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- PDB-4f52: Structure of a Glomulin-RBX1-CUL1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f52
タイトルStructure of a Glomulin-RBX1-CUL1 complex
要素
  • Cullin-1
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • Glomulin
キーワードCell Cycle/Ligase/Signaling Protein / Cullin-RING E3 Ligase / Inhibitor / Cell Cycle-Ligase-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor binding / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway ...hepatocyte growth factor receptor binding / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / muscle cell differentiation / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / cullin family protein binding / protein monoubiquitination / vasculogenesis / positive regulation of phosphorylation / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of T cell proliferation / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / epigenetic regulation of gene expression / animal organ morphogenesis / positive regulation of cytokine production / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / neural tube closure / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / DNA Damage Recognition in GG-NER / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Dual incision in TC-NER / Regulation of RAS by GAPs / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / cellular response to UV / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / : / MAPK cascade / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
YAP-binding/ALF4/Glomulin / Glomulin/ALF4 / Uncharacterised protein family, YAP/Alf4/glomulin / Cullin; Chain C, Domain 2 / Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : ...YAP-binding/ALF4/Glomulin / Glomulin/ALF4 / Uncharacterised protein family, YAP/Alf4/glomulin / Cullin; Chain C, Domain 2 / Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-1 / Glomulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Duda, D.M. / Olszewski, J.L. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Structure of a Glomulin-RBX1-CUL1 Complex: Inhibition of a RING E3 Ligase through Masking of Its E2-Binding Surface.
著者: Duda, D.M. / Olszewski, J.L. / Tron, A.E. / Hammel, M. / Lambert, L.J. / Waddell, M.B. / Mittag, T. / Decaprio, J.A. / Schulman, B.A.
履歴
登録2012年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cullin-1
B: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
C: Cullin-1
D: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
E: Glomulin
F: Glomulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,36212
ポリマ－225,9706
非ポリマー3926
水00
1
A: Cullin-1
B: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
E: Glomulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1816
ポリマ－112,9853
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area43300 Å2
手法PISA
2
C: Cullin-1
D: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
F: Glomulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1816
ポリマ－112,9853
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area41930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.333, 193.932, 142.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 32470.072 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal domain, delta WHB domain, UNP residues 411-690
変異: L421E, V451E, V452K, Y455K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13616
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1


分子量: 12089.677 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62877, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: タンパク質 Glomulin / FK506-binding protein-associated protein / FAP / FKBP-associated protein


分子量: 68425.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLMN, FAP48, FAP68, VMGLOM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92990
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18-21% PEG3350, 0.3-0.45M ammonium citrate, 10mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 56830 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→37.39 Å / SU ML: 1.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 2831 5.04 %
Rwork0.219 --
obs0.222 56192 98.8 %
