公開日 2023-04-12 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.811 Å) 主引用文献 Identification of multidentate tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors that simultaneously access the DNA, protein and catalytic-binding sites by oxime diversification. Rsc Chem Biol, 4, 2023
8CVQ	Crystal structure of TDP1 complexed with compound XZ761 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID, 4-{[(4S)-2,7-diphenylimidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]amino}benzene-1,2-dicarboxylic acid, ... 著者 Lountos, G.T, Zhao, X.Z, Wang, W, Kiselev, E, Tropea, J.E, Needle, D, Pommier, Y, Burke, T.R. 登録日 2022-05-18 公開日 2023-04-12 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.65 Å) 主引用文献 Identification of multidentate tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors that simultaneously access the DNA, protein and catalytic-binding sites by oxime diversification. Rsc Chem Biol, 4, 2023

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