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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3517 | |||||||||
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タイトル | Structural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes. | |||||||||
マップデータ | S.Cerevisiae Chd1 bound to 601-Nucleosome | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sundaramoorthy R / Owen-Hughes T | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes. 著者: Ramasubramanian Sundaramoorthy / Amanda L Hughes / Vijender Singh / Nicola Wiechens / Daniel P Ryan / Hassane El-Mkami / Maxim Petoukhov / Dmitri I Svergun / Barbara Treutlein / Salina Quack ...著者: Ramasubramanian Sundaramoorthy / Amanda L Hughes / Vijender Singh / Nicola Wiechens / Daniel P Ryan / Hassane El-Mkami / Maxim Petoukhov / Dmitri I Svergun / Barbara Treutlein / Salina Quack / Monika Fischer / Jens Michaelis / Bettina Böttcher / David G Norman / Tom Owen-Hughes / 要旨: The yeast Chd1 protein acts to position nucleosomes across genomes. Here, we model the structure of the Chd1 protein in solution and when bound to nucleosomes. In the apo state, the DNA-binding ...The yeast Chd1 protein acts to position nucleosomes across genomes. Here, we model the structure of the Chd1 protein in solution and when bound to nucleosomes. In the apo state, the DNA-binding domain contacts the edge of the nucleosome while in the presence of the non-hydrolyzable ATP analog, ADP-beryllium fluoride, we observe additional interactions between the ATPase domain and the adjacent DNA gyre 1.5 helical turns from the dyad axis of symmetry. Binding in this conformation involves unravelling the outer turn of nucleosomal DNA and requires substantial reorientation of the DNA-binding domain with respect to the ATPase domains. The orientation of the DNA-binding domain is mediated by sequences in the N-terminus and mutations to this part of the protein have positive and negative effects on Chd1 activity. These observations indicate that the unfavorable alignment of C-terminal DNA-binding region in solution contributes to an auto-inhibited state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3517.map.gz | 28.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3517-v30.xml emd-3517.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3517_fsc.xml | 7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3517.png | 40.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3517 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3517 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3517_validation.pdf.gz | 219.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3517_full_validation.pdf.gz | 218.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3517_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3517 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3517 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | S.Cerevisiae Chd1 bound to 601-Nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chd1-Nucleosome complex
全体 | 名称: Chd1-Nucleosome complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Chd1-Nucleosome complex
超分子 | 名称: Chd1-Nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: S.Cerevisiae chromatin remodelling enzyme in complex with 601-nucleosome |
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分子量 | 理論値: 400 KDa |
-超分子 #2: Chd1
超分子 | 名称: Chd1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: Nucleosome
超分子 | 名称: Nucleosome / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Chromodomain Helicase DNA binding protein
分子 | 名称: Chromodomain Helicase DNA binding protein / タイプ: other / ID: 1 / 詳細: Protein / 分類: other |
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配列 | 文字列: MAAKDISTEV LQNPELYGLR RSHRAAAHQQ NYFNDSDDED DEDNIKQSRR KRMTTIEDDE DEFEDEEGE EDSGEDEDEE DFEEDDDYYG SPIKQNRSKP KSRTKSKSKS KPKSQSEKQS T VKIPTRFS NRQNKTVNYN IDYSDDDLLE SEDDYGSEEA LSEENVHEAS ...文字列: MAAKDISTEV LQNPELYGLR RSHRAAAHQQ NYFNDSDDED DEDNIKQSRR KRMTTIEDDE DEFEDEEGE EDSGEDEDEE DFEEDDDYYG SPIKQNRSKP KSRTKSKSKS KPKSQSEKQS T VKIPTRFS NRQNKTVNYN IDYSDDDLLE SEDDYGSEEA LSEENVHEAS ANPQPEDFHG ID IVINHRL KTSLEEGKVL EKTVPDLNNC KENYEFLIKW TDESHLHNTW ETYESIGQVR GLK RLDNYC KQFIIEDQQV RLDPYVTAED IEIMDMERER RLDEFEEFHV PERIIDSQRA SLED GTSQL QYLVKWRRLN YDEATWENAT DIVKLAPEQV KHFQNRENSK ILPQYSSNYT SQRPR FEKL SVQPPFIKGG ELRDFQLTGI NWMAFLWSKG DNGILADEMG LGKTVQTVAF ISWLIF ARR QNGPHIIVVP LSTMPAWLDT FEKWAPDLNC ICYMGNQKSR DTIREYEFYT NPRAKGK KT MKFNVLLTTY EYILKDRAEL GSIKWQFMAV DEAHRLKNAE SSLYESLNSF KVANRMLI T GTPLQNNIKE LAALVNFLMP GRFTIDQEID FENQDEEQEE YIHDLHRRIQ PFILRRLKK DVEKSLPSKT ERILRVELSD VQTEYYKNIL TKNYSALTAG AKGGHFSLLN IMNELKKASN HPYLFDNAE ERVLQKFGDG KMTRENVLRG LIMSSGKMVL LDQLLTRLKK DGHRVLIFSQ M VRMLDILG DYLSIKGINF QRLDGTVPSA QRRISIDHFN SPDSNDFVFL LSTRAGGLGI NL MTADTVV IFDSDWNPQA DLQAMARAHR IGQKNHVMVY RLVSKDTVEE EVLERARKKM ILE YAIISL GVTDGNKYTK KNEPNAGELS AILKFGAGNM FTATDNQKKL EDLNLDDVLN HAED HVTTP DLGESHLGGE EFLKQFEVTD YKADIDWDDI IPEEELKKLQ DEEQKRKDEE YVKEQ LEMM NRRDNALKKI KNSVNGDGTA ANSDSDDDST SRSSRRRARA NDMDSIGESE VRALYK AIL KFGNLKEILD ELIADGTLPV KSFEKYGETY DEMMEAAKDC VHEEEKNRKE ILEKLEK HA TAYRAKLKSG EIKAENQPKD NPLTRLSLKK REKKAVLFNF KGVKSLNAES LLSRVEDL K YLKNLINSNY KDDPLKFSLG NNTPKPVQNW SSNWTKEEDE KLLIGVFKYG YGSWTQIRD DPFLGITDKI FLNEVHNPVA KKSASSSDTT PTPSKKGKGI TGSSKKVPGA IHLGRRVDYL LSFLRGGLN TKSPSADIGS KKLPTGPSKK RQRKPANHSK SMTPEI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh. | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Grids are double side blotted with 2sec blotting time and blotting force 10. | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. One Chd1 molecule bound to one Nucleosome. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
詳細 | Preliminary grid screen was done manually and then data collection was performed automatically using EMTools-EMMenu |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 140 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 68000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 68000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |