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- PDB-5ke1: Structure of a C-terminal fragment of the IcsA/VirG passenger-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ke1
タイトルStructure of a C-terminal fragment of the IcsA/VirG passenger-domain
要素Outer membrane protein IcsA autotransporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / virulence factor / autochaperone / autotransporter
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cell-to-cell migration in host / cell tip / cell outer membrane / periplasmic space / cell adhesion / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / VirG insertion domain (VID) / Autotransporter-associated beta strand repeat / Autochaperone domain type 1 / Passenger-associated-transport-repeat / Autochaperone Domain Type 1 / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain ...: / VirG insertion domain (VID) / Autotransporter-associated beta strand repeat / Autochaperone domain type 1 / Passenger-associated-transport-repeat / Autochaperone Domain Type 1 / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Outer membrane autotransporter IcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leupold, S. / Scrima, A.
資金援助 ドイツ, フランス, 5件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationVH-NG-727 ドイツ
BioStruct-X283570 ドイツ
Grenoble Instruct CenterUMS 3518 CNRS-CEA-UJF-EMBL フランス
FRISBIANR-10-INSB-05-02 フランス
GRALANR-10-LABX-49-01 フランス
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the architecture of the Shigella flexneri virulence factor IcsA/VirG and motifs involved in polar distribution and secretion.
著者: Leupold, S. / Busing, P. / Mas, P.J. / Hart, D.J. / Scrima, A.
履歴
登録2016年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein IcsA autotransporter
B: Outer membrane protein IcsA autotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2623
ポリマ－73,2032
非ポリマー591
水8,341463
1
A: Outer membrane protein IcsA autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6021
ポリマ－36,6021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane protein IcsA autotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6602
ポリマ－36,6021
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.870, 84.670, 114.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein IcsA autotransporter


分子量: 36601.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 419-758 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: icsA, virG, CP0182 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7BCK4
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.2 M KCl, 0.1 M TRIS pH 7.2, 26% Jeffamine M-2070

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.335 Å / Num. obs: 52462 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 13.11
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-20.8172.5197.6
2-2.10.5483.65198
2.1-2.20.4165.06197.9
2.2-2.50.2677.39198.1
2.5-30.12413.6198.9
3-60.05129.18199.2
6-100.03536.49199.9
100.02642198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ML3

3ml3


解像度: 1.9→42.335 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 2623 5 %
Rwork0.1664 --
obs0.1679 52451 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.8 Å2 / Biso mean: 47.339 Å2 / Biso min: 16.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4775 0 1 463 5239
Biso mean--19.75 42.69 -
残基数----641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6936577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7732855
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.93450.27531350.2632549268497
1.9345-1.97170.28141370.24392603274098
1.9717-2.0120.28031380.23662622276098
2.012-2.05570.23181350.21782562269798
2.0557-2.10350.2481380.20682638277698
2.1035-2.15610.24761360.19642578271498
2.1561-2.21440.26161370.18562593273098
2.2144-2.27960.21741360.1872594273098
2.2796-2.35310.22561380.1722614275298
2.3531-2.43720.22571370.17292611274898
2.4372-2.53480.1951390.17162637277699
2.5348-2.65020.23091380.17742624276299
2.6502-2.78990.1911400.17522655279599
2.7899-2.96460.22841390.17342636277599
2.9646-3.19340.20311370.17162618275599
3.1934-3.51470.19571400.16412659279999
3.5147-4.02290.16971410.14542665280699
4.0229-5.06710.12861390.122658279799
5.0671-42.34550.16581430.15292712285599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7746-0.5442.99470.0943-1.42279.0212-0.08540.14320.0968-0.1901-0.00760.1908-0.3328-0.30550.040.3937-0.0044-0.05430.75680.08060.3521-5.118418.9813-13.1684
21.4271-0.891.40021.109-0.68285.209-0.08780.88510.4313-0.1595-0.2701-0.2178-0.41080.57730.27410.3697-0.0871-0.03680.78280.21930.34817.313318.7537-4.3875
33.0024-0.80052.3921.9137-1.08994.02660.12910.3728-0.0481-0.297-0.07510.0710.4020.0618-0.05140.2184-0.0276-0.00850.32920.00730.153211.92356.759315.7239
42.11211.3610.2623.5052-2.81844.4398-0.02560.2187-0.4824-0.49710.2821-0.07440.7674-0.4355-0.2590.3125-0.0568-0.03610.3028-0.01550.250315.953-5.163227.8159
54.09431.14120.38514.8135-1.40610.56690.0739-0.1199-0.22910.06520.20960.50680.1859-0.2979-0.27030.299-0.1329-0.01230.39270.01430.177312.2361-1.867634.0894
64.09662.1671-1.66715.8379-1.8942.21320.1857-0.4541-0.01450.2605-0.04370.35990.1304-0.259-0.15580.195-0.0626-0.03490.33110.0410.161716.50062.43933.5972
75.79492.70160.00677.4602-3.98672.52490.4773-1.00610.10190.5892-0.24840.19850.0434-0.0092-0.17380.3615-0.1391-0.05740.40330.01740.173218.0595-3.181738.5361
84.0368-1.68764.25933.5083-3.93996.01180.3018-0.4515-0.31980.1324-0.05010.1510.2038-0.466-0.11130.41680.0862-0.11470.5563-0.05010.29187.258715.473483.3227
92.72410.37710.46151.5654-0.17826.4606-0.0352-0.5713-0.21110.33410.0607-0.10610.7661-0.0321-0.05380.39990.0944-0.04010.3716-0.00540.23660.981711.583869.4332
101.94210.29570.46041.65760.09365.2474-0.1015-0.13420.31390.0690.1181-0.0734-0.15310.0536-0.0190.1530.0108-0.01940.1897-0.03150.22660.16122.072546.7549
112.5740.6262-0.06726.3251-0.31813.524-0.16460.40430.7313-0.45390.04210.039-0.88480.00210.0480.3917-0.0256-0.06130.28060.09960.3849-3.028431.223728.5093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 419 through 468 )A419 - 468
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 469 through 546 )A469 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 547 through 652 )A547 - 652
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 653 through 669 )A653 - 669
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 670 through 691 )A670 - 691
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 692 through 715 )A692 - 715
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 716 through 740 )A716 - 740
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 422 through 450 )B422 - 450
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 451 through 546 )B451 - 546
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 547 through 652 )B547 - 652
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 653 through 740 )B653 - 740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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