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- PDB-5iud: Human DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA templ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iud
タイトルHuman DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA template-primer
要素
  • DNA polymerase alpha catalytic subunit
  • DNA primer
  • DNA template
キーワードTransferase/DNA / DNA polymerase binary complex / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / Removal of the Flap Intermediate ...DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / mitotic DNA replication initiation / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA repair / nucleotide binding / chromatin binding / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2820 / B family DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. ...Alpha-Beta Plaits - #2820 / B family DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Coloma, J. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA 138546 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32 CA 78207-14 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Human DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA template-primer.
著者: Coloma, J. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase alpha catalytic subunit
B: DNA template
C: DNA primer
D: DNA polymerase alpha catalytic subunit
E: DNA template
F: DNA primer
G: DNA polymerase alpha catalytic subunit
H: DNA template
I: DNA primer
J: DNA polymerase alpha catalytic subunit
K: DNA template
L: DNA primer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,05712
ポリマ－456,05712
非ポリマー00
水1,802100
1
A: DNA polymerase alpha catalytic subunit
B: DNA template
C: DNA primer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0143
ポリマ－114,0143
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA polymerase alpha catalytic subunit
E: DNA template
F: DNA primer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0143
ポリマ－114,0143
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: DNA polymerase alpha catalytic subunit
H: DNA template
I: DNA primer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0143
ポリマ－114,0143
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: DNA polymerase alpha catalytic subunit
K: DNA template
L: DNA primer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0143
ポリマ－114,0143
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.040, 132.030, 163.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit p180


分子量: 105124.438 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 338-1255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1, POLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09884, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖
DNA template


分子量: 5067.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA primer


分子量: 3822.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% polyethylene glycol 4000, 0.2M sodium citrate, 10% isopropanol, 0.1M sodium citrate buffer (pH = 5.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→86.22 Å / Num. obs: 82602 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 92.8 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 248849 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.8 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.370.7611302846680.5480.5350.9351.599.4
16.83-86.220.06318706680.9270.0450.07720.798.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→64.736 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 4118 5 %
Rwork0.1832 78196 -
obs0.1854 82314 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 283.78 Å2 / Biso mean: 108.8025 Å2 / Biso min: 32.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→64.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25907 2200 0 100 28207
Biso mean---73.87 -
残基数----3562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00228931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4839902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0394653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.97516912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.33880.32131480.26292683283199
3.3388-3.37950.34871640.24782645280999
3.3795-3.42230.29921390.25032652279199
3.4223-3.46740.31381480.234326612809100
3.4674-3.51480.28421510.229126942845100
