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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7903 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PGT121 and 12N Fabs | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PGT121 and 12N Fabs | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Turner HL / Ward AB / Nogal B / Cottrell C | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2018 タイトル: Electron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization. 著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton ...著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner / 要旨: Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7903.map.gz | 6.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7903-v30.xml emd-7903.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7903.png | 31.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7903 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7903 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7903_validation.pdf.gz | 302.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7903_full_validation.pdf.gz | 302.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7903_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7903 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7903 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7552C 7553C 7554C 7555C 7556C 7557C 7570C 7887C 7888C 7889C 7890C 7891C 7892C 7893C 7894C 7895C 7896C 7904C 7906C 6cjkC 6didC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain EM map of BG505 SOSIP.644 in complex with PGT121 and 12N Fabs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of BG505 SOSIP.664 with PGT121 and 12N fabs
全体 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 with PGT121 and 12N fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of BG505 SOSIP.664 with PGT121 and 12N fabs
超分子 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 with PGT121 and 12N fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Serum was purified through SEC after adding excess PGT121 and 12N fabs |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.077 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: at 2% |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
詳細 | Sample in TBS, stained with UF |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-46 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 222 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |