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- PDB-2zzn: The complex structure of aTrm5 and tRNACys -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzn
タイトルThe complex structure of aTrm5 and tRNACys
要素
  • RNA (71-MER)
  • Uncharacterized protein MJ0883
キーワードTRANSFERASE/RNA / protein-RNA complex / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA methyltransferase activity / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / tRNA methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2580 / tRNA methyltransferase 5, N-terminal / tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain / Met-10+ protein-like domains / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / Alpha-Beta Plaits ...Alpha-Beta Plaits - #2580 / tRNA methyltransferase 5, N-terminal / tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain / Met-10+ protein-like domains / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / : / RNA / RNA (> 10) / tRNA (guanine(37)-N(1))-methyltransferase Trm5b
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Goto-Ito, S. / Ito, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Tertiary structure checkpoint at anticodon loop modification in tRNA functional maturation.
著者: Goto-Ito, S. / Ito, T. / Kuratani, M. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2009年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0883
B: Uncharacterized protein MJ0883
C: RNA (71-MER)
D: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,37013
ポリマ－126,4034
非ポリマー9679
水45025
1
A: Uncharacterized protein MJ0883
C: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7469
ポリマ－63,2012
非ポリマー5447
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein MJ0883
D: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6244
ポリマ－63,2012
非ポリマー4232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.838, 106.537, 134.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein MJ0883


分子量: 39071.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q58293
#2: RNA鎖 RNA (71-MER)


分子量: 24129.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthesized in vitro with the recombinant RNA polymerase of T7 phage
参照: GenBank: 6626255
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 87.5mM Mg(HCOO)2, 4.38% PEG 3350, 43.8mM CH3COONa pH 4.6, 8.8% MPD, 0.4mM CYMAL-5, 12.5mM Na-HEPES pH 7.5, sitting drop, vapor diffusion, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Mg(HCOO)211
2PEG 335011
3CH3COONa11
4MPD11
5CYMAL-511
6Na-HEPES11
7H2O11
8Mg(HCOO)212
9PEG 335012
10CH3COONa12
11MPD12
12CYMAL-512
13Na-HEPES12
14H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 25625 / Biso Wilson estimate: -0.1 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZZM

2zzm


解像度: 2.95→46.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 14748571.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1295 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 25384 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1183 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2---16.87 Å20 Å2
3---15.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 3034 61 25 8606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 228 5.5 %
Rwork0.324 3941 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3adomet.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramadomet.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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