PDB-5fkh: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fkh

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CU

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA (リボ核酸) / KINK TURN /

RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : /

S-アデノシルメチオニン /

リボ核酸 / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fkh.cif.gz	120.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fkh.ent.gz	96.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gis-d 4aob-d 3gx7-d 5fk6-d 5fkf-d 3iqr-d 3gx5-d 3iqp-d 5fkg-d 5fk1-d 3gx3-d 5fk5-d 3iqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.496, 62.496, 155.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1105- BA

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30544.314 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	NOTE MUTATION A94G

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.04 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 10 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→42.5 Å / Num. obs: 9323 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 88.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 2.65→42.499 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2775	751	4.8 %
R_work	0.2307	-	-
obs	0.2329	9323	92.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→42.499 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2028	42	5	2075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.621	3589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.964	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6502-2.8548	0.4204	163	0.422	3072	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8548-3.142	0.4068	135	0.3367	3009	X-RAY DIFFRACTION	93
3.142-3.5964	0.2955	165	0.2396	2985	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5964-4.5303	0.2627	170	0.2367	2971	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5303-42.5046	0.2443	118	0.1927	2925	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5907	-1.263	5.1983	6.1916	-3.5417	4.4101	0.9187	3.4893	-0.676	-1.5096	-0.6086	-0.7251	-1.963	-1.2143	-0.0592	1.2172	0.4926	0.0203	1.3291	-0.0611	0.6117	13.7016	0.7386	-0.867
2	9.5669	-5.2497	-6.541	2.9397	3.6224	4.5193	-1.6091	-0.0995	-0.8485	-0.2693	0.3586	-2.9885	1.6468	0.4402	0.8515	1.5889	0.1697	0.1328	0.7385	-0.0732	0.8792	14.4571	-13.9738	-3.8706
3	0.4852	-0.8161	0.6919	3.4648	0.2431	3.1402	-1.6465	1.2007	-1.4454	1.2021	0.9321	0.0172	1.0022	2.0841	-0.1581	2.2047	-0.5098	0.9773	1.9401	-1.2656	1.3374	7.9808	-22.1997	-17.3081
4	3.0847	-1.3228	-4.3201	1.3982	2.1005	6.115	-0.0105	0.6233	-0.9952	-1.491	-0.4273	1.0577	3.6003	0.0275	-1.7189	2.7289	-0.855	-0.3689	4.803	-1.2261	0.6677	-8.9544	-15.8726	-27.5706
5	1.9786	-2.2003	1.7707	4.8863	-3.6366	2.6671	2.8895	0.651	1.0285	0.3942	-0.3266	2.7435	-4.0936	-5.1411	-2.183	2.5163	0.7219	0.4451	3.2006	0.2071	1.0993	-8.1264	-1.3342	-31.1108
6	7.7578	0.6885	1.5157	4.2529	1.619	0.8131	0.9784	0.711	0.3936	-0.1827	-0.702	0.4758	-1.0757	-0.9936	-0.3221	1.5705	-0.0771	0.3245	1.4028	0.2871	1.0797	7.9104	-1.5352	-26.5268
7	8.7398	2.5643	7.7772	5.8992	2.7187	6.9283	2.7319	0.9834	2.8683	1.4796	-1.8672	0.8629	-2.1994	1.7512	-0.6474	2.7248	-0.2187	0.4606	1.2391	0.2806	1.2979	19.3579	-1.7805	-27.1053
8	4.3892	1.6559	1.545	4.6705	2.9864	2.3573	-1.1184	1.3709	-2.2464	0.6046	1.8173	-1.5142	1.798	-1.3308	0.41	1.7199	-0.2903	0.2975	1.9247	0.5783	0.4664	7.4962	-7.5601	-35.3136
9	3.0329	1.7616	2.7758	6.3785	3.9372	3.5809	-1.684	-1.1269	-1.534	0.6405	0.1261	0.5051	3.0346	2.6521	1.3482	1.6223	0.0678	0.3972	2.6841	0.27	1.1264	-3.2257	-5.9455	-29.9056
10	7.402	3.4632	3.7862	1.6956	1.7607	1.9236	0.6725	1.0818	-1.9519	-0.4274	-0.7561	0.3732	0.7085	-3.2527	-0.0402	1.6211	-0.0997	0.2108	2.6493	-0.5282	0.6312	-7.211	-16.5203	-16.0421
11	5.0119	2.4634	4.8951	1.2525	2.403	4.9905	1.6944	-1.1972	-0.9032	0.5453	-0.7575	0.3061	2.0587	-0.6099	-0.6038	2.0143	-0.2195	0.2697	1.1704	0.0176	0.5068	0.2402	-17.1585	-0.6947
12	2.217	0.5758	-0.1478	5.4935	-3.534	2.2887	-0.4475	-2.263	0.2729	-0.4041	-1.0058	1.3744	4.0103	-2.2608	0.5182	2.5159	-0.6373	0.4297	2.2373	0.395	0.7667	-9.3773	-18.7191	1.1913
13	5.4556	-0.7509	-5.9477	3.4701	3.4487	8.4783	-1.7017	2.0238	0.4687	-2.1526	1.1883	0.9993	-0.3084	-1.7626	0.3625	1.5191	-0.1341	0.0164	1.5289	0.0477	0.4221	-0.0828	-11.541	-12.4545
14	2.499	5.3876	-2.1144	1.9554	-4.5147	1.7094	0.0567	1.8029	-0.3177	-2.0548	-1.0563	-3.5021	0.0865	-1.1533	0.8232	2.0729	0.2853	0.5859	1.4563	-0.1541	0.558	11.4301	-14.9583	-22.6781
15	4.6442	3.7213	5.7224	6.5824	3.0836	7.6928	-0.5417	0.5514	0.5812	-0.2983	0.4455	-1.07	-1.6962	0.4027	0.0986	2.0016	-0.1763	0.6625	1.1003	-0.3011	1.1776	22.2064	-8.5707	-21.6884
16	3.4135	-3.5256	-2.3175	3.8248	1.9127	5.7131	-0.3287	1.0569	1.0536	2.0144	0.6525	-1.4506	-0.6686	1.7348	0.5738	1.5418	-0.0195	-0.3372	2.7172	-0.5817	0.5446	37.1353	-14.3393	-15.3843
17	7.7175	-1.5582	-2.4511	2.9981	1.3595	2.1645	0.0335	-2.196	1.1164	0.6229	0.6516	-1.013	0.1678	2.5415	-0.5808	0.8677	-0.1986	-0.0336	1.7904	-0.3716	0.7596	36.3964	-17.6238	-25.6451
18	7.1775	-6.073	0.5126	5.2385	-0.4467	6.4078	2.2469	-0.5873	1.6453	-1.3652	-2.5421	-0.6409	0.2923	0.8205	-0.0325	1.4255	-0.2476	0.536	1.54	-0.1683	1.2322	26.6216	-12.5322	-10.9976
19	7.6611	2.7234	0.7902	7.2979	-3.4698	2.6563	-0.3444	0.2872	0.8391	-0.0359	1.2906	-1.871	0.0997	0.2135	-1.0516	1.0375	-0.0396	0.1537	0.6928	-0.1903	0.8828	10.9865	-6.7498	-7.5204
20	5.1271	1.227	0.7454	4.9088	0.1605	6.7502	0.0854	-0.6985	0.5989	-0.3025	-2.2539	-0.4282	-1.4246	-1.5724	1.3913	1.4135	0.3342	-0.2495	0.7668	0.0374	0.6194	8.3809	0.8895	6.3043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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