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Yorodumi- PDB-4ziz: Serial Femtosecond Crystallography of Soluble Proteins in Lipidic... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ziz | ||||||
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Title | Serial Femtosecond Crystallography of Soluble Proteins in Lipidic Cubic Phase (C-Phycocyanin from T. elongatus) | ||||||
Components |
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Keywords | ELECTRON TRANSPORT / Free electron laser / Phycocyanin / Lipidic cubic phase | ||||||
Function / homology | Function and homology information phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermosynechococcus elongatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Fromme, R. / Ishchenko, A. / Metz, M. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Boutet, S. / Fromme, P. / White, T.A. / Barty, A. / Spence, J.C.H. ...Fromme, R. / Ishchenko, A. / Metz, M. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Boutet, S. / Fromme, P. / White, T.A. / Barty, A. / Spence, J.C.H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Cherezov, V. | ||||||
Citation | Journal: IUCrJ / Year: 2015 Title: Serial femtosecond crystallography of soluble proteins in lipidic cubic phase. Authors: Fromme, R. / Ishchenko, A. / Metz, M. / Chowdhury, S.R. / Basu, S. / Boutet, S. / Fromme, P. / White, T.A. / Barty, A. / Spence, J.C. / Weierstall, U. / Liu, W. / Cherezov, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ziz.cif.gz | 199.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ziz.ent.gz | 164.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ziz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ziz_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4ziz_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 4ziz_validation.xml.gz | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4ziz_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3l0fSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17456.631 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (bacteria) Strain: BP-1 / References: UniProt: P50032 | ||
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#2: Protein | Mass: 18216.652 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (bacteria) Strain: BP-1 / References: UniProt: P50033 | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.1 % / Description: 10 x10x5 um size crystals in total 6,171 |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: batch mode / pH: 7 / Details: 20 mM MgCl2 , 17 %PEG 3,350 / Temp details: LPC jet |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Ambient temp details: FEL LPC jet |
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Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SLAC LCLS / Beamline: CXI / Wavelength: 1.56 Å |
Detector | Type: CS-PAD CXI-1 / Detector: PIXEL / Date: Feb 6, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.56 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→31.6 Å / Num. all: 44284 / Num. obs: 44284 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 139.4 % / Net I/σ(I): 2.94 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.81 Å / Redundancy: 36.8 % / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3l0f Resolution: 1.75→31.561 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→31.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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