[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3pla: Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pla | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C/D RNP from Sulfolobus solfataricus | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/RNA / RNA-binding / METHYLTRANSFERASE / SAM / Box C/D RNA / Guide RNA / RNA-Protein complex / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases ...histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / small-subunit processome / ribosome biogenesis / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Lin, J. / Lai, S. / Jia, R. / Xu, A. / Zhang, L. / Lu, J. / Ye, K. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes. Authors: Lin, J. / Lai, S. / Jia, R. / Xu, A. / Zhang, L. / Lu, J. / Ye, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pla.cif.gz | 989.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3pla.ent.gz | 823.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pla.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pla | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
-Protein , 3 types, 9 molecules ABKCDLEFM
#1: Protein | Mass: 44168.531 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1-380 / Mutation: M2V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Gene: SSO0939 / Plasmid: pET28A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)/RIL+ / References: UniProt: Q97ZH3 #2: Protein | Mass: 14075.301 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: N2D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Strain: 98/2 / Gene: rpl7ae, Ssol_1068 / Plasmid: pET28A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)/RIL+ / References: UniProt: D0KRE2 #3: Protein | Mass: 26439.375 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: S2A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Gene: flpA, SSO0940, C33_014 / Plasmid: pET28A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)/RIL+ References: UniProt: P58032, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases |
---|
-RNA chain , 2 types, 6 molecules GHNIJO
#4: RNA chain | Mass: 12852.657 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Details: In vitro transcription / Source: (synth.) synthetic construct (others) #5: RNA chain | Mass: 3177.932 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Details: Chemical synthesis / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|
-Non-polymers , 1 types, 3 molecules
#6: Chemical |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.85 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 2.0M (NH4)2SO4, 2% PEG 400, 10mM MgCl2, 0.1M HEPES-Na (pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→20 Å / Num. obs: 70682 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 16.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.2 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.4 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 3ICX, 3ID6, 3ID5 Resolution: 3.15→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 52.016 / SU ML: 0.408 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.495 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 88.687 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→19.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|