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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xtc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory complex I transmembrane arm | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Homo sapiens / Oxidoreductase / Respiratory / Complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into mitochondrial inner membrane / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / response to light intensity / Mitochondrial protein import / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis ...protein insertion into mitochondrial inner membrane / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / response to light intensity / Mitochondrial protein import / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / : / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / cellular response to glucocorticoid stimulus / respiratory chain complex I / iron-sulfur cluster assembly / azurophil granule membrane / NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / endopeptidase activator activity / acyl binding / ubiquinone binding / Complex I biogenesis / acyl carrier activity / cellular response to interferon-beta / quinone binding / electron transport coupled proton transport / neurogenesis / Respiratory electron transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / : / ionotropic glutamate receptor binding / reactive oxygen species metabolic process / cerebellum development / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / response to cocaine / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / Mitochondrial protein degradation / fatty acid binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / mitochondrial membrane / aerobic respiration / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of cell growth / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to ethanol / in utero embryonic development / response to oxidative stress / response to hypoxia / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / nuclear speck / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Gu, J. / Wu, M. / Yang, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5xtc.cif.gz | 862.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xtc.ent.gz | 718.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xtc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 5xtc_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xtc_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xtc_validation.xml.gz | 131.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xtc_validation.cif.gz | 194.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6772MC 6771C 6773C 6774C 6775C 6776C 5xtbC 5xtdC 5xteC 5xthC 5xtiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 2種, 2分子 Qh
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5380.995 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 34-79 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75306, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#16: タンパク質 | 分子量: 12314.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43920 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 6種, 6分子 SUVWuw
#2: タンパク質 | 分子量: 8084.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15239 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 9156.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95167 |
#4: タンパク質 | 分子量: 14736.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86Y39 |
#5: タンパク質 | 分子量: 13589.633 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-144 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J0 |
#27: タンパク質 | 分子量: 19853.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51970 |
#29: タンパク質 | 分子量: 37200.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95299 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#6: タンパク質 | 分子量: 9845.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561 |
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-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopv
#7: タンパク質 | 分子量: 7468.270 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 39-97 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95178 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 9261.605 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 10-89 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43676 |
#9: タンパク質 | 分子量: 16573.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43674 |
#10: タンパク質 | 分子量: 15517.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95139 |
#11: タンパク質 | 分子量: 18267.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95169 |
#12: タンパク質 | 分子量: 20721.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96000 |
#13: タンパク質 | 分子量: 11494.942 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 54-150 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX14 |
#22: タンパク質 | 分子量: 6741.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75438 |
#23: タンパク質 | 分子量: 15100.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95168 |
#24: タンパク質 | 分子量: 21189.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6M9 |
#28: タンパク質 | 分子量: 14997.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17568 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5704.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43677 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 14209.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95298 |
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmrs
#17: タンパク質 | 分子量: 39007.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q4GRX1, UniProt: P03891*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#18: タンパク質 | 分子量: 13147.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: B9EE38, UniProt: P03897*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#19: タンパク質 | 分子量: 10702.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: V9JN72, UniProt: P03901*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#20: タンパク質 | 分子量: 67096.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: X5BVZ3, UniProt: P03915*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#21: タンパク質 | 分子量: 18660.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8HAX7, UniProt: P03923*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#25: タンパク質 | 分子量: 51689.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: B2XJG5, UniProt: P03905*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#26: タンパク質 | 分子量: 35621.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: H9PGF0, UniProt: P03886*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-非ポリマー , 4種, 19分子
#30: 化合物 | ChemComp-PLX / ( #31: 化合物 | ChemComp-CDL / #32: 化合物 | ChemComp-PEE / #33: 化合物 | ChemComp-8Q1 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human respiratory complex I transmembrane arm / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT |