新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4406)代表構造 (1944)最新のエントリー (19)

7F5R

Crystal structure of SARS-CoV-2 Y453F-RBD bound to mink ACE2
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike protein S1, ...
著者	Wang, X.Q, Ding, Q, Lan, J, Ren, W.L.
登録日	2021-06-22
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-11-29
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (3.01 Å)
主引用文献	Crystal structure of SARS-CoV-2 Y453F-RBD bound to mink ACE2 To Be Published

7FC5

Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD and horse ACE2
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Angiotensin-converting enzyme, Spike protein S1
著者	Wang, X.Q, Lan, J, Ge, J.W.
登録日	2021-07-13
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-11-29
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.894 Å)
主引用文献	Structural insights into the binding of SARS-CoV-2, SARS-CoV, and hCoV-NL63 spike receptor-binding domain to horse ACE2. Structure, 30, 2022

7MB4

SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) C145A in Complex with Cleavage Site Nsp4/5 (P6-P1)
分子名称:	3C-like proteinase, THR-SER-ALA-VAL-LEU-GLN
著者	Lockbaum, G.J, Schiffer, C.A.
登録日	2021-03-31
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.83 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7MB5

SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) C145A in Complex with Cleavage Site Nsp5/6 (P6-P1)
分子名称:	3C-like proteinase, SER-GLY-VAL-THR-PHE-GLN
著者	Lockbaum, G.J, Schiffer, C.A.
登録日	2021-03-31
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7MB6

SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) C145A in Complex with Cleavage Site Nsp6/7 (P6-P1)
分子名称:	3C-like proteinase, LYS-VAL-ALA-THR-VAL-GLN
著者	Lockbaum, G.J, Schiffer, C.A.
登録日	2021-03-31
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.21 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7MB7

SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) C145A in Complex with Cleavage Site Nsp7/8 (P6-P1)
分子名称:	3C-like proteinase, ASN-ARG-ALA-THR-LEU-GLN
著者	Lockbaum, G.J, Schiffer, C.A.
登録日	2021-03-31
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.02 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7MB8

SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) C145A in Complex with Cleavage Site Nsp8/9 (P6-P1)
分子名称:	3C-like proteinase, SER-ALA-VAL-LYS-LEU-GLN
著者	Lockbaum, G.J, Schiffer, C.A.
登録日	2021-03-31
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.62 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7MB9

SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) C145A in Complex with Cleavage Site Nsp10/11 (P6-P1)
分子名称:	3C-like proteinase, ARG-GLU-PRO-MET-LEU-GLN
著者	Lockbaum, G.J, Schiffer, C.A.
登録日	2021-03-31
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.81 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7T70

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 4/5
分子名称:	3C-like proteinase, DIMETHYL SULFOXIDE, GLYCEROL, ...
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-14
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.35 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7T8M

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 5/6
分子名称:	3C-like proteinase, DIMETHYL SULFOXIDE, GLYCEROL, ...
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-16
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7T8R

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 7/8
分子名称:	1,2-ETHANEDIOL, 3C-like proteinase, GLYCEROL, ...
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-16
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.74 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7T9Y

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 8/9
分子名称:	3C-like proteinase, GLYCEROL, Nonstructural protein 8/9
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-20
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.18 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7TA4

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 9/10
分子名称:	3C-like proteinase, Nonstructural protein 9/10
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-20
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.78 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7TA7

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 10/11
分子名称:	3C-like proteinase, GLYCEROL, Nonstructural protein 10/11
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-20
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.28 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7TB2

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 12/13
分子名称:	3C-like proteinase, Nonstructural protein 12/13
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-21
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7TBT

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 13/14
分子名称:	3C-like proteinase, Nonstructural protein 13/14
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-22
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.45 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7TC4

Co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A with substrate peptide 15/16
分子名称:	3C-like proteinase, GLYCEROL, Nonstructural protein 15/16
著者	Shaqra, A.M, Schiffer, C.A.
登録日	2021-12-22
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.94 Å)
主引用文献	Defining the substrate envelope of SARS-CoV-2 main protease to predict and avoid drug resistance. Nat Commun, 13, 2022