all-56192 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.26 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.4955 Å20 Å2-4.0719 Å2
2--23.2586 Å20 Å2
3----14.7631 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13891 0 6 0 13897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30619089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9195322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0852198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.05280.47011360.37392526X-RAY DIFFRACTION95
3.0528-3.10830.38311270.3482705X-RAY DIFFRACTION99
3.1083-3.16810.42531560.33262651X-RAY DIFFRACTION99
3.1681-3.23270.39681410.32282666X-RAY DIFFRACTION100
3.2327-3.3030.38421520.28592706X-RAY DIFFRACTION99
3.303-3.37970.381460.26062627X-RAY DIFFRACTION99
3.3797-3.46420.34251480.24592656X-RAY DIFFRACTION100
3.4642-3.55780.32221340.23062710X-RAY DIFFRACTION99
3.5578-3.66240.31251260.23352683X-RAY DIFFRACTION100
3.6624-3.78050.30131360.22722695X-RAY DIFFRACTION99
3.7805-3.91550.27951460.2192635X-RAY DIFFRACTION99
3.9155-4.07210.29381410.21012723X-RAY DIFFRACTION99
4.0721-4.25720.29651330.20092655X-RAY DIFFRACTION99
4.2572-4.48130.27831420.17922712X-RAY DIFFRACTION99
4.4813-4.76150.21671640.16822638X-RAY DIFFRACTION100
4.7615-5.12830.27711350.17942699X-RAY DIFFRACTION99
5.1283-5.64280.27711280.22962683X-RAY DIFFRACTION99
5.6428-6.45570.2991370.24342711X-RAY DIFFRACTION99
6.4557-8.11980.26231340.2122668X-RAY DIFFRACTION98
8.1198-37.3860.24491690.18972612X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.61564.23052.87784.75123.51376.71080.56530.4054-1.58211.58580.32920.15831.8941-0.3112-0.47851.57460.0364-0.24660.65480.15161.2022-4.9977-59.33834.8443
27.75863.638-0.53929.23030.03223.84470.4023-0.1184-1.5386-0.36370.2808-0.16291.20520.0719-0.55680.76060.1298-0.3150.58580.13350.49484.1855-43.93311.0378
30.1997-0.7448-0.30676.85523.10958.64970.23250.35940.2756-0.577-0.5297-0.1568-0.6263-0.38680.24250.48230.00770.04640.38730.09030.47274.8633-26.98867.0144
44.16620.6908-2.22972.92340.09276.28320.17360.22950.06470.0424-0.0491-0.0489-0.62360.2518-0.06480.23560.0442-0.00510.47430.08080.4394-0.0512-24.587818.5534
57.80920.0612-1.21915.39730.01086.01690.5609-0.631-0.20780.4465-0.6360.50770.2173-1.02890.03860.430.02620.05760.73430.11750.3251-6.5907-28.431831.4491
63.2557-0.2122-0.75633.3871-0.06492.64390.25250.26970.16870.0408-0.510.03430.61530.60860.24120.2606-0.01360.12140.7234-0.00390.36284.8382-23.58353.292
75.5022-2.252-0.11856.59151.25093.1247-0.79451.65321.6296-0.4946-0.6631-0.41030.05270.26250.85750.87050.8302-0.04271.33290.83250.7921-2.5747-5.4228-20.063
84.4441-4.3956-4.13914.34294.08763.8513-1.36060.46181.2988-1.8247-0.0126-2.4109-1.86191.66781.60921.3729-0.2572-0.16130.93570.37251.6736-4.2915.5397-25.9785
99.31421.47631.89624.6655-1.87837.4680.52911.4440.6094-0.8602-1.0001-0.3809-0.41211.96310.18930.6255-0.00750.131.43810.51771.042110.2127-3.7935-18.1766
106.4248-4.28817.13764.6716-4.14428.1552-0.2372-1.12370.0398-0.3437-0.3225-0.8055-0.4581.52080.89190.80630.02960.0951.97810.41720.882317.7411-6.5326-18.7155
119.2548-5.0033-6.11595.9784.21938.0071-0.88230.15441.21690.36190.7864-0.55910.1233-0.5314-0.57661.2887-0.0426-0.17891.09220.18210.996321.8421-7.378266.2163
128.3097-6.77630.6969.40742.13181.67060.09580.27661.02870.12160.2625-0.4827-0.63520.0697-0.42881.21380.11010.1471.11470.13850.657329.0861-20.583570.8416
131.0863.1251.32929.33333.27064.7274-0.3723-0.7099-0.51650.64490.8230.04920.30190.8428-0.37560.60080.29040.0861.05610.15980.436634.5681-40.493266.0267
143.0655-0.0111.11594.5185-1.66143.624-0.1938-0.26710.36960.1690.3907-0.14240.7061.1791-0.10230.28650.2666-0.01181.14240.14030.263229.6801-42.324654.9165
155.91780.45590.99544.8463-0.17446.08150.2694-0.2011-0.0903-0.3185-0.13430.62010.0439-0.2307-0.14040.3727-0.0068-0.03580.77960.23430.36719.1994-40.738144.4833
160.62190.956-1.19362.1863-1.77492.95950.33710.36520.05290.7742-0.81240.446-1.0071-0.10790.21460.58170.3017-0.22751.5202-0.0487-0.377230.8003-43.012171.549
173.45154.0556-4.4528.8712-1.25249.25720.2178-1.0513-0.13410.8312-0.40830.139-0.15761.38950.42580.93780.1712-0.12120.90310.07480.675727.4586-60.241897.7184
