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- PDB-6cjk: Anti HIV Fab 10A -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6cjk
タイトルAnti HIV Fab 10A
構成要素
  • Immunoglobulin Fab heavy chain
  • Immunoglobulin Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab / HIV (ヒト免疫不全ウイルス)
試料の由来Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
実験手法X線回折 / シンクロトロン / 1.795 Å 分解能
データ登録者Hangartner, L. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Oyen, D.
引用ジャーナル: Immunity / : 2018
タイトル: Electron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization.
著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner
要旨: Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年2月26日 / 公開: 2018年8月15日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年8月15日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年8月29日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin Fab light chain
B: Immunoglobulin Fab heavy chain
C: Immunoglobulin Fab light chain
D: Immunoglobulin Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0968
ポリマ-92,8274
非ポリマ-2694
9,854547
1
A: Immunoglobulin Fab light chain
B: Immunoglobulin Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5324
ポリマ-46,4142
非ポリマ-1182
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area (Å2)3510
ΔGint (kcal/M)-28
Surface area (Å2)18220
実験手法PISA
2
C: Immunoglobulin Fab light chain
D: Immunoglobulin Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5654
ポリマ-46,4142
非ポリマ-1512
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area (Å2)3600
ΔGint (kcal/M)-31
Surface area (Å2)18530
実験手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)51.173, 63.558, 72.649
Angle α, β, γ (deg.)67.99, 87.87, 76.73
Int Tables number1
Space group name H-MP 1

-
構成要素

#1: タンパク質・ペプチド Immunoglobulin Fab light chain


分子量: 23047.424 Da / 分子数: 2 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド Immunoglobulin Fab heavy chain


分子量: 23366.195 Da / 分子数: 2 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / : C2H3O2 / 酢酸塩
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / : C3H8O3 / グリセリン
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / : H2O /

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実験情報

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実験

実験実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶Density Matthews: 2.29 / Density percent sol: 46.37 %
結晶化温度: 298 K
実験手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.26, 0.17 M ammonium acetate, 15% glycerol, 19% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 kelvins
線源由来: シンクロトロン / タイプ: APS BEAMLINE 23-ID-D / シンクロトロンのサイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03315
ディテクタタイプ: DECTRIS PILATUS 6M / ディテクタ: PIXEL / Collection date: 2016年10月15日
放射Diffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射D resolution high: 1.795 Å / D resolution low: 40.703 Å / Number obs: 73928 / CC half: 0.856 / Rpim I all: 0.048 / Rsym value: 0.074 / NetI over sigmaI: 16.5 / Redundancy: 3.2 % / Percent possible obs: 96.3
反射シェル最高分解能: 1.8 Å / 最低分解能: 1.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829refinement
HKL-2000data reduction
SCALEPACKdata scaling
PHASERphasing
精密化Overall SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Sigma F: 1.96 / Overall phase error: 23.3 / Stereochemistry target values: ML
溶媒の処理Solvent shrinkage radii: 0.9 Å / Solvent vdw probe radii: 1.11 Å / Solvent model details: FLAT BULK SOLVENT MODEL
最小二乗法精密化のプロセスR factor R free: 0.2056 / R factor R work: 0.1633 / R factor obs: 0.1656 / 最高分解能: 1.795 Å / 最低分解能: 40.703 Å / Number reflection R free: 3841 / Number reflection obs: 73915 / Percent reflection R free: 5.2 / Percent reflection obs: 95.87
精密化 #LAST最高分解能: 1.795 Å / 最低分解能: 40.703 Å
置いた原子数 #LASTタンパク質: 6242 / 核酸: 0 / リガンド: 18 / 溶媒: 547 / 合計: 6807
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0739106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9412331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1691067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071169
Refine LS shell

