新型コロナウイルスの構造情報

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正

最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明された構造はPDBに登録されていっています。PDBjでは利用者の利便を図るため，新型コロナウイルス特集ページを作成しました。新たなエントリーが毎週水曜日の週次更新で公開されると、同時にこのページにも追加されます。

またこのウイルスのタンパク質に関する解説記事を以下の「今月の分子」ページに掲載しています。

「全エントリー」のタブでは，同じ著者によるグループ登録のエントリーも全て区別し，すべてのPDB IDを省略せず表示しています。 「代表構造」タブには最も分解能の高い代表構造のみを表示しており，アミノ酸配列が100%同じPDBエントリーはリガンドが異なるものも含め除外してあります。 「最新のエントリー」のタブは，今週公開された最も新しいエントリーです。

作成日: 2020-09-03 (最終更新日: more than 1 year ago)

全エントリー (4418)代表構造 (1953)最新のエントリー (11)

8EHJ

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) H172Q Mutant
分子名称:	3C-like proteinase nsp5
著者	Lewandowski, E.M, Hu, Y, Tan, H, Wang, J, Chen, Y.
登録日	2022-09-14
公開日	2022-09-28
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.28 Å)
主引用文献	Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) H172Q Mutant To Be Published

8EHK

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) T135I Mutant
分子名称:	3C-like proteinase nsp5
著者	Lewandowski, E.M, Hu, Y, Tan, H, Wang, J, Chen, Y.
登録日	2022-09-14
公開日	2022-09-28
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.18 Å)
主引用文献	Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) T135I Mutant To Be Published

8EHL

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) S144M Mutant
分子名称:	3C-like proteinase nsp5
著者	Lewandowski, E.M, Hu, Y, Tan, H, Wang, J, Chen, Y.
登録日	2022-09-14
公開日	2022-09-28
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.19 Å)
主引用文献	Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) S144M Mutant To Be Published

8EHM

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) S144F Mutant
分子名称:	3C-like proteinase nsp5
著者	Lewandowski, E.M, Hu, Y, Tan, H, Wang, J, Chen, Y.
登録日	2022-09-14
公開日	2022-09-28
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.84 Å)
主引用文献	Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) S144F Mutant To Be Published

7UJ9

Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-199)
分子名称:	3C-like proteinase nsp5
著者	Kovalevsky, A, Kneller, D.W, Coates, L.
登録日	2022-03-30
公開日	2022-10-05
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å)
主引用文献	Autoprocessing and oxyanion loop reorganization upon GC373 and nirmatrelvir binding of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain. Commun Biol, 5, 2022

7UJG

Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-196) in complex with GC-376
分子名称:	(1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid, 3C-like proteinase nsp5
著者	Kovalevsky, A, Kneller, D.W, Coates, L.
登録日	2022-03-30
公開日	2022-10-05
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å)
主引用文献	Autoprocessing and oxyanion loop reorganization upon GC373 and nirmatrelvir binding of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain. Commun Biol, 5, 2022

7UJU

Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-196) in complex with nirmatrelvir
分子名称:	(1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide, 3C-like proteinase nsp5
著者	Kovalevsky, A, Kneller, D.W, Coates, L.
登録日	2022-03-31
公開日	2022-10-05
最終更新日	2023-10-18
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å)
主引用文献	Autoprocessing and oxyanion loop reorganization upon GC373 and nirmatrelvir binding of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain. Commun Biol, 5, 2022

7XRP

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with nanobody C5G2 (localized refinement)
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, C5G2 nanobody, Spike protein S1
著者	Liu, L, Sun, H, Jiang, Y, Liu, X, Zhao, D, Zheng, Q, Li, S, Xia, N.
登録日	2022-05-11
公開日	2022-10-05
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.88 Å)
主引用文献	A potent synthetic nanobody with broad-spectrum activity neutralizes SARS-CoV-2 virus and the Omicron variant BA.1 through a unique binding mode. J Nanobiotechnology, 20, 2022

8DZ6

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main protease mutant Q189K in complex with Nirmatrelvir
分子名称:	(1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide, 3C-like proteinase nsp5, DIMETHYL SULFOXIDE
著者	Noske, G.D, Oliva, G, Godoy, A.S.
登録日	2022-08-06
公開日	2022-10-05
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.366 Å)
主引用文献	Structural basis of nirmatrelvir and ensitrelvir activity against naturally occurring polymorphisms of the SARS-CoV-2 main protease. J.Biol.Chem., 299, 2023

8DZA

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main protease A193T mutant in complex with Nirmatrelvir
分子名称:	(1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide, 3C-like proteinase nsp5, DIMETHYL SULFOXIDE
著者	Noske, G.D, Oliva, G, Godoy, A.S.
登録日	2022-08-06
公開日	2022-10-05
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.961 Å)
主引用文献	Structural basis of nirmatrelvir and ensitrelvir activity against naturally occurring polymorphisms of the SARS-CoV-2 main protease. J.Biol.Chem., 299, 2023

7TLT

SARS-CoV-2 Spike-derived peptide S489-497 (YFPLQSYGF) presented by HLA-A*29:02
分子名称:	Beta-2-microglobulin, HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain, ...
著者	Murdolo, L.D, Szeto, C, Gras, S.
登録日	2022-01-18
公開日	2022-10-12
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å)
主引用文献	Ablation of CD8 + T cell recognition of an immunodominant epitope in SARS-CoV-2 Omicron variants BA.1, BA.2 and BA.3. Nat Commun, 13, 2022

