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- PDB-6xf1: Nesprin-2G(aa1425-1649)-FHOD1(aa1-339) complex, H. sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xf1
タイトルNesprin-2G(aa1425-1649)-FHOD1(aa1-339) complex, H. sapiens
要素
  • FH1/FH2 domain-containing protein 1
  • Nesprin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / spectrin repeat / FH3 domain / armadillo repeat / scaffold protein / nuclear positioning / transmembrane / actin-associated nuclear line
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / establishment of centrosome localization / regulation of cilium assembly / bleb / intermediate filament cytoskeleton / regulation of stress fiber assembly / nuclear outer membrane ...nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / establishment of centrosome localization / regulation of cilium assembly / bleb / intermediate filament cytoskeleton / regulation of stress fiber assembly / nuclear outer membrane / nuclear lumen / filopodium membrane / cortical actin cytoskeleton organization / centrosome localization / nuclear migration / lamellipodium membrane / intercalated disc / positive regulation of stress fiber assembly / sarcoplasmic reticulum membrane / Meiotic synapsis / sarcoplasmic reticulum / Z disc / fibrillar center / actin filament binding / nuclear envelope / actin binding / nuclear membrane / cytoskeleton / cilium / positive regulation of cell migration / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FHOD1, N-terminal GTPase-binding domain / Formin N-terminal GBD / KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily ...FHOD1, N-terminal GTPase-binding domain / Formin N-terminal GBD / KASH domain / Nuclear envelope localisation domain / KASH domain profile. / Nuclear envelope localisation domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nesprin-2 / FH1/FH2 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lim, S.M. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-AR065484 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structures of FHOD1-Nesprin1/2 complexes reveal alternate binding modes for the FH3 domain of formins.
著者: Lim, S.M. / Cruz, V.E. / Antoku, S. / Gundersen, G.G. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nesprin-2
B: FH1/FH2 domain-containing protein 1
C: Nesprin-2
D: FH1/FH2 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0494
ポリマ－125,0494
非ポリマー00
水43224
1
A: Nesprin-2
B: FH1/FH2 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5242
ポリマ－62,5242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Nesprin-2
D: FH1/FH2 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5242
ポリマ－62,5242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.825, 52.443, 177.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.268, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1424 through 1440 or (resid 1441...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1424 through 1555 or resid 1557 through 1649))
d_1ens_2(chain "B" and (resid 18 through 265 or (resid 266...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 18 or (resid 19 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPPHEA5 - 78
d_12ens_1GLYGLUA81 - 136
d_13ens_1VALASPA138 - 230
d_21ens_1ASPGLUC1 - 130
d_22ens_1VALASPC134 - 226
d_11ens_2VALLEUB1 - 307
d_21ens_2VALASPD5 - 33
d_22ens_2LEUMETD36 - 81
d_23ens_2PHELYSD85 - 91
d_24ens_2LEULEUD97 - 321

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.439755513536, 0.0486806679109, -0.896797235102), (0.0720090054529, -0.99722637603, -0.018821744995), (-0.895226111912, -0.0563005108566, -0.442041243584)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.439755513536, 0.0486806679109, -0.896797235102), (0.0720090054529, -0.99722637603, -0.018821744995), (-0.895226111912, -0.0563005108566, -0.442041243584)
ベクター: 136.817337932, -36.176390987, 252.552566443)

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要素

#1: タンパク質 Nesprin-2 / KASH domain-containing protein 2 / KASH2 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 2 / Nucleus and ...KASH domain-containing protein 2 / KASH2 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 2 / Nucleus and actin connecting element protein / Protein NUANCE / Synaptic nuclear envelope protein 2 / Syne-2


分子量: 27034.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNE2, KIAA1011, NUA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8WXH0
#2: タンパク質 FH1/FH2 domain-containing protein 1 / Formin homolog overexpressed in spleen 1 / FHOS / Formin homology 2 domain-containing protein 1


分子量: 35489.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FHOD1, FHOS, FHOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y613
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris/HCl pH 8.5, 0.2 M potassium sodium tartrate, 21% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→67.3 Å / Num. obs: 50981 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 77.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 4500 / CC1/2: 0.54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DAD

