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- PDB-1vp7: Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vp7
タイトルCrystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution
要素exodeoxyribonuclease VII small subunitエキソヌクレアーゼVII
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NP_881400.1 / Exodeoxyribonuclease VII small subunit E.C.3.1.11.6 (エキソヌクレアーゼVII) / structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


エキソヌクレアーゼVII / exodeoxyribonuclease VII activity / exodeoxyribonuclease VII complex / DNA catabolic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exonuclease VII, small subunit / Exonuclease VII, small subunit / Exonuclease VII, small subunit superfamily / Exonuclease VII small subunit / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Exodeoxyribonuclease 7 small subunit / Exodeoxyribonuclease 7 small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit E.C.3.1.11.6 (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exodeoxyribonuclease VII small subunit
B: exodeoxyribonuclease VII small subunit
C: exodeoxyribonuclease VII small subunit
D: exodeoxyribonuclease VII small subunit
E: exodeoxyribonuclease VII small subunit
F: exodeoxyribonuclease VII small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3926
ポリマ－67,3926
非ポリマー00
水2,396133
1
A: exodeoxyribonuclease VII small subunit
B: exodeoxyribonuclease VII small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4642
ポリマ－22,4642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
2
C: exodeoxyribonuclease VII small subunit
D: exodeoxyribonuclease VII small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4642
ポリマ－22,4642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8800 Å2
手法PISA
3
E: exodeoxyribonuclease VII small subunit
F: exodeoxyribonuclease VII small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4642
ポリマ－22,4642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.030, 107.030, 207.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-123-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71A
81B
91C
101D
111E
121F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROALAAA15 - 3327 - 45
21PROALABB15 - 3327 - 45
31PROALACC15 - 3327 - 45
41PROALADD15 - 3327 - 45
51PROALAEE15 - 3327 - 45
61PROALAFF15 - 3327 - 45
72GLUARGAA42 - 7854 - 90
82GLUARGBB42 - 7854 - 90
92GLUARGCC42 - 7854 - 90
102GLUARGDD42 - 7854 - 90
112GLUARGEE42 - 7854 - 90
122GLUARGFF42 - 7854 - 90

-
要素

#1: タンパク質
exodeoxyribonuclease VII small subunit / エキソヌクレアーゼVII


分子量: 11232.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
生物種: Bordetella pertussis / 株: Tohama I / 遺伝子: NP_881400.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7W7Q2, UniProt: Q7VV85*PLUS, エキソヌクレアーゼVII
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.96 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 2.0% PEG-400, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.110.979694
シンクロトロンALS 8.3.120.979694,0.979811,1.020035
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9796941
20.9798111
31.0200351
反射解像度: 2.4→29.02 Å / Num. obs: 28264 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 42.73 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4033 / Rsym value: 0.616 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA5.0)データスケーリング
SHELXモデル構築
autoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 12.479 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.208
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. DENSITY IS POOR FOR E78-79, F78-79, F33-36. 2. UNEXPLAINED DENSITIES: BETWEEN A20/B20; BETWEEN C20/D20; BETWEEN E20/F20; NEAR D80/D82 AND NEAR C12/C14/C30/C39.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 1388 4.9 %RANDOM
Rwork0.20268 ---
obs0.20473 26875 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20.66 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 0 133 3262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6052.0154288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9465409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72824.676139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04515539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0551531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.90332146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.85253322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.92581098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.23211966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.22242
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 401 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.455
2Bloose positional0.555
3Cloose positional0.345
4Dloose positional0.375
5Eloose positional0.485
6Floose positional0.475
1Aloose thermal8.0910
2Bloose thermal6.0410
3Cloose thermal9.2310
4Dloose thermal6.9810
5Eloose thermal6.1210
6Floose thermal12.0410
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 84 4.1 %
Rwork0.228 1965 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1335-1.9324-1.42951.96031.27610.85460.03770.12450.2039-0.08820.0551-0.0489-0.12660.0867-0.0928-0.01790.01980.0005-0.05110.0014-0.011919.49966.60759.461
21.0636-1.5414-0.89683.55741.84411.0410.08150.08390.1184-0.04040.0259-0.1689-0.11720.07-0.1074-0.00210.01360.0503-0.04450.0011-0.029326.69761.07144.509
30.5205-0.8999-0.6533.40640.86480.857-0.0213-0.0404-0.01950.25270.035-0.246-0.1636-0.0017-0.0137-0.02830.0492-0.03740.0079-0.0212-0.029323.81463.27277.542
43.2018-2.4325-2.49693.56093.04822.72090.0373-0.27360.1910.16430.0709-0.1791-0.05230.2339-0.10810.09660.0856-0.06420.0137-0.0463-0.117219.27672.35892.687
54.1677-1.2474-1.6430.65271.29613.96960.07160.45260.3405-0.2571-0.149-0.0511-0.1760.27290.07750.09860.09690.03020.03460.0936-0.07224.54363.04324.784
65.3613-2.2374-5.48343.31044.24977.3671-0.31370.1301-0.46940.04280.1215-0.0721-0.16650.26750.19220.08070.10770.07020.17390.1051-0.090533.88357.4079.763
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA13 - 8025 - 92
22BB10 - 8622 - 98
33CC9 - 7921 - 91
44DD13 - 8425 - 96
55EE13 - 7925 - 91
66FF13 - 7925 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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