Refine ID: X-RAY DIFFRACTION

最高分解能R factor R freeR factor R work最低分解能Number reflection R freeNumber reflection R workPercent reflection obs
1.79500.37200.36181.8177107215578.00
1.81770.39910.33291.8416113240590.00
1.84160.32730.30121.8668118251692.00
1.86680.28100.27661.8935110261994.00
1.89350.32520.26081.9218156253795.00
1.92180.28580.23261.9518154256495.00
1.95180.28850.21581.9838136262196.00
1.98380.21060.20012.0180127258395.00
2.01800.20030.19422.0547144265096.00
2.05470.24850.18542.0942121254196.00
2.09420.22960.19382.1370137268397.00
2.13700.23380.18602.1834136259996.00
2.18340.21270.17892.2342121263497.00
2.23420.23920.17232.2901127258396.00
2.29010.20660.16642.3520149263597.00
2.35200.22870.16992.4212155263397.00
2.42120.25810.17262.4993145260697.00
2.49930.20440.16552.5886162260797.00
2.58860.20700.15662.6923177262297.00
2.69230.20840.15022.8148156264898.00
2.81480.20380.15212.9631132262698.00
2.96310.18120.14373.1487181267598.00
3.14870.18050.13773.3917165261799.00
3.39170.16870.13513.7328162266599.00
3.73280.17760.12614.2725122273099.00
4.27250.16780.12255.3809166263699.00
5.38090.21040.186240.7138162268499.00
Refine TLS

実験手法: refined / Refine ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11L12L13L22L23L33S11S12S13S21S22S23S31S32S33T11T12T13T22T23T33Origin xOrigin yOrigin z
14.73464.1454-2.89615.3194-2.33302.99830.0545-0.35720.09130.2550-0.06840.0369-0.0408-0.0630-0.03860.25980.0311-0.07890.3489-0.02800.270417.75344.124016.9743
24.01810.25401.84471.5604-0.22563.78400.1158-0.2339-0.24970.12400.0185-0.10150.2022-0.2742-0.15920.17060.0109-0.00010.2763-0.00230.229819.6622-6.205814.3999
31.53190.6635-0.16792.2582-0.35980.9319-0.0573-0.01480.0542-0.1037-0.0015-0.1370-0.01070.05100.06580.16460.00980.00690.2240-0.00710.225922.2904-0.68256.7126
41.3394-0.98400.45252.57440.01660.6366-0.0233-0.07110.14220.18340.0483-0.0870-0.0240-0.0248-0.04020.15040.00260.06170.2434-0.01270.19708.45546.86628.1370
55.7698-1.76240.45562.1573-0.29730.9758-0.3331-0.74370.52610.23160.2943-0.1138-0.0719-0.19040.08000.24490.03480.00720.2905-0.08080.31441.583226.79998.2042
63.3093-1.62620.87911.6823-0.44191.1884-0.0372-0.3433-0.12990.24850.09090.2163-0.1417-0.2522-0.03140.24670.00630.04280.24570.00970.2926-1.263924.37758.4118
75.4998-4.73621.96614.2381-1.73740.7216-0.1946-0.22530.68600.21440.3741-0.4075-0.06930.0975-0.15710.37320.0717-0.00520.4146-0.16410.5237-2.393634.148510.5107
84.64582.5837-2.51144.63041.15984.9191-0.23080.67391.2540-0.01400.5122-0.3172-0.37330.1970-0.27000.42790.03860.07370.3052-0.02670.4990-1.909537.04986.0319
90.55960.23250.10401.1965-0.23960.5841-0.02320.0417-0.0047-0.02780.0858-0.02850.01280.0021-0.06680.1835-0.00410.01770.2312-0.01250.2006-0.2903-3.22720.9730
102.10540.31712.61784.19900.64563.41420.0803-0.2985-0.11530.2516-0.2255-0.0587-0.05710.09500.15340.20950.0150-0.01910.1266-0.04080.2719-1.135616.5172-0.1250
114.56213.8486-1.48163.5449-1.82672.5744-0.13750.29440.2420-0.21730.30210.2779-0.13780.0709-0.11200.21010.00820.02790.22230.01560.2734-3.667120.2217-10.0020
124.1507-0.37893.12051.6393-0.56452.4190-0.24440.79990.4188-0.49640.0018-0.1155-0.67230.64050.26540.5085-0.11720.01470.35450.06630.28454.83598.931335.8289
133.89430.26270.67452.3796-0.03174.4046-0.29640.04650.3349-0.23930.12530.1423-0.5973-0.21750.12710.2859-0.0167-0.05900.1935-0.01320.1914-5.90625.634837.4424
142.64020.49761.94210.72160.48483.2027-0.40660.07280.4727-0.10820.05210.2168-0.8592-0.03500.31520.38880.0193-0.05650.1932-0.01240.2514-5.19179.904638.9529
151.7877-1.24800.41382.2049-0.15960.76130.04510.1710-0.1577-0.0197-0.0220-0.09690.24120.2260-0.00350.29720.00790.02100.2719-0.03220.232813.9664-15.479843.9713
163.7093-2.8561-4.58997.93306.24666.94020.19101.1706-0.6113-0.64980.0131-0.28980.31310.1037-0.10570.48900.1185-0.06840.5741-0.21880.412817.9614-29.946537.4901
172.84190.56250.71033.83464.72925.8690-0.19170.5157-0.1898-0.13630.2840-0.57180.20430.5202-0.10760.26860.04340.05290.38600.01670.393125.4280-23.181544.9150
185.31803.12891.93543.69734.25875.97990.38580.2283-0.86570.7062-0.2757-0.45621.11010.3660-0.00440.40920.0961-0.00640.27370.01770.452523.9426-28.621449.0454
191.7689-0.36450.46571.7469-0.00242.3009-0.1141-0.3528-0.11200.14510.06980.29730.0152-0.46810.07660.2201-0.00740.00210.34780.03890.1982-17.6087-8.395431.3476
202.42980.90392.35731.6966-0.62013.87830.03530.04150.0342-0.0350-0.05050.0333-0.2603-0.15950.01000.24410.0165-0.00650.2478-0.00500.2081-14.8734-0.178026.7303
211.6034-0.21940.61620.64660.27251.2265-0.0099-0.13970.05970.1085-0.01800.0682-0.0308-0.25630.02620.24430.00970.00740.33000.00990.2136-14.9160-5.748427.9013
223.1453-2.16770.44535.6341-5.06245.54990.39930.0842-0.4531-0.4353-0.24870.20381.1005-0.3008-0.16100.3970-0.0618-0.08150.2713-0.00340.2691-4.8759-23.458828.1134
233.5238-1.0867-1.91645.56121.59633.77190.1167-0.5409-0.23750.19300.2544-0.29171.00991.1413-0.43360.38560.1136-0.04720.4050-0.01360.276112.7937-32.143152.5691
241.7059-0.64300.55931.9934-0.43176.13080.0469-0.1082-0.0547-0.02440.04820.18630.67670.0073-0.09680.3455-0.0759-0.02220.23400.02200.25900.6175-24.934144.4073
253.37061.67470.63773.4949-0.98220.7430-0.08860.09230.2606-0.25920.09990.13300.24230.17240.09750.2929-0.0094-0.04800.2265-0.01570.29793.8404-20.371741.5924
261.97150.38402.21290.75750.05725.8771-0.0157-0.18010.0417-0.2382-0.07990.12660.2233-0.30150.10080.3264-0.0021-0.04040.2465-0.00790.27971.1921-26.729349.3364
271.8271-2.39541.46923.6696-2.18861.9548-0.4136-0.0240-0.25890.16220.19340.1700-0.02550.03920.17620.5614-0.1067-0.08420.29610.04660.4047-1.9668-32.660947.2047
Refine TLS group