3dad


解像度: 2.8→67.27 Å / SU ML: 0.4048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6156
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 1774 3.92 %
Rwork0.2176 43512 -
obs0.2193 45286 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→67.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8553 0 0 24 8577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01278697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.950611797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01251522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.38561155
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.94093006452
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.62555184035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.880.32421300.31153265X-RAY DIFFRACTION97.75
2.88-2.960.36941370.28883333X-RAY DIFFRACTION98.8
2.96-3.060.35621360.29053361X-RAY DIFFRACTION99.57
3.06-3.170.35231340.27793307X-RAY DIFFRACTION99.22
3.17-3.290.32221390.27433374X-RAY DIFFRACTION99.43
3.29-3.440.34861330.27843263X-RAY DIFFRACTION97.84
3.44-3.620.3411360.24763320X-RAY DIFFRACTION98.38
3.62-3.850.24491370.23813364X-RAY DIFFRACTION99.21
3.85-4.150.26451360.21713322X-RAY DIFFRACTION99.03
4.15-4.560.26741360.19593318X-RAY DIFFRACTION97.02
4.56-5.220.22251390.17883403X-RAY DIFFRACTION99.44
5.22-6.580.26411400.24523428X-RAY DIFFRACTION99.33
6.58-67.270.19261410.16913454X-RAY DIFFRACTION97.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.27150010223-5.870566581514.006902908456.21576041786-2.598541865124.178781787570.132204015951-0.10741260841-0.0845074384442-0.2052067048180.01283732392050.755166603495-0.155317062082-0.647955274798-0.0855380906240.4259058694970.02316527100560.02497168414410.440281105958-0.01729336228540.582500444649181.954620902-25.862297274460.335849954
29.7366791439-3.541199534761.444836114950.485492721099-0.84337956170.2683803353250.149499027017-0.04766556272410.500090602177-0.0929971173912-0.114855851956-0.125070550254-0.0384108462204-0.0580160391691-0.02358348293630.5028054348730.0380372924108-0.06190280083580.471089954906-0.02908889940040.822786560381229.606885197-44.871419653367.6904885886
35.97596885880.1596528640073.600984419723.74003672949-2.075383980376.86503429525-0.5892500271880.3099586704361.266906554720.005624718498770.2135253315020.650808362575-0.66429133618-1.610344133760.2013314374670.7804005218180.18462672129-0.2336772571921.387705745450.1197021715421.24313975059214.176546953-22.691714632843.3519973221
47.08696174837-2.12851942456-0.8713192790533.45639521088-0.1321924208465.536210376560.2557195285990.7987865483680.921714979925-0.431232770342-0.329629120261-0.0941690428971-0.3601727188020.1955842919260.0632746576660.445508454462-0.019729896875-0.03729783515240.4243672701250.1126536801240.66424793261242.907249656-31.099216514152.6873955891
57.08323838486-0.3052740570281.855264118055.795251423472.252884957086.256776267390.3147730582221.18965596666-0.242133590549-0.154228376358-0.401372670162-0.5082183350720.942459524141.186676670420.08506952874650.6431208607280.3063656656520.09520859964761.076703860250.04936694708140.904622036921262.620975309-45.742491802147.1914393111
64.67968087665-0.20708027778-2.116621861034.25192978729-1.266280246954.42653884898-0.170544305261-0.0438174164708-0.1506490543120.350662984415-0.240904182171-0.05908240105630.689141760453-0.3272800292190.3046930774960.813169255071-0.03273942403760.00477782988530.603044960139-0.07936639057520.612488291084161.9580688712.0525120903163.0646232004
71.404642842451.0575152413-2.328075744671.25960060932-3.273604254555.54932910858-0.2165506961840.0695663385879-0.115529588550.1334790253-0.0180497429161-0.192331582977-0.448877248677-0.1912873869970.1495572021691.107265334080.0130474002071-0.04478326260810.6224082603010.01318038996070.52475515416174.75754621323.791171006619.5906141346
84.26253671115-0.1079134222140.8279685702495.855568296481.246479948968.500682773890.0319772988515-0.000202626652684-0.332342368395-0.2216870254560.362449680468-0.3036927185581.35843144267-0.0901189565249-0.4252260052930.820349469416-0.0318990121963-0.06633420315840.369023288555-0.01891672150970.539139474587188.2041503521.1872258834946.2548427279
96.495482195671.10132342737-0.3289270652754.8151891955-2.952266195586.72560866537-0.1821353787990.30143912326-0.1158262092920.0320276293764-0.387169732465-0.6174043049970.2679219631121.129182638480.5823261310210.7242584223110.114264876366-0.04244174549280.584983721585-0.04408608728820.495952623681194.08751254410.017874480815.4774070664
102.094879942921.908573699130.2710457483124.47223074403-1.646747017994.61410009094-0.6131271192431.486451001531.3054162269-0.534487320422-0.340831182512-0.627516115344-1.183048886492.118599710440.6508371034711.16111816133-0.221420041935-0.0250358874571.66736529050.406746895331.15671536126209.09396440124.91363075471.56625470589
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1420 through 1522 )AA1420 - 15221 - 103
22chain 'A' and (resid 1523 through 1649 )AA1523 - 1649104 - 230
33chain 'B' and (resid 18 through 115 )BB18 - 1151 - 88
44chain 'B' and (resid 116 through 251 )BB116 - 25189 - 224
55chain 'B' and (resid 252 through 334 )BB252 - 334225 - 307
66chain 'C' and (resid 1424 through 1522 )CC1424 - 15221 - 97
77chain 'C' and (resid 1523 through 1649 )CC1523 - 164998 - 226
88chain 'D' and (resid 14 through 115 )DD14 - 1151 - 102
99chain 'D' and (resid 116 through 251 )DD116 - 251103 - 238
1010chain 'D' and (resid 252 through 334 )DD252 - 334239 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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