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- PDB-5my4: Structure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#17 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5my4
タイトルStructure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#17 in complex with human Abeta-pE3-12PEGb
要素
  • Fab c#17 heavy chain
  • Fab c#17 light chain
  • Pyroglutamate-Abeta pE3-12-PEGb
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Alzheimer's disease (アルツハイマー病) / pyroglutamate Abeta / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / fibrillation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / regulation of Wnt signaling pathway / mating behavior / 繊毛 / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / : / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / presynaptic active zone / nuclear envelope lumen / modulation of excitatory postsynaptic potential / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / 小胞体 / regulation of NMDA receptor activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / regulation of presynapse assembly / The NLRP3 inflammasome / intracellular copper ion homeostasis / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / forebrain development / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / クラスリン / Notchシグナリング / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / cholesterol metabolic process / extracellular matrix organization / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / dendritic shaft / locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / 学習 / central nervous system development / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / endosome lumen / synapse organization / Post-translational protein phosphorylation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / recycling endosome / 認識 / positive regulation of inflammatory response / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / エンドサイトーシス / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell-cell junction / シナプス小胞 / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アミロイド前駆体タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.211 Å
データ登録者Parthier, C. / Piechotta, A. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analyses of pyroglutamate-amyloid-beta-specific antibodies as a basis for Alzheimer immunotherapy.
著者: Piechotta, A. / Parthier, C. / Kleinschmidt, M. / Gnoth, K. / Pillot, T. / Lues, I. / Demuth, H.U. / Schilling, S. / Rahfeld, J.U. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab c#17 light chain
B: Fab c#17 heavy chain
C: Pyroglutamate-Abeta pE3-12-PEGb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9513
ポリマ－49,9513
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.170, 87.142, 58.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab c#17 light chain


分子量: 24080.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab c#17 heavy chain


分子量: 24648.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Pyroglutamate-Abeta pE3-12-PEGb


分子量: 1222.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% w/v PEG 3350, 100 mM bis-Tris, 200 mM magnesium chloride, 0.5% n-dodecyl-beta-D-maltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→28.852 Å / Num. obs: 40703 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.868 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 18.84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.21-2.313.3550.2594.5541190.30686.8
2.31-2.414.9550.2426.4522140.27199.3
2.41-2.517.2280.2328.4618700.25100
2.51-2.6110.4140.21811.5216050.22999.9
2.61-310.8790.15715.4344330.16599.9
3-3.3910.620.09622.5926360.10199.9
3.39-3.7810.2730.06829.3716420.072100
3.78-4.1710.2860.05932.7110990.06299.9
4.17-4.5610.2550.05137.177530.05499.6
4.56-1010.3720.0538.5822370.05399.6
10-209.5930.04245.422140.04599.5
20-308.4760.04146.23210.04495.5
28.852-30

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.85 Å
Translation2.5 Å28.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DQT

2dqt


解像度: 2.211→28.852 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 27.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 2042 5.02 %random
Rwork0.1862 ---
obs0.1894 40700 96.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.01 Å2 / Biso mean: 23.984 Å2 / Biso min: 9.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.211→28.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 0 191 3566
Biso mean---26.1 -
残基数----441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9884716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7252048
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2112-2.26260.3298960.24141816191268
2.2626-2.31920.2921290.22672424255392
2.3192-2.38190.3361390.22482598273797
2.3819-2.45190.34811400.230526492789100
2.4519-2.5310.27241430.218126842827100
2.531-2.62140.28391380.21526392777100
2.6214-2.72630.27511370.212326632800100
2.7263-2.85030.31331390.211826802819100
2.8503-3.00040.2851380.213126222760100
3.0004-3.18820.25811410.188826262767100
3.1882-3.4340.2541410.177926722813100
3.434-3.77890.22551410.16812640278199
3.7789-4.32410.18741420.154526552797100
4.3241-5.4420.17731400.14212654279499
5.442-28.85490.24341380.17562636277499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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