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- PDB-3mhd: Crystal structure of DCR3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mhd
タイトルCrystal structure of DCR3
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
キーワードIMMUNE SYSTEM / DCR3 / TNFR / DECOY RECEPTOR / GLYCOPROTEIN / SECRETED / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / signaling receptor activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Yan, Q. / Li, Z. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Decoy Strategies: The Structure of TL1A:DcR3 Complex.
著者: Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Yan, Q. / Li, Z. / Ramagopal, U. / Cheng, H. / Brenowitz, M. / Hui, X. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0441
ポリマ－19,0441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.019, 130.019, 96.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Decoy receptor for Fas ligand / Decoy receptor 3 / DcR3 / M68


分子量: 19044.217 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCR3, TNFRSF6B, TR6 / プラスミド: pMT/Bip/V5-His / 細胞株 (発現宿主): S2 / 発現宿主: DROSOPHILA (ハエ) / 参照: UniProt: O95407
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M sodium acetate, 1mM CaCl2, 0.1M sodium citrate, 10% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 8677 / Num. obs: 8677 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 859

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K51

3k51


解像度: 2.901→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 54.802 / SU ML: 0.434 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.634 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The diffraction data were corrected for anisotropy
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31481 169 2.7 %RANDOM
Rwork0.28535 ---
obs0.28619 6010 88.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.47 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1004 0 0 0 1004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9281450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8695133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.42821.50953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.83815147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1290.3372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.5662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.541
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1040.320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0330.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1441.5681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.64921071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.8793429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.0044.5377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 7 -
Rwork0.335 85 -
obs--18.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.05335.9611-1.43218.9908-1.765.52850.26680.16680.26391.15130.0522-0.3907-0.8320.3887-0.3190.4284-0.05480.13360.1542-0.06170.120542.81330.882540.8147
219.783211.03885.57515.52640.756115.61530.0970.9969-0.8862-0.6016-0.1984-0.55780.5952-1.02580.10140.2950.04750.22850.4509-0.04630.466517.6851-32.885440.7072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2D114 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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