3.5148-3.56510.27261250.21922715284099
3.5651-3.61830.25161370.215326792816100
3.6183-3.67480.27371430.22562684282799
3.6748-3.7350.34911290.22292690281999
3.735-3.79940.26391350.21382649278499
3.7994-3.86850.28451250.20392695282099
3.8685-3.94290.25961460.19492642278899
3.9429-4.02340.23921270.18972721284899
4.0234-4.11090.24541290.180127172846100
4.1109-4.20650.24631370.17792670280799
4.2065-4.31160.22731540.17162672282699
4.3116-4.42820.21121530.168227012854100
4.4282-4.55850.22041620.163226972859100
4.5585-4.70560.19551180.149127052823100
4.7056-4.87370.19841430.141727352878100
4.8737-5.06870.20441550.154326612816100
5.0687-5.29930.21141370.16452703284099
5.2993-5.57860.23051430.179926902833100
5.5786-5.92790.21691380.186227272865100
5.9279-6.38520.27561360.20227262862100
6.3852-7.02710.27391560.194927282884100
7.0271-8.04230.19371350.166627512886100
8.0423-10.12620.16581590.151227302889100
10.1262-64.74860.17531460.18282773291999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6431-0.3944-0.79641.83190.51412.9889-0.04170.9172-0.4959-0.390.00770.18760.8412-0.2530.11470.734-0.0765-0.13040.6031-0.11080.5751-11.215217.3136136.306
25.48461.706-1.10944.8285-1.17357.83840.3063-0.85-0.14610.6698-0.26780.49771.0427-0.6354-0.04930.7245-0.12050.01050.6147-0.07830.5195-22.762523.4914166.3595
35.6370.2314-1.84613.3314-0.3227.2065-0.0053-1.1784-0.12910.8024-0.0726-0.10970.6661-0.1280.18130.66510.018-0.10250.62470.02720.4769-8.078529.6937166.846
47.85211.57522.9892.4737-0.06314.83160.1072-0.51950.58480.1652-0.5128-0.25140.0387-0.24220.42040.5540.16680.07860.3647-0.11750.471517.058928.7523150.3731
58.57523.79011.7973.8851-1.83483.4859-0.31651.82420.7425-0.6658-0.0485-0.5532-0.06820.86360.41710.66930.1676-0.0410.82860.0950.608918.278729.2253137.5841
64.8731-0.5780.19151.4085-0.72722.0191-0.1071-0.16930.96350.1853-0.0834-0.2642-0.28360.03220.20750.6160.0281-0.06530.3822-0.0060.742918.536638.5403151.5618
75.19962.9797-1.23915.7276-0.3943.42770.0866-1.31820.08770.99830.03060.1845-0.306-0.1521-0.08180.79240.3336-0.10571.14110.01260.684113.376928.1359181.0206
84.64655.72164.28746.94855.28884.08740.0355-1.25361.36140.9253-0.36571.03550.6722-1.59420.37210.80280.1086-0.01020.95250.11730.83712.625720.8553156.1153
94.0515-4.90312.57839.7336-4.46454.3583-0.16740.7891-0.47961.29060.1580.51-0.3351-0.1575-0.00190.72120.0991-0.07691.21450.16740.849624.258911.1422174.3807
103.7142-2.70683.91979.5459-6.195.61930.80522.13060.00571.11940.74570.7907-1.54171.4462-1.47041.13060.20620.00361.43620.1550.681131.90567.7322177.4067
111.2267-2.70023.28179.9116-6.69219.00670.26150.2226-0.7013-1.571-0.62640.69530.08940.02240.40360.70610.305-0.10981.11550.06521.013516.989220.081167.1295
122.55660.40450.42251.71530.55342.9503-0.11780.8856-0.031-0.647-0.0660.5893-0.2693-0.47020.06730.5595-0.0027-0.20580.8199-0.07830.7243-30.31959.6773125.4347
133.17312.15870.78444.52490.34332.37080.1124-0.33350.34480.1144-0.19870.4125-0.3051-0.1960.05560.33450.0166-0.01130.5099-0.10760.6121-18.98171.7448152.1209
141.5844-0.5798-0.66661.38870.53791.3979-0.1111-0.20090.03450.2110.08190.4339-0.1734-0.23070.03840.60830.0683-0.0590.9406-0.10251.5034-51.566364.7322157.3854
156.1665-5.6339-6.00035.19255.51045.8460.7572-0.01981.33-0.16460.6279-0.4302-1.10830.3646-1.30890.93270.10150.00641.109-0.3211.7168-54.595273.9048151.9353
165.71532.1508-1.3864.42132.50362.88760.67190.6662-3.9904-0.88850.03794.3145-1.8696-2.068-0.95961.59210.5548-0.21931.85020.17653.0173-61.108695.5202154.1668
173.44444.5306-4.19985.9961-5.33886.39520.83181.5387-1.07312.549-1.50233.4345-4.0506-2.8970.80532.22660.87070.10581.9887-0.18822.5202-65.932593.2981157.1586
182.67842.0217-1.32043.5009-4.99239.2938-0.05360.96140.49240.45770.0150.9927-0.3543-1.42170.06360.78060.206-0.02521.122-0.07981.6145-52.203676.0816155.1615
193.9739-0.62470.53591.71990.15842.0986-0.1777-1.17640.41450.86230.1522-0.4243-0.0750.29360.00310.98230.0404-0.12570.8798-0.17370.651-43.173828.697398.2157
204.7328-1.7228-0.1284.29070.55131.14160.19950.25850.65210.1473-0.0635-0.0455-0.4804-0.093-0.11670.72660.0490.14850.5017-0.01350.5373-62.065840.190172.4899
214.2354-0.5593-2.00184.30790.25354.01970.4909-0.14680.7378-0.3369-0.316-0.8108-0.32610.5308-0.15030.57480.0499-0.04310.6517-0.02661.0048-25.607625.848470.1304
