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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j9m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CDK2 in complex with Macrocyclic Aminopyrimidine | ||||||
要素 | CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2細胞分裂 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SERINE-THREONINE PROTEIN KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE / CELL DIVISION (細胞分裂) / DRUG METABOLISM (薬物代謝) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / ATP-BINDING / MYCOBACTERIA (マイコバクテリウム属) / NAT / KINASE (キナーゼ) / MITOSIS (有糸分裂) / ISONIAZID (イソニアジド) / CELL CYCLE (細胞周期) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / カハール体 / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / response to organic substance / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / DNA修復 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Schaefer, M. / Luecking, U. / Siemeister, G. / Briem, H. / Krueger, M. / Lienau, P. / Jautelat, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2007 タイトル: Macrocyclic Aminopyrimidines as Multitarget Cdk and Vegf-R Inhibitors with Potent Antiproliferative Activities. 著者: Luecking, U. / Siemeister, G. / Schaefer, M. / Briem, H. / Krueger, M. / Lienau, P. / Jautelat, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j9m.cif.gz | 72.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j9m.ent.gz | 53.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1dm2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PY8 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→71.69 Å / Num. obs: 138956 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.31 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.65 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 11.97 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 5.35 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DM2 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 11.056 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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