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- PDB-6q9b: CI Membrane Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q9b
タイトルCI Membrane Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2
要素
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 5
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 4
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ...) x 9
  • Acyl carrier protein
  • NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2
キーワードELECTRON TRANSPORT / complex I / membrane arm / cellular respiration / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone ...: / : / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / membrane => GO:0016020 / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / reactive oxygen species metabolic process / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 ...NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / CHCH / CHCH domain / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-ZMP / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-ZMP / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Letts, J.A. / Sazanov, L.A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
European Research Council701309 オーストリア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4479
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S2: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2
D3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
D1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
D6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
4L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
D5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
D4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
D2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
AK: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
B5: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5
AB: Acyl carrier protein
A8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
BJ: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B10
AJ: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
S5: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5
A3: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3
B3: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3
C2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
B4: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
AM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
B6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
B7: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7
B9: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9
B2: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
B8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
BK: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
C1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
B1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
A1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)614,01842
ポリマ－601,52429
非ポリマー12,49413
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 S2AB

#1: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2


分子量: 49193.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Since this is a focused refinement only the N-terminal part of this subunit is present in the density.,Since this is a focused refinement only the N-terminal part of this subunit is present in the density.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PJ73
#11: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 10119.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The first residue is disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5NQT7

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 D3D1D64LD5D4D2

#2: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: There is a disordered region in the protein that is not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78753, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: There is a disordered region in the protein that is not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78747, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: There is a disordered region in the protein that was not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
参照: UniProt: O78757, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10840.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
参照: UniProt: O78754, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68410.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
参照: UniProt: O78756, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 52058.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
参照: UniProt: O78755, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
参照: UniProt: O78748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 5種, 5分子 AKA8AJAMA1

#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11


分子量: 14610.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PAR2
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 20008.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PYA5
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 36803.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QBF5
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 16635.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Because this is a focused refinement only the C-terminal part of this subunit is present in the density.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac

-
NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 9種, 9分子 B5BJS5A3B3B4B7B9B2

#10: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5


分子量: 16714.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: First few residues are disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QHN8
#13: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B10


分子量: 20880.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Some residues are disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac
#15: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5


分子量: 12474.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QFF9
#16: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3


分子量: 9194.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The N-terminus is disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5NYM7
#17: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3


分子量: 11015.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The termini are disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5Q5T4
#19: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4


分子量: 14975.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QF73
#22: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7


分子量: 16282.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The C-terminus of this subunit was disordered and therefore not modeled
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5P5V3
#23: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9


分子量: 21648.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PGA3
#24: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2


分子量: 8500.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PVD7

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 C2C1

#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14231.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The N-terminal residue is disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5P9Q8
#27: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial


分子量: 5808.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 4種, 4分子 B6B8BKB1

#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6


分子量: 15433.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Disordered regions of this subunit were not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PZE3
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18818.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5Q1B0
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial


分子量: 14455.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The N-terminus was disordered and therefore not modeled.
由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PWF1
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1


分子量: 6930.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5QG39

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#30: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#33: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ovine mitochondrial SC I+III2 / タイプ: COMPLEX
詳細: Complex I membrane arm focused refinement from ovine respiratory SC I+III2
Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 細胞内の位置: Mitochondrial inner membrane / 器官: Heart / Organelle: Mitochondria / 組織: Cardiac
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.25 Msodium chlorideNaCl1
20.02 MHEPES1
30.02 %Brij-351
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854
画像スキャン動画フレーム数/画像: 34

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.13-2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 400000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174334 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 90 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1LNK

1lnk


Accession code: 1LNK / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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