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- EMDB-4768: Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4768
タイトルCryo-EM structure of NCP_THF2(-3)
マップデータ
試料THF2 (-3) containing nucleosome:
Human DNAデオキシリボ核酸 / (Histone H4ヒストンH4) x 2 / Histone H3.1 / 2A / 2B / (nucleic-acid核酸) x 2 / Histone H3.1ヒストンH3 / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of megakaryocyte differentiation / depurination / positive regulation of histone exchange / Packaging Of Telomere Ends / CENP-A containing chromatin assembly / negative regulation of DNA recombination at telomere / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / depurination / positive regulation of histone exchange / Packaging Of Telomere Ends / CENP-A containing chromatin assembly / negative regulation of DNA recombination at telomere / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / DNA replication-independent chromatin assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / Cleavage of the damaged pyrimidine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / heterochromatin assembly => GO:0031507 / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / SUMOylation of chromatin organization proteins / Interleukin-7 signaling / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNAメチル化 / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / innate immune response in mucosa / rDNA heterochromatin assembly / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / negative regulation of gene expression, epigenetic / PRC2 methylates histones and DNA / mitotic chromosome condensation / regulation of gene silencing by miRNA / : / RNA Polymerase I Promoter Escape / HDACs deacetylate histones / nuclear chromosome / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / NoRC negatively regulates rRNA expression / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / regulation of megakaryocyte differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA-templated transcription, initiation / Metalloprotease DUBs / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / G2/M DNA damage checkpoint / lipopolysaccharide binding / nucleosome assembly / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / regulation of androgen receptor signaling pathway / Pre-NOTCH Transcription and Translation / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / 遺伝的組換え / ヌクレオソーム / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / UCH proteinases / Transcriptional regulation of granulopoiesis / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / chromatin organization / Processing of DNA double-strand break ends / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ウイルスのライフサイクル / chromosome, telomeric region / killing of cells of other organism / Oxidative Stress Induced Senescence / antibacterial humoral response / Estrogen-dependent gene expression / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / 凝固・線溶系 / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / cadherin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of cell population proliferation / amyloid fibril formation / protein domain specific binding / protein-containing complex / RNA binding / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 生体膜 / extracellular region / 核質
類似検索 - 分子機能
Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4 signature. ...Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4 signature. / Histone H4, conserved site / ヒストンH4 / ヒストンH4 / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / CENP-T/Histone H4, histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / ヒストンH4 / ヒストンH3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Matsumoto S / Cavadini S / Bunker RD / Thoma NH
資金援助 スイス, 日本, 7件
OrganizationGrant number
Swiss National Science FoundationCRSII3_160734/1 スイス
European Commission667951
European Union666068
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H05534 日本
European Commission705354
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101076 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06307 日本
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting.
著者: Syota Matsumoto / Simone Cavadini / Richard D Bunker / Ralph S Grand / Alessandro Potenza / Julius Rabl / Junpei Yamamoto / Andreas D Schenk / Dirk Schübeler / Shigenori Iwai / Kaoru ...著者: Syota Matsumoto / Simone Cavadini / Richard D Bunker / Ralph S Grand / Alessandro Potenza / Julius Rabl / Junpei Yamamoto / Andreas D Schenk / Dirk Schübeler / Shigenori Iwai / Kaoru Sugasawa / Hitoshi Kurumizaka / Nicolas H Thomä /
要旨: Access to DNA packaged in nucleosomes is critical for gene regulation, DNA replication and DNA repair. In humans, the UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) complex detects UV-light-induced ...Access to DNA packaged in nucleosomes is critical for gene regulation, DNA replication and DNA repair. In humans, the UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) complex detects UV-light-induced pyrimidine dimers throughout the genome; however, it remains unknown how these lesions are recognized in chromatin, in which nucleosomes restrict access to DNA. Here we report cryo-electron microscopy structures of UV-DDB bound to nucleosomes bearing a 6-4 pyrimidine-pyrimidone dimer or a DNA-damage mimic in various positions. We find that UV-DDB binds UV-damaged nucleosomes at lesions located in the solvent-facing minor groove without affecting the overall nucleosome architecture. In the case of buried lesions that face the histone core, UV-DDB changes the predominant translational register of the nucleosome and selectively binds the lesion in an accessible, exposed position. Our findings explain how UV-DDB detects occluded lesions in strongly positioned nucleosomes, and identify slide-assisted site exposure as a mechanism by which high-affinity DNA-binding proteins can access otherwise occluded sites in nucleosomal DNA.
履歴
登録2019年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月22日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0091
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0091
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r94
  • 表面レベル: 0.0091
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0091 / ムービー #1: 0.0091
最小 - 最大-0.0028673443 - 0.17682531
平均 (標準偏差)0.0000790711 (±0.0027194417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z258.000258.000258.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0030.1770.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 THF2 (-3) containing nucleosome

全体名称: THF2 (-3) containing nucleosome / 構成要素数: 10

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構成要素 #1: タンパク質, THF2 (-3) containing nucleosome

タンパク質名称: THF2 (-3) containing nucleosome / 組換発現: No
分子量理論値: 199 kDa

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構成要素 #2: タンパク質, Human DNA

タンパク質名称: Human DNAデオキシリボ核酸 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #3: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4ヒストンH4 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #4: タンパク質, Histone H3.1 / 2A / 2B

タンパク質名称: Histone H3.1 / 2A / 2B / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
構成要素 #5: nucleic-acid, Human alpha-satellite DNA (145-MER)

核酸名称: Human alpha-satellite DNA (145-MER) / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC) ...配列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT)
分子量理論値: 44.756648 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #6: nucleic-acid, Human alpha-satellite DNA (145-MER) with abasic sit...

核酸名称: Human alpha-satellite DNA (145-MER) with abasic sites at positions 97-98
クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC) ...配列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(3DR)(3DR)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT)
分子量理論値: 44.452434 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #7: タンパク質, Histone H3.1

タンパク質名称: Histone H3.1ヒストンH3 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.719445 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
構成要素 #8: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4ヒストンH4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.676703 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #9: タンパク質, Histone H2A type 1-B/E

タンパク質名称: Histone H2A type 1-B/E / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.447825 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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構成要素 #10: タンパク質, Histone H2B type 1-J

タンパク質名称: Histone H2B type 1-J / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.217516 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 2 mg/mL / pH: 7.4
凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 85 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 40 e/Å2 / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ倍率: 130000.0 X (nominal) / Cs: 0 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / エネルギーフィルター: GIF Quantum LS
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 78672
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: flexible
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 4ZUX, 4ZUX, 5Y0C, 5Y0C, 5Y0C, 5Y0C, 5Y0C, 5Y0C, 5Y0C, 5Y0C, 4E54, 3EI4
鎖ID: I, J, A, B, C, D, E, F, G, H, B, A
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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