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- PDB-3k51: Crystal Structure of DcR3-TL1A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k51
タイトルCrystal Structure of DcR3-TL1A complex
要素
  • Decoy receptor 3
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15, secreted form
キーワードIMMUNE SYSTEM / DcR3 / TL1A / TNF / TNFR / DECOY RECEPTOR / IMMUNITY / Cytokine / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Secreted / Signal-anchor / Transmembrane / Apoptosis / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cytokine activity / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / signaling receptor binding ...TNFs bind their physiological receptors / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cytokine activity / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / signaling receptor binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. ...Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / Jelly Rolls - #40 / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Yan, Q. / Li, Z. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Decoy Strategies: The Structure of TL1A:DcR3 Complex.
著者: Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Yan, Q. / Li, Z. / Ramagopal, U. / Cheng, H. / Brenowitz, M. / Hui, X. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15, secreted form
B: Decoy receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1662
ポリマ－40,1662
非ポリマー00
水1,49583
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15, secreted form
B: Decoy receptor 3

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15, secreted form
B: Decoy receptor 3

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15, secreted form
B: Decoy receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4986
ポリマ－120,4986
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11960 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area44330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.890, 74.890, 143.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15, secreted form / Vascular endothelial cell growth inhibitor / TNF ligand-related molecule 1 / Tumor necrosis factor ...Vascular endothelial cell growth inhibitor / TNF ligand-related molecule 1 / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15 / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15 / secreted form


分子量: 20877.619 Da / 分子数: 1 / 変異: C95S,C135S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TL1, TNFSF15, VEGI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: O95150
#2: タンパク質 Decoy receptor 3 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Decoy receptor for Fas ligand / DcR3 / M68


分子量: 19288.488 Da / 分子数: 1 / Fragment: TNFR cysteine rich domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCR3, TNFRSF6B, TR6, UNQ186/PRO212 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His / 細胞株 (発現宿主): S2 / 発現宿主: DROSOPHILA (ハエ) / 参照: UniProt: O95407
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化温度: 290 K / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH6.5, 8% PEG 10K, 3% dextran sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 17791 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 47.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QE3

2qe3


解像度: 2.45→36.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 6.811 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: EXTRA ELECTRON DENSITY POSSIBLY CORRESPONDING TO N-GLYCAN IS OBSERVED CLOSE TO N173 IN CHAIN B. BECAUSE OF THE DYNAMIC STRUCTURAL FEATURES, THIS DENSITY IS TOO WEAK FOR ACCURATE MODELING OF GLYCANS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 566 3.2 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.224 17779 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.27 Å2-1.63 Å20 Å2
2---3.27 Å20 Å2
3---4.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→36.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2339 0 0 83 2422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.541.9473363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2625313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.37522.909110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11115370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1511519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0221919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.3970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.5222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.19431543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.90942499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0265917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.976857
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 44 -
Rwork0.235 1227 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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