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万見
- SASDCM5: Vaccinia virus binary E9 polymerase / DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCM5
試料Vaccinia virus binary E9 polymerase / DNA complex
  • DNA polymerase E9 exo- mutant (protein), E9 exo-, Vaccinia virus (strain Copenhagen)
  • DNA oligomer template-primer hairpin (DNA), DNA hairpin, synthetic construct
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / : / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / : / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vaccinia virus (strain Copenhagen) (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
引用日付: 2017 Dec
タイトル: The vaccinia virus DNA polymerase structure provides insights into the mode of processivity factor binding
著者: Tarbouriech N / Ducournau C / Hutin S / Mas P / Man P / Forest E / Hart D / Peyrefitte C / Burmeister W
登録者
  • Wim Burmeister (IBS, Institut de Biologie Structurale, Grenoble, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1359
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: none
コメント: DNA and conformation from entry 3iay, domainwise alignment of E9 structure
カイ2乗値: 1.083 / P-value: 0.000120
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Vaccinia virus binary E9 polymerase / DNA complex / Entity id: 726 / 727
バッファ名称: 20 mM Tris HCl, 100 mM NaCl, 4 mM DTT / pH: 7
要素 #726名称: E9 exo- / タイプ: protein / 記述: DNA polymerase E9 exo- mutant / 分子量: 117.14 / 分子数: 1 / 由来: Vaccinia virus (strain Copenhagen) / 参照: UniProt: P20509
配列: GAMDPDVRCI NWFESHGENR FLYLKSRCRN GETVFIRFPH YFYYVVTDEI YQSLSPPPFN ARPLGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FLNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN NGCYHCDDPR NCFAKKIPRF DIPRSYLFLA ...配列:
GAMDPDVRCI NWFESHGENR FLYLKSRCRN GETVFIRFPH YFYYVVTDEI YQSLSPPPFN ARPLGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FLNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN NGCYHCDDPR NCFAKKIPRF DIPRSYLFLA IACHFDKKFP SVFINPISHT SYCYIDLSGK RLLFTLINEE MLTEQEIQEA VDRGCLRIQS LMEMDYEREL VLCSEIVLLR IAKQLLELTF DYVVTFNGHN FDLRYITNRL ELLTGEKIIF RSPDKKEAVH LCIYERNQSS HKGVGGMANT TFHVNNNNGT IFFDLYSFIQ KSEKLDSYKL DSISKNAFSC MGKVLNRGVR EMTFIGDDTT DAKGKAAAFA KVLTTGNYVT VDEDIICKVI RKDIWENGFK VVLLCPTLPN DTYKLSFGKD DVDLAQMYKD YNLNIALDMA RYCIHDACLC QYLWEYYGVE TKTDAGASTY VLPQSMVFEY RASTVIKGPL LKLLLETKTI LVRSETKQKF PYEGGKVFAP KQKMFSNNVL IFDYNSLYPN VCIFGNLSPE TLVGVVVSTN RLEEEINNQL LLQKYPPPRY ITVHCEPRLP NLISEIAIFD RSIEGTIPRL LRTFLAERAR YKKMLKQATS STEKAIYDSM QYTYKIVANS VYGLMGFRNS ALYSYASAKS CTSIGRRMIL YLESVLNGAE LSNGMLRFAN PLSNPFYMDD RDINPIVKTS LPIDYRFRFR SVYGDTDSVF TEIDSQDVDK SIEIAKELER LINNRVLFNN FKIEFEAVYK NLIMQSKKKY TTMKYSASSN SKSVPERINK GTSETRRDVS KFHKNMIKTY KTRLSEMLSE GRMNSNQVCI DILRSLETDL RSEFDSRSSP LELFMLSRMH HSNYKSADNP NMYLVTEYNK NNPETIELGE RYYFAYICPA NVPWTKKLVN IKTYETIIDR SFKLGSDQRI FYEVYFKRLT SEIVNLLDNK VLCISFFERM FGSKPTFYEA
要素 #727名称: DNA hairpin / タイプ: DNA / 記述: DNA oligomer template-primer hairpin / 分子量: 9.014 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列:
AAAGGCGCTG CTGAGTTTTC TCAGCAGCG

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.0992 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.864 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Binary E9 polymerase / DNA complex / 測定日: 2015年3月12日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 700 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0432 4.9752
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 259 /
MinMax
Q0.04555 2.493
P(R) point1 259
R0 12
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量127 kDa127 kDa
体積-210 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I087.79 87.94 0.13
慣性半径, Rg 3.45 nm3.47 nm0.02

MinMax
D-12
Guinier point13 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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