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万見
- PDB-4r29: Crystal structure of bacterial cysteine methyltransferase effecto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r29
タイトルCrystal structure of bacterial cysteine methyltransferase effector NleE
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / Rossmann-like Fold / NF-kappaB inhibition / TAB2 and TAB3
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / toxin activity / methylation / host cell nucleus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Cysteine methyltransferase effector NleE
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / S-ADENOSYLMETHIONINE / Cysteine S-methyltransferase NleE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Yao, Q. / Chen, J. / Hu, L. / Zhang, L. / Shao, F.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structure and Specificity of the Bacterial Cysteine Methyltransferase Effector NleE Suggests a Novel Substrate in Human DNA Repair Pathway.
著者: Yao, Q. / Zhang, L. / Wan, X. / Chen, J. / Hu, L. / Ding, X. / Li, L. / Karar, J. / Peng, H. / Chen, S. / Huang, N. / Rauscher, F.J. / Shao, F.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,37313
ポリマ－104,1194
非ポリマー2,2549
水5,314295
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5203
ポリマ－26,0301
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6203
ポリマ－26,0301
非ポリマー5912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7124
ポリマ－26,0301
非ポリマー6833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5203
ポリマ－26,0301
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.304, 53.976, 134.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein / Cysteine methyltransferase / NleE


分子量: 26029.771 Da / 分子数: 4 / 変異: E181A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ECs3858, Z4329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7DBA6
#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20.02 Å / Num. all: 43485 / Num. obs: 42616 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 261.7 / Observed criterion σ(I): 57.3 / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→20.02 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 1943 4.72 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1991 41197 96.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.751 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.986 Å20 Å2-0.4349 Å2
2--3.9501 Å20 Å2
3----2.9641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→20.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6587 0 152 295 7034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1089310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3292677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051195
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3103-2.39270.2921750.2247350686
2.3927-2.48830.28051880.2154377994
2.4883-2.60140.2721900.2149387395
2.6014-2.73820.27031900.2129386096
2.7382-2.90930.25371930.2062392597
2.9093-3.13310.25252010.2138401598
3.1331-3.4470.24171960.1965399699
3.447-3.94240.2061980.1816402899
3.9424-4.95460.18532050.1658410199
4.9546-20.02090.23552070.2111417199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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