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- PDB-3iay: Ternary complex of DNA polymerase delta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iay
タイトルTernary complex of DNA polymerase delta
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
  • DNA polymerase delta catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase / protein-DNA complex / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Exonuclease / Hydrolase / Metal-binding / Nuclease / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Transferase / Zinc-finger / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / DNA replication, removal of RNA primer / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ ...delta DNA polymerase complex / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / DNA replication, removal of RNA primer / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / base-excision repair, gap-filling / replication fork / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / molecular adaptor activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1540 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #730 / B family DNA polymerase, thumb domain / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. ...Helix Hairpins - #1540 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #730 / B family DNA polymerase, thumb domain / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Helix Hairpins / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Helix non-globular / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase delta catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Swan, M.K. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of high-fidelity DNA synthesis by yeast DNA polymerase delta
著者: Swan, M.K. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
T: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
A: DNA polymerase delta catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,83111
ポリマ－113,0463
非ポリマー7868
水10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area40100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.077, 85.948, 86.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'


分子量: 3502.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide synthesis
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'


分子量: 5067.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide synthesis

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA polymerase delta catalytic subunit / DNA polymerase III


分子量: 104476.148 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 67 to 985 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Pol3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P15436, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 4種, 566分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 12% PEG 4000, NaAc pH 5.5, 200mM CaAc., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
1,2,3,41
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンNSLS X29A1
シンクロトロンNSLS X12B2
シンクロトロンAPS 17-ID3
4
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年10月13日
ADSC QUANTUM 2102CCD2007年8月29日
ADSC QUANTUM 3153CCD2007年10月13日
ADSC QUANTUM 3154CCD2007年11月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3MADMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→41.52 Å / Num. all: 73557 / Num. obs: 69856 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.879 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23589 3692 5 %RANDOM
Rwork0.19281 ---
obs0.19497 69856 98.25 %-
all-73557 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20.5 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6986 569 41 558 8154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2272.05910786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95823.86329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.138151228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1911549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5541.54438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03327197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70833414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6634.53583
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 239 -
Rwork0.216 4983 -
obs--96.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23280.9729-0.39811.3079-0.51610.7275-0.02250.1234-0.0910.0165-0.0223-0.1337-0.01530.14060.0448-0.054-0.0260.00930.0217-0.0251-0.067934.288-5.9429.524
21.4092-0.3874-1.05762.05321.54225.2032-0.0707-0.0247-0.120.1410.1659-0.09050.41920.2776-0.0953-0.04370.04-0.0098-0.0573-0.0442-0.048922.3-29.16912.046
30.66190.2189-0.11461.0905-0.42580.88880.05460.09650.10750.15220.01930.1257-0.2408-0.0131-0.074-0.0057-0.00350.0584-0.0167-0.0125-0.101319.5939.1069.161
41.2836-0.7221-0.81981.39880.72771.3758-0.0362-0.1865-0.00680.07090.0918-0.1484-0.03320.2293-0.0557-0.0037-0.02190.0165-0.0053-0.0137-0.12429.254-6.51538.159
50.8384-0.3001-0.09681.29550.33980.9435-0.0262-0.1830.0510.150.0205-0.0415-0.10370.10690.00560.0293-0.04290.0179-0.0061-0.0214-0.1326-0.114.25747.841
60.4802-0.4222-0.06310.44230.16162.16340.01620.07740.05340.05360.020.0406-0.1557-0.0368-0.03630.0168-0.00440.0442-0.0561-0.0069-0.0733-16.62918.44721.854
70.43030.23550.84871.3377-0.76532.9249-0.0779-0.1256-0.02120.02470.23980.15370.047-0.1653-0.16180.03980.0190.03220.00490.0133-0.048-13.6970.08227.487
80.9731-0.39490.44030.9211-0.44651.4884-0.0831-0.0829-0.189-0.00280.08220.18990.1075-0.09210.001-0.0047-0.04690.0108-0.0462-0.0283-0.0555-10.535-2.69324.887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A96 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2A172 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3A242 - 577
4X-RAY DIFFRACTION4A578 - 711
5X-RAY DIFFRACTION5A712 - 838
6X-RAY DIFFRACTION6A839 - 985
7X-RAY DIFFRACTION7P2 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8T1 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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