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- PDB-1rzi: Crystal structure of human anti-HIV-1 gp120-reactive antibody 47e fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rzi
タイトルCrystal structure of human anti-HIV-1 gp120-reactive antibody 47e fab
要素
  • Fab 47e heavy chain
  • Fab 47e light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / gp120 (Gp120 (HIV)) / CD4i / antibodies (抗体) / tyrosine sulfation / VH-gene usage
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Huang, C.C. / Venturi, M. / Majeed, S. / Moore, M.J. / Phogat, S. / Zhang, M.-Y. / Dimitrov, D.S. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Sodroski, J. ...Huang, C.C. / Venturi, M. / Majeed, S. / Moore, M.J. / Phogat, S. / Zhang, M.-Y. / Dimitrov, D.S. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Choe, H. / Farzan, M. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural basis of tyrosine sulfation and VH-gene usage in antibodies that recognize the HIV type 1 coreceptor-binding site on gp120
著者: Huang, C.C. / Venturi, M. / Majeed, S. / Moore, M.J. / Phogat, S. / Zhang, M.-Y. / Dimitrov, D.S. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Choe, H. / Farzan, M. / Kwong, P.D.
履歴
登録2003年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 47e light chain
B: Fab 47e heavy chain
C: Fab 47e light chain
D: Fab 47e heavy chain
E: Fab 47e light chain
F: Fab 47e heavy chain
G: Fab 47e light chain
H: Fab 47e heavy chain
I: Fab 47e light chain
J: Fab 47e heavy chain
K: Fab 47e light chain
L: Fab 47e heavy chain
M: Fab 47e light chain
N: Fab 47e heavy chain
O: Fab 47e light chain
P: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,59716
ポリマ－378,59716
非ポリマー00
水7,044391
1
A: Fab 47e light chain
B: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
2
C: Fab 47e light chain
D: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
3
E: Fab 47e light chain
F: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
4
G: Fab 47e light chain
H: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
5
I: Fab 47e light chain
J: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
6
K: Fab 47e light chain
L: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
7
M: Fab 47e light chain
N: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
8
O: Fab 47e light chain
P: Fab 47e heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3252
ポリマ－47,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.430, 111.645, 133.309
Angle α, β, γ (deg.)85.48, 90.00, 89.71
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
Fab 47e light chain


分子量: 23166.619 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Lymphocryptovirus
Cell (発現宿主): IMMORTALIZED B-CELL CLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER
発現宿主: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
#2: 抗体
Fab 47e heavy chain


分子量: 24157.945 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Lymphocryptovirus
Cell (発現宿主): IMMORTALIZED B-CELL CLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER
発現宿主: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.2M ammonium citrate, 0.1M Tris-HCl, 4% PEG1000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12.5 mMTris-HCl1drop
20.35 M1dropNaCl
30.02 %(v/v)1dropNaN3pH7.0
44-8 mg/mlprotein1drop
51.2 Mammonium citrate1reservoir
60.1 MTris-HCl1reservoir
74 %PEG10001reservoirpH9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月12日
放射モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 84392 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 64.3 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / % possible all: 31.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 81.9 % / Num. measured all: 390048 / Rmerge(I) obs: 0.176
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 31.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 257118.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 7671 10.1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.2331 ---
obs0.2331 76315 81.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.3048 Å2 / ksol: 0.267058 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å23.04 Å20 Å2
2--19.17 Å2-7.27 Å2
3----17.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25582 0 0 391 25973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.542.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 658 9.9 %
Rwork0.386 6011 -
obs--43 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.319 / Rfactor Rwork: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0087
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.569
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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