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- PDB-1klo: CRYSTAL STRUCTURE OF THREE CONSECUTIVE LAMININ-TYPE EPIDERMAL GRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1klo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THREE CONSECUTIVE LAMININ-TYPE EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE (LE) MODULES OF LAMININ GAMMA1 CHAIN HARBORING THE NIDOGEN BINDING SITE
要素LAMININ
キーワードGLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


laminin-10 complex / tissue morphogenesis / hair follicle cell proliferation / regulation of basement membrane organization / hemidesmosome assembly / glycosphingolipid binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / hair cell differentiation / protein complex involved in cell-matrix adhesion / extracellular matrix structural constituent ...laminin-10 complex / tissue morphogenesis / hair follicle cell proliferation / regulation of basement membrane organization / hemidesmosome assembly / glycosphingolipid binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / hair cell differentiation / protein complex involved in cell-matrix adhesion / extracellular matrix structural constituent / hair follicle morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / basement membrane / extracellular matrix disassembly / synaptic cleft / positive regulation of cell adhesion / neuromuscular junction / neuron projection development / cell migration / : / chromatin organization / protein-containing complex assembly / gene expression / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / : ...Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / : / Laminin/attractin EGF domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Laminin / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Laminin subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stetefeld, J. / Mayer, U. / Timpl, R. / Huber, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of three consecutive laminin-type epidermal growth factor-like (LE) modules of laminin gamma1 chain harboring the nidogen binding site.
著者: Stetefeld, J. / Mayer, U. / Timpl, R. / Huber, R.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Two Non-Contiguous Regions Contribute to Nidogen Binding to a Single Egf-Like Motif of the Laminin Gamma 1 Chain
著者: Poschl, E. / Fox, J.W. / Block, D. / Mayer, U. / Timpl, R.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: A Single Egf-Like Motif of Laminin is Responsible for High Affinity Nidogen Binding
著者: Mayer, U. / Nischt, R. / Poschl, E. / Mann, K. / Fukuda, K. / Gerl, M. / Yamada, Y. / Timpl, R.
履歴
登録1996年2月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1411
ポリマ－17,1411
非ポリマー00
水2,144119
1
A: LAMININ

A: LAMININ

A: LAMININ

A: LAMININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5654
ポリマ－68,5654
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation8_676x-y+1,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)74.570, 74.570, 185.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 LAMININ


分子量: 17141.363 Da / 分子数: 1
断片: GAMMA-1 CHAIN, THREE CONSECUTIVE LAMININ-TYPE EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE (LE) MODULES
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P02468
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.59 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 4.1 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17.1 mg/mlprotein1drop
20.62 mMMops1drop
41.0 %(w/v)PEG60001drop
50.07 mM1dropZnSO4
60.75 Mammonium sulfate1reservoir
70.1 Mimidazole1reservoir
3precipitating buffer1drop0.0015 ml

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 17012 / % possible obs: 91.4 % / Num. measured all: 29004 / Rmerge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.1972 -
obs0.1972 14983
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 0 0 119 1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.36
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.539
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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