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万見
- PDB-5bnq: Crystal structure of hRANKL-mRANK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bnq
タイトルCrystal structure of hRANKL-mRANK complex
要素(Tumor necrosis factor ...) x 2
キーワードCYTOKINE / RANK / RANKL / RANKL-RANK complex / TNFSF11 / TNFRSF11a / TNF superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor activity ...multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / cellular response to zinc ion starvation / osteoclast development / paracrine signaling / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation / cytokine binding / monocyte chemotaxis / positive regulation of intracellular signal transduction / response to tumor necrosis factor / mammary gland alveolus development / lymph node development / positive regulation of bone resorption / bone resorption / response to mechanical stimulus / calcium ion homeostasis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / JNK cascade / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAP kinase activity / response to interleukin-1 / osteoclast differentiation / ossification / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to insulin / positive regulation of JNK cascade / calcium-mediated signaling / cytokine-mediated signaling pathway / : / positive regulation of T cell activation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. ...Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ren, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: A RANKL mutant used as an inter-species vaccine for efficient immunotherapy of osteoporosis.
著者: Liu, C. / Zhao, Y. / He, W. / Wang, W. / Chen, Y. / Zhang, S. / Ma, Y. / Gohda, J. / Ishida, T. / Walter, T.S. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Ren, J. / Gao, B.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,75915
ポリマ－42,0722
非ポリマー68613
水1,42379
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,27645
ポリマ－126,2176
非ポリマー2,05939
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area19810 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area43450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.188, 122.188, 94.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

CL

21A-525-

HOH

31A-542-

HOH

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要素

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Tumor necrosis factor ... , 2種, 2分子 AR

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of ...Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced cytokine / TRANCE


分子量: 18054.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF11, OPGL, RANKL, TRANCE / プラスミド: PLASMID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O14788
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A / Osteoclast differentiation factor receptor / ODFR / Receptor activator of NF-KB / RANK


分子量: 24018.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfrsf11a, Rank / プラスミド: PLASMID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O35305

-
非ポリマー , 4種, 92分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium di-hydrogen phosphate, 2 M sodium chloride, 0.1 M potassium di-hydrogen phosphate and 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 19916 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ME2

3me2


解像度: 2.8→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 15.775 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20292 1018 5.1 %RANDOM
Rwork0.17085 ---
obs0.17246 18885 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.35 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2505 0 29 79 2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9423533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7595320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21824.052116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76515410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4031511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0818.5261286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.85914.3541604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7489.2961312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.87432.0673744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.866 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 77 -
Rwork0.317 1311 -
obs--94.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4887-0.2952-0.02541.0898-0.26680.93210.0998-0.06320.24940.081-0.006-0.0397-0.29-0.0344-0.09380.2108-0.00110.03680.1845-0.01320.051359.51348.0546.867
22.89610.88680.86111.20672.5879.93590.1008-0.54890.6764-0.02660.1396-0.0495-0.3956-0.0108-0.24040.2613-0.14560.00150.4419-0.21410.244283.78655.13457.586
31.79621.145-2.28761.2947-2.32435.21530.1980.28620.28290.12290.05780.1961-0.3224-0.3871-0.25570.2476-0.09180.04950.360.04480.082181.0959.67510.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A162 - 316
2X-RAY DIFFRACTION2R34 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3R115 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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