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Yorodumi- PDB-1vp7: Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_8... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1vp7 | ||||||
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Title | Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution | ||||||
Components | exodeoxyribonuclease VII small subunit | ||||||
Keywords | HYDROLASE / NP_881400.1 / Exodeoxyribonuclease VII small subunit E.C.3.1.11.6 / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative | ||||||
Function / homology | Function and homology information exodeoxyribonuclease VII / exodeoxyribonuclease VII activity / exodeoxyribonuclease VII complex / DNA catabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bordetella pertussis Tohama I (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit E.C.3.1.11.6 (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1vp7.cif.gz | 90.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1vp7.ent.gz | 73.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1vp7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1vp7_validation.pdf.gz | 473.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1vp7_full_validation.pdf.gz | 476.3 KB | Display | |
Data in XML | 1vp7_validation.xml.gz | 17 KB | Display | |
Data in CIF | 1vp7_validation.cif.gz | 24.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vp7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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-Components
#1: Protein | Mass: 11232.008 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis Tohama I (bacteria) Species: Bordetella pertussis / Strain: Tohama I / Gene: NP_881400.1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q7W7Q2, UniProt: Q7VV85*PLUS, exodeoxyribonuclease VII #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.75 Å3/Da / Density % sol: 66.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop, nanodrop / pH: 7.5 Details: 2.0M (NH4)2SO4, 2.0% PEG-400, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC / Detector: CCD / Date: Sep 18, 2004 | ||||||||||||||||||
Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.4→29.02 Å / Num. obs: 28264 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 42.73 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 18 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4033 / Rsym value: 0.616 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.4→29.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 12.479 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.208 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. DENSITY IS POOR FOR E78-79, F78-79, F33-36. 2. UNEXPLAINED DENSITIES: BETWEEN A20/B20; BETWEEN C20/D20; BETWEEN E20/F20; NEAR D80/D82 AND NEAR C12/C14/C30/C39.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.774 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→29.02 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 401 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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