7TQ2

Structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 1c
分子名称:	3C-like proteinase, N-{(2S)-1-oxo-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-N~2~-({[(1R,2R)-2-phenylcyclopropyl]methoxy}carbonyl)-L-leucinamide
著者	Lovell, S, Kashipathy, M.M, Battaile, K.P, Nguyen, H.N, Chamandi, S.D, Picard, H.R, Madden, T.K, Thruman, H.A, Kim, Y, Groutas, W.C, Chang, K.O.
登録日	2022-01-26
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å)
主引用文献	Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. Acs Pharmacol Transl Sci, 6, 2023

7TQ3

Structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 5c
分子名称:	3C-like proteinase, N~2~-({[(1R,2R)-2-(3-fluorophenyl)cyclopropyl]methoxy}carbonyl)-N-{(2S)-1-oxo-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide
著者	Lovell, S, Battaile, K.P, Nguyen, H.N, Chamandi, S.D, Picard, H.R, Madden, T.K, Thruman, H.A, Kim, Y, Groutas, W.C, Chang, K.O.
登録日	2022-01-26
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2 Å)
主引用文献	Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. Acs Pharmacol Transl Sci, 6, 2023

7TQ4

Structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 6c
分子名称:	3C-like proteinase, N~2~-({[(1R,2R)-2-(3-chlorophenyl)cyclopropyl]methoxy}carbonyl)-N-{(2S)-1-oxo-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide
著者	Lovell, S, Battaile, K.P, Nguyen, H.N, Chamandi, S.D, Picard, H.R, Madden, T.K, Thruman, H.A, Kim, Y, Groutas, W.C, Chang, K.O.
登録日	2022-01-26
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.45 Å)
主引用文献	Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. Acs Pharmacol Transl Sci, 6, 2023

7UXX

Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain
分子名称:	ACETATE ION, GLYCEROL, Nucleoprotein
著者	Bezerra, E.H.S, Tonoli, C.C.C, Soprano, A.S, Franchini, K.G, Trivella, D.B.B, Benedetti, C.E.
登録日	2022-05-06
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å)
主引用文献	Discovery and structural characterization of chicoric acid as a SARS-CoV-2 nucleocapsid protein ligand and RNA binding disruptor. Sci Rep, 12, 2022

7UXZ

Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain complexed with Chicoric acid
分子名称:	(2R,3R)-2,3-bis{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}butanedioic acid, CHLORIDE ION, DI(HYDROXYETHYL)ETHER, ...
著者	Bezerra, E.H.S, Tonoli, C.C.C, Soprano, A.S, Franchini, K.G, Trivella, D.B.B, Benedetti, C.E.
登録日	2022-05-06
公開日	2022-06-22
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.733 Å)
主引用文献	Discovery and structural characterization of chicoric acid as a SARS-CoV-2 nucleocapsid protein ligand and RNA binding disruptor. Sci Rep, 12, 2022

7V61

ACE2 -Targeting Monoclonal Antibody as Potent and Broad-Spectrum Coronavirus Blocker
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 3E8, ...
著者	Yan, R.H, Zhang, Y.Y, Li, Y.N, Zhou, Q.
登録日	2021-08-18
公開日	2022-06-22
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å)
主引用文献	ACE2-targeting monoclonal antibody as potent and broad-spectrum coronavirus blocker. Signal Transduct Target Ther, 6, 2021

7VRV

VAS5 Spike (1 RBD up)
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike glycoprotein
著者	Zhen, C, Wang, X.
登録日	2021-10-25
公開日	2022-06-22
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (4.2 Å)
主引用文献	VAS5 Spike(1 RBD up) To Be Published

7VRW

VAS5 Spike (3 RBD down)
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike glycoprotein
著者	Zhen, C, Wang, X.
登録日	2021-10-25
公開日	2022-06-22
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.6 Å)
主引用文献	VAS5 Spike (3-RBD down) To Be Published

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