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- PDB-1qb3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CELL CYCLE REGULATORY PROTEIN CKS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qb3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CELL CYCLE REGULATORY PROTEIN CKS1
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT
キーワードCELL CYCLE / CELL CYCLE MUTAGENESIS DOMAIN SWAPPING / CYCLIN-DEPENDENT KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / protein kinase activator activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II ...regulation of cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / protein kinase activator activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Bourne, Y. / Watson, M.H. / Arvai, A.S. / Bernstein, S.L. / Reed, S.I. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure and mutational analysis of the Saccharomyces cerevisiae cell cycle regulatory protein Cks1: implications for domain swapping, anion binding and protein interactions.
著者: Bourne, Y. / Watson, M.H. / Arvai, A.S. / Bernstein, S.L. / Reed, S.I. / Tainer, J.A.
履歴
登録1999年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4503
ポリマ－53,4503
非ポリマー00
水43224
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT

C: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_556-y,-x,-z+5/31
3
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT

B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT

B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT

B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2674
ポリマ－71,2674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation9_556-x,-x+y,-z+4/31
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+4/31
Buried area10650 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area28800 Å2
手法PISA
4
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT

B: CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.810, 105.810, 165.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT


分子量: 17816.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20486
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 4K, 5% NASCN AND 0.1 M IMIDAZOLE/MALATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 51 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001drop
35 %sat1dropNaSCN
40.1 Mimidazole/malate1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→12 Å / Num. all: 10366 / Num. obs: 10218 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
Num. obs: 10366 / Num. measured all: 243609

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 3→12 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 539 -
Rwork0.216 --
obs-10218 89.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 0 0 24 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.216 / Num. reflection obs: 10366
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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