PDB-1rzm: Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rzm

タイトル

Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHPS) from Thermotoga maritima complexed with Cd2+, PEP and E4P

要素

Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / (BETA/ALPHA) BARREL / TIM BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Shumilin, I.A. / Bauerle, R. / Wu, J. / Woodard, R.W. / Kretsinger, R.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Reaction Complex of 3-Deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate Synthase from Thermotoga maritima Refines the Catalytic Mechanism and Indicates a New Mechanism ...
著者: Shumilin, I.A. / Bauerle, R. / Wu, J. / Woodard, R.W. / Kretsinger, R.H.

履歴

登録	2003年12月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rzm.cif.gz	144.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rzm.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rzm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fwwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	10201 4754 10199 10203 3gg2-d 3auv-d 5mni-2 4ghk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

ヘテロ分子

75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

ヘテロ分子

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.581, 144.215, 141.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-8019- HOH
2	1	B-9014- HOH

詳細

The biological assembly is a tetramer

#1: タンパク質	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Phospho-2- keto-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthetase / 3-deoxy-D-arabino- heptulosonate 7- ...Phospho-2- keto-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthetase / 3-deoxy-D-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase 分子量: 37430.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: AROF, TM0343 / プラスミド: pT7-aroG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸分子量: 168.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₆P
#4: 糖	ChemComp-E4P / ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / エリトロ-ス4-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 200.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉O₇P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, LiCl, bis-tris propane, CdCl2, PEP, E4P, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.2831 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2831 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 37384 / Num. obs: 37384 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3708 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FWW

1fww

解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1870	-	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
all	-	37384	-	-
obs	-	37384	100 %	-

Refine analyze

	Obs	Free
Luzzati d res low	5 Å	-
Luzzati sigma a	0.29 Å	0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5258	0	47	159	5464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.82

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)