186.84532.4245-0.39266.20384.85845.62480.0652-0.9603-0.48871.4266-0.4555-1.3903-0.1923-0.7740.28111.30370.6765-0.06911.14630.38610.962333.8591-65.02792.7091
197.0936.6133-1.06736.4923-2.35886.086-0.69751.1594-1.5912-1.50130.0027-0.90321.77752.82830.66370.91560.64950.10351.77860.17830.670940.239-63.45887.6148
204.95855.7297-5.07316.6324-5.86095.1843-0.5117-0.2232-0.71650.2174-0.5570.4545-1.17443.2161.10871.48950.2335-0.17731.65820.04440.610544.0394-58.071293.3824
216.21352.2252-1.8762.2497-0.27555.855-0.6525-2.2184-1.68681.2240.33250.1004-0.2858-0.0758-0.05441.02410.0774-0.1650.83890.63151.3801-7.2199-93.8273-12.3245
226.739-1.0274-0.14312.71551.59095.85920.02120.34280.0758-1.69430.10060.4903-0.04710.2750.08081.12920.1927-0.19320.38970.18931.0864-9.1781-83.8969-22.1501
236.562-1.706-0.36758.5738-0.86444.70480.38250.638-1.0363-0.2535-0.25520.61490.61590.0054-0.15820.73980.1358-0.16080.54320.00780.4714-19.3255-59.5612-23.1339
242.70331.94650.05594.60212.8582.8936-0.1508-0.17870.3493-0.3546-0.1360.7962-0.033-0.32090.33120.29830.14060.01490.4663-0.04370.3338-17.5458-24.9387-17.0549
257.9704-2.28623.40243.7348-1.30126.0035-0.4193-0.3241.2060.0585-0.19020.0574-0.38590.04630.53930.4044-0.10510.02380.2897-0.03710.70773.1063-5.7019-1.3375
261.37582.49440.02148.727-2.22412.5413-0.48620.28860.36180.58810.7660.1186-0.09010.3797-0.10791.1980.2081-0.20620.8982-0.00040.80998.560919.325189.1051
272.3331-0.64570.30122.5739-0.04632.9895-0.1661-0.42180.0103-0.33690.03980.0183-0.7292-0.26170.12471.5410.55070.121.00110.18670.56236.2815-8.981595.9794
283.0815-0.8019-1.53344.3231.34375.09970.27790.6010.0978-0.034-0.08130.3704-0.7908-1.3184-0.13380.59090.2865-0.070.688-0.07660.34598.7127-37.265290.7243
298.90570.87273.9854.36652.24282.56290.11532.4978-0.875-1.4319-0.50010.7386-0.9673-0.39530.25160.3763-0.1407-0.380.8742-0.13870.856913.998-57.504876.4892
307.36982.6703-3.26442.4547-1.82235.7227-0.59770.8968-1.1356-0.25490.1755-0.1751.09110.13450.44740.7670.2099-0.00590.666-0.23870.644929.4696-61.662377.0463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 420:455 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 458:531 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 532:569 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 570:644 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 645:689 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 20:44 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 45:58 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 59:66 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 68:96 )
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 97:104 )
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 419:456 )
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 461:522 )
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 523:569 )
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 570:624 )
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 625:688 )
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 21:45 )
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 46:80 )
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 81:87 )
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 88:96 )
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 97:104 )
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN E AND RESID 1:38 )
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN E AND RESID 39:110 )
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 111:284 )
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN E AND RESID 285:452 )
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN E AND RESID 453:583 )
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN F AND RESID 1:143 )
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN F AND RESID 144:259 )
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN F AND RESID 279:432 )
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN F AND RESID 439:464 )
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN F AND RESID 465:583 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る