Refine ID: X-RAY DIFFRACTION

IDBeg auth asym IDBeg auth seq IDEnd auth asym IDEnd auth seq IDRefine TLS IDSelection details
1A2A171( CHAIN A AND RESID 2:17 )
2A18A382( CHAIN A AND RESID 18:38 )
3A39A833( CHAIN A AND RESID 39:83 )
4A84A1284( CHAIN A AND RESID 84:128 )
5A129A1495( CHAIN A AND RESID 129:149 )
6A150A1876( CHAIN A AND RESID 150:187 )
7A188A1977( CHAIN A AND RESID 188:197 )
8A198A2118( CHAIN A AND RESID 198:211 )
9B4B1579( CHAIN B AND RESID 4:157 )
10B158B17510( CHAIN B AND RESID 158:175 )
11B176B21111( CHAIN B AND RESID 176:211 )
12C1C2512( CHAIN C AND RESID 1:25 )
13C26C4813( CHAIN C AND RESID 26:48 )
14C49C9514( CHAIN C AND RESID 49:95 )
15C96C17315( CHAIN C AND RESID 96:173 )
16C174C18616( CHAIN C AND RESID 174:186 )
17C187C19917( CHAIN C AND RESID 187:199 )
18C200C21118( CHAIN C AND RESID 200:211 )
19D4D3919( CHAIN D AND RESID 4:39 )
20D40D5920( CHAIN D AND RESID 40:59 )
21D60D10621( CHAIN D AND RESID 60:106 )
22D107D11922( CHAIN D AND RESID 107:119 )
23D120D13423( CHAIN D AND RESID 120:134 )
24D135D15724( CHAIN D AND RESID 135:157 )
25D158D17525( CHAIN D AND RESID 158:175 )
26D176D20026( CHAIN D AND RESID 176:200 )
27D201D21027( CHAIN D AND RESID 201:210 )

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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