7ZCE

SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike glycoprotein,Fibritin, ...
著者	Chaves-Sanjuan, A, Bolognesi, M.
登録日	2022-03-28
公開日	2022-10-12
最終更新日	2023-02-08
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.5 Å)
主引用文献	Spike mutation resilient scFv76 antibody counteracts SARS-CoV-2 lung damage upon aerosol delivery. Mol.Ther., 31, 2022

8E25

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease M49I mutant in complex with Nirmatrelvir
分子名称:	(1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide, DIMETHYL SULFOXIDE, Replicase polyprotein 1ab
著者	Noske, G.D, Godoy, A.S, Oliva, G.
登録日	2022-08-14
公開日	2022-10-12
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.868 Å)
主引用文献	Structural basis of nirmatrelvir and ensitrelvir activity against naturally occurring polymorphisms of the SARS-CoV-2 main protease. J.Biol.Chem., 299, 2023

8E26

Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease N142S mutant in complex with Nirmatrelvir
分子名称:	(1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide, 3C-like proteinase nsp5, DIMETHYL SULFOXIDE
著者	Noske, G.D, Godoy, A.S, Oliva, G.
登録日	2022-08-14
公開日	2022-10-12
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (1.845 Å)
主引用文献	Structural basis of nirmatrelvir and ensitrelvir activity against naturally occurring polymorphisms of the SARS-CoV-2 main protease. J.Biol.Chem., 299, 2023

8GX9

Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD with P2C-1F11 and P2B-1G5
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike protein S1, heavy chain of P2B-1G5, ...
著者	Wang, X, Zhang, L, Ge, J.
登録日	2022-09-19
公開日	2022-10-12
最終更新日	2023-11-29
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (4.01 Å)
主引用文献	Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 and RBD To be published

7UFK

Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with human ACE2
分子名称:	1,2-ETHANEDIOL, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, ...
著者	Zhang, W, Shi, K, Geng, Q, Ye, G, Aihara, H, Li, F.
登録日	2022-03-22
公開日	2022-10-19
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.38 Å)
主引用文献	Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 119, 2022

7UFL

Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.2) complexed with chimeric mouse ACE2
分子名称:	1,2-ETHANEDIOL, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, ...
著者	Zhang, W, Shi, K, Geng, Q, Ye, G, Aihara, H, Li, F.
登録日	2022-03-22
公開日	2022-10-19
最終更新日	2023-10-25
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.84 Å)
主引用文献	Structural basis for mouse receptor recognition by SARS-CoV-2 omicron variant. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 119, 2022

7VHJ

Furin Site deletion of SARS-CoV-2 spike
分子名称:	Spike glycoprotein
著者	Wang, X, Cui, Z.
登録日	2021-09-22
公開日	2022-10-19
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (4.2 Å)
主引用文献	Furin Site deletion of SARS-CoV-2 Spike To Be Published

7VHK

S1-S2 deletion S-2P trimer(3 down)
分子名称:	Spike glycoprotein
著者	Wang, X, Cui, Z.
登録日	2021-09-22
公開日	2022-10-19
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.6 Å)
主引用文献	Furin Site deletion S-2P trimer To Be Published

7VHM

Double deletion S-2P trimer(3 down)
分子名称:	Spike glycoprotein
著者	Wang, L, Wang, X, Wang, X.
登録日	2021-09-22
公開日	2022-10-19
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å)
主引用文献	Double deletion S-2P trimer(3 down) To Be Published

7WSE

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain complexed with its receptor minke whale ACE2
分子名称:	Angiotensin-converting enzyme, Spike protein S1, ZINC ION
著者	Li, S, Han, P.
登録日	2022-01-29
公開日	2022-10-19
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (2.93 Å)
主引用文献	Cross-species recognition and molecular basis of SARS-CoV-2 and SARS-CoV binding to ACE2s of marine animals. Natl Sci Rev, 9, 2022

7YE7

Crystal structure of SARS-CoV-2 soluble dimeric ORF9b
分子名称:	N-OCTANE, ORF9b protein, nonane
著者	Jin, X, Chai, Y, Qi, J, Song, H, Gao, G.F.
登録日	2022-07-05
公開日	2022-10-19
最終更新日	2023-11-29
実験手法	X-RAY DIFFRACTION (2.95 Å)
主引用文献	Structural characterization of SARS-CoV-2 dimeric ORF9b reveals potential fold-switching trigger mechanism. Sci China Life Sci, 66, 2023

7YQT

SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (1 RBD Up)
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike glycoprotein
著者	Wang, L.
登録日	2022-08-08
公開日	2022-10-19
最終更新日	2022-11-23
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.45 Å)
主引用文献	Characterization of the enhanced infectivity and antibody evasion of Omicron BA.2.75. Cell Host Microbe, 30, 2022

7YQU

SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (3 RBD Down)
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, Spike glycoprotein
著者	Wang, L.
登録日	2022-08-08
公開日	2022-10-19
最終更新日	2022-11-23
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.19 Å)
主引用文献	Characterization of the enhanced infectivity and antibody evasion of Omicron BA.2.75. Cell Host Microbe, 30, 2022

7YQX

SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer in complex with S309 (state1)
分子名称:	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, S309 heavy chain, ...
著者	Wang, L.
登録日	2022-08-08
公開日	2022-10-19
最終更新日	2022-11-23
実験手法	ELECTRON MICROSCOPY (3.72 Å)
主引用文献	Characterization of the enhanced infectivity and antibody evasion of Omicron BA.2.75. Cell Host Microbe, 30, 2022

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