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- PDB-4m7j: Crystal structure of S25-26 in complex with Kdo(2.8)Kdo(2.4)Kdo t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7j
タイトルCrystal structure of S25-26 in complex with Kdo(2.8)Kdo(2.4)Kdo trisaccharide
要素
  • S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
  • S25-26 Fab (Igg1k) light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Beta-Sandwich / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V. / Muller-Loennies, S. / Saldova, R. / Muniyappa, M. / Brade, L. / Rudd, P.M. / Harvey, D.J. / Kosma, P. / Brade, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Groove-type Recognition of Chlamydiaceae-specific Lipopolysaccharide Antigen by a Family of Antibodies Possessing an Unusual Variable Heavy Chain N-Linked Glycan.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Saldova, R. / Muniyappa, M. / Brade, L. / Rudd, P.M. / Harvey, D.J. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
L: S25-26 Fab (Igg1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9736
ポリマ－47,8882
非ポリマー1,0854
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.464, 74.464, 149.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-301-

PEG

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain


分子量: 23531.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C
#2: 抗体 S25-26 Fab (Igg1k) light chain


分子量: 24356.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-prop-2-en-1-yl 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 718.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[Aad1122h-2a_2-6_2*OCC=C][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-2/a4-b2_b8-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][propyl]{[(1+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{[(8+2)][a-D-Kdop]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 221分子

#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M potassium chloride, 0.05M HEPES, 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日 / 詳細: Vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 35967 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-2.0212.80.55635580.9271100
2.02-2.114.10.41535070.9721100
2.1-2.214.20.31935651.0361100
2.2-2.3114.10.22235281.0571100
2.31-2.4614.20.17635681.0641100
2.46-2.65140.13235731.2021100
2.65-2.9113.90.09635831.1991100
2.91-3.3313.90.06236051.0891100
3.33-4.213.10.05736720.998199.9
4.2-2512.90.04638081.078199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MacromolecularCrystallography Data Collector (MxDC)データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T2Q

1t2q


解像度: 1.95→24.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.2723 / WRfactor Rwork: 0.2308 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7763 / SU B: 10.632 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.1818 / SU Rfree: 0.1603 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1793 5 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
obs0.2134 35920 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.71 Å2 / Biso mean: 63.074 Å2 / Biso min: 34.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å21.57 Å2-0 Å2
2--1.57 Å2-0 Å2
3----5.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 71 219 3658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.9654818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8423.0067436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3135436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.80424.088137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.12315548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2611514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6352.9741750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6332.9711749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4834.452184
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 130 -
Rwork0.288 2455 -
all-2585 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5122-0.2059-2.25091.4356-0.25985.8961-0.12880.12070.05750.1420.0512-0.00930.15210.040.07770.1861-0.076-0.02670.0717-0.01360.0736-1.286838.9629-1.4275
21.9431.30070.74455.4884-0.5114.6093-0.0903-0.2924-0.9606-0.32830.1128-0.57630.79550.1004-0.02250.38940.13840.09840.14740.13930.5393-6.322522.463730.2456
32.67573.63360.64089.4637-2.00874.6166-0.1768-0.3619-1.0385-0.16010.1742-1.06120.58290.19320.00260.48030.22760.2430.36750.25480.6037-4.305320.340230.5702
41.61041.3048-1.11255.0138-1.32491.5067-0.41280.3604-0.50410.08170.17390.36520.627-0.12010.23880.5839-0.31540.22610.445-0.18010.3148-9.014520.8976-8.5307
510.3114-2.811-8.72521.1011.204511.5281-0.89750.0810.26440.380.0442-0.39590.1421-0.32040.85330.9504-0.15910.17020.2434-0.19730.5775-12.3115.24038.2002
62.38631.0561-0.80023.53611.03653.3457-0.30610.0973-0.3784-0.60340.0658-0.25380.4343-0.30940.24040.5094-0.01070.07220.0814-0.00710.1787-20.299317.970227.052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2H117 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3H165 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4L1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5L110 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6L116 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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