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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e4d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse RANKL-OPG complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Cytokine/Signaling Protein / TNF-Related Activation-Induced Cytokine-Receptor / Cysteine-Rich Domain / Jelly-Roll Fold / Cytokine-Signaling Protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / : / tooth eruption / positive regulation of osteoclast development / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / : / TNFs bind their physiological receptors ...negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / : / tooth eruption / positive regulation of osteoclast development / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / : / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of osteoclast differentiation / 傍分泌 / response to arsenic-containing substance / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of bone resorption / osteoclast development / mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of intracellular signal transduction / monocyte chemotaxis / response to magnesium ion / mammary gland alveolus development / positive regulation of bone resorption / calcium ion homeostasis / lymph node development / positive regulation of phosphorylation / JNK cascade / bone resorption / ERK1 and ERK2 cascade / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 細胞外マトリックス / cellular response to leukemia inhibitory factor / extracellular matrix organization / 骨化 / osteoclast differentiation / response to nutrient / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytokine activity / calcium-mediated signaling / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / 骨 / cytokine-mediated signaling pathway / response to estrogen / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of T cell activation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 免疫応答 / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Nelson, C.A. / Fremont, D.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: RANKL Employs Distinct Binding Modes to Engage RANK and the Osteoprotegerin Decoy Receptor. 著者: Nelson, C.A. / Warren, J.T. / Wang, M.W. / Teitelbaum, S.L. / Fremont, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e4d.cif.gz | 136.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e4d.ent.gz | 106 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e4d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17376.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 162-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CD254, ODF, Opgl, Rankl, Tnfsf11, Trance / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O35235 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 20372.166 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 B / 遺伝子: Ocif, Opg, Osteoprotegerin, Tnfrsf11b 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): HIGH FIVE / 参照: UniProt: O08712 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 100 mM sodium phosphate/citrate buffer, 14% polyethylene glycol 8000 and 250 mM sodium chloride, pH 4.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9951 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9951 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14915 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 48.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JTZ 解像度: 2.7→40.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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