222.7946-0.0084-0.1088-0.01840.36490.62220.78160.71250.8906-1.1591-0.2164-0.236-0.693-0.1814-0.3391.80970.39710.38471.00060.4441.1504-35.124344.364250.949
239.0911-5.2143-0.07323.1765-1.13979.1904-0.4907-0.26193.0069-1.30540.29640.4354-0.83490.24030.11861.1483-0.28360.07960.9311-0.04471.7642-27.864141.201170.3485
245.43040.60493.2621.2586-1.84816.0676-1.53410.37110.7290.5434-0.7193-0.8103-2.00241.28550.68712.9038-0.12441.33620.49150.99873.65-25.523858.17358.6449
257.65753.53171.89935.45074.65594.23740.3953-0.75071.63790.4346-0.3625-0.4563-0.5832.5542-0.03291.8583-0.25450.41511.38930.36042.1329-26.065550.885563.0889
263.0703-0.3446-1.17182.13880.4942.0976-0.04311.252-0.8168-0.6746-0.1340.10070.9107-0.48030.16181.1549-0.1196-0.04620.9225-0.27650.715210.629751.669266.2713
274.149-0.6539-2.63911.7252-0.2676.2473-0.2296-0.5626-0.1406-0.00830.16220.01390.79710.24990.05240.5181-0.0011-0.05390.4949-0.06290.459911.943861.784296.4113
283.4878-1.07410.3711.4864-1.08011.6023-0.1912-0.45190.87560.41890.1848-0.6641-0.01350.03540.00821.00450.230.0180.7345-0.22331.087143.210266.203783.1529
294.3075.89914.08559.59575.44123.8899-1.1039-2.76462.19461.44480.23711.37150.4108-1.12480.75381.06840.23180.13961.0062-0.191.174739.158454.73979.9601
305.3587-4.8603-5.6944.33725.12076.0086-1.18310.4522-1.4071.21910.9361.59060.7853-0.10240.33041.22220.3009-0.09241.5167-0.10781.438254.331445.720695.8997
314.31630.0753-5.08352.18610.4166.0993-2.1065-4.5927-0.28773.47490.6818-1.83640.88034.4461.39342.26440.7353-0.16912.64930.04341.769362.563242.80998.0788
327.80824.5120.37425.2988-2.38972.7099-0.6474-0.3124-0.5823-0.1830.155-0.1550.38320.55270.42421.0850.44450.06961.0862-0.17640.81445.357254.063690.0454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 338 through 555 )A338 - 555
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 556 through 694 )A556 - 694
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 695 through 792 )A695 - 792
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 793 through 860 )A793 - 860
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 861 through 912 )A861 - 912
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 913 through 1055 )A913 - 1055
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1056 through 1196 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 8 )B4 - 8
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 9 through 18 )B9 - 18
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 13 )C6 - 13
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 338 through 565 )D338 - 565
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 566 through 779 )D566 - 779
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 780 through 1204 )D780 - 1204
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 4 through 12 )E4 - 12
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 13 through 18 )E13 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 1 through 6 )F1 - 6
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 7 through 13 )F7 - 13
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 338 through 554 )G338 - 554
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 555 through 781 )G555 - 781
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 782 through 1018 )G782 - 1018
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 1019 through 1200 )G0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 4 through 9 )H4 - 9
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 10 through 15 )H10 - 15
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 4 through 13 )I4 - 13
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'J' and (resid 338 through 554 )J338 - 554
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'J' and (resid 555 through 793 )J555 - 793
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resid 794 through 1197 )J794 - 1197
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'K' and (resid 4 through 8 )K4 - 8
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'K' and (resid 9 through 18 )K9 - 18
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 1 through 5 )L1 - 5
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 6 through 13 )L6 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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