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- PDB-2ik8: Crystal structure of the heterodimeric complex of human RGS16 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ik8
タイトルCrystal structure of the heterodimeric complex of human RGS16 and activated Gi alpha 1
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
  • Regulator of G-protein signaling 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein signalling / RGS / heterotrimeric G protein (ヘテロ三量体Gタンパク質) / signalling complex / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / negative regulation of signal transduction / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway ...regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / negative regulation of signal transduction / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 視覚 / GTPase activator activity / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / positive regulation of GTPase activity / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / 細胞皮質 / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / lysosomal membrane / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / 核小体 / magnesium ion binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain ...Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Regulator of G-protein signaling 16 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Soundararajan, M. / Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Debreczeni, J. / Gorrec, F. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. ...Soundararajan, M. / Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Debreczeni, J. / Gorrec, F. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2006年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
B: Regulator of G-protein signaling 16
C: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
D: Regulator of G-protein signaling 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,95018
ポリマ－106,0404
非ポリマー1,90914
水64936
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
B: Regulator of G-protein signaling 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,07110
ポリマ－53,0202
非ポリマー1,0518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
D: Regulator of G-protein signaling 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8798
ポリマ－53,0202
非ポリマー8596
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.656, 104.312, 124.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31A
41C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGALAALAAA32 - 1112 - 81
211GLUGLUALAALACC33 - 1113 - 81
321METMETLEULEUAA119 - 34889 - 318
421METMETLEULEUCC119 - 34889 - 318
112SERSERALAALABB65 - 18415 - 134
212SERSERALAALADD65 - 18415 - 134

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 37102.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 16 / RGS16 / Retinally abundant regulator of G-protein signaling / RGS-R / A28-RGS14P


分子量: 15917.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS16, RGSR / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 / 参照: UniProt: O15492

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月24日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 29438 / Num. obs: 27900 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID = 2GTP

2gtp


解像度: 2.71→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 31.847 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 2.095 / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29106 1491 5.1 %RANDOM
Rwork0.2325 ---
all0.23544 27900 --
obs0.23544 27900 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.15 Å20 Å20 Å2
2---4.39 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6670 0 108 36 6814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.9569355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82310811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5295863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13824.328305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.991151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3151534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.24621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.23469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23477
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1840.29
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0740.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2080.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2791.54435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0561.51751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.48526903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.76832811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.214.52452
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1836medium positional0.260.5
2B714medium positional0.240.5
1A2041loose positional0.535
2B734loose positional0.415
1A1836medium thermal0.292
2B714medium thermal0.232
1A2041loose thermal0.7410
2B734loose thermal0.510
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.781 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 97 -
Rwork0.285 1863 -
obs--91.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7866-0.77430.1893.2676-0.22641.1721-0.0429-0.00360.2462-0.13390.0572-0.1065-0.03590.0165-0.0143-0.2517-0.0417-0.0313-0.2011-0.0203-0.2627-12.140626.3156-26.8262
22.57291.39010.21145.4555-1.49466.75550.0152-0.08250.04080.8051-0.0738-0.456-0.14640.07910.05860.04480.0375-0.1299-0.1846-0.0462-0.136-3.488430.8065-3.823
32.1505-0.92970.45172.6445-0.81572.7201-0.2153-0.08480.1420.26340.0133-0.3869-0.09930.12630.202-0.14070.0248-0.0609-0.2631-0.0114-0.2364-37.39161.7632-4.1897
45.29110.11412.01313.050.38966.43040.02920.56360.4446-0.194-0.2228-0.2599-0.6270.42250.1936-0.14630.03380.0891-0.07050.21080.0029-30.389268.7111-27.6885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA32 - 1112 - 81
2X-RAY DIFFRACTION1AA119 - 34889 - 318
3X-RAY DIFFRACTION2BB65 - 18415 - 134
4X-RAY DIFFRACTION3CC33 - 1113 - 81
5X-RAY DIFFRACTION3CC119 - 34889 - 318
6X-RAY DIFFRACTION4DD55 - 1845 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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