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- PDB-5x2a: Crystal structure of EGFR 696-1022 T790M/V948R in complex with SKLB(3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2a
タイトルCrystal structure of EGFR 696-1022 T790M/V948R in complex with SKLB(3)
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / EGFR / T790M / V948R / SKLB
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / positive regulation of prolactin secretion / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma ...positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / positive regulation of prolactin secretion / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / tongue development / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / Signaling by EGFR / response to cobalamin / intracellular vesicle / eyelid development in camera-type eye / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / hepatocyte growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / placental growth factor receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / boss receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / stem cell factor receptor activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of bone resorption / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / insulin-like growth factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / positive regulation of phosphorylation / GPI-linked ephrin receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / vascular endothelial growth factor receptor activity / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / fibroblast growth factor receptor activity / embryonic placenta development / insulin receptor activity / salivary gland morphogenesis / positive regulation of vasoconstriction / neuron projection morphogenesis / Signaling by ERBB2 / positive regulation of glial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to dexamethasone stimulus / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of DNA repair / basal plasma membrane / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of epithelial cell proliferation / EGFR downregulation / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / liver regeneration / astrocyte activation / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to estradiol stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lung development / synaptic membrane / peptidyl-tyrosine phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7XO / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yun, C.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31270769 中国
National Basic Research Program of China2012CB917202 中国
Ministry of Science and Technology of ChinaNCET-12-0013 中国
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2018
タイトル: Structural insights into drug development strategy targeting EGFR T790M/C797S.
著者: Zhu, S.J. / Zhao, P. / Yang, J. / Ma, R. / Yan, X.E. / Yang, S.Y. / Yang, J.W. / Yun, C.H.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,62227
ポリマ－150,8984
非ポリマー3,72423
水18,0691003
1
A: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,32314
ポリマ－75,4492
非ポリマー1,87412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
2
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,29913
ポリマ－75,4492
非ポリマー1,85011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.185, 103.973, 87.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37724.598 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 696-1022 / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 6種, 1026分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-7XO / N2-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-N8-phenyl-9-propan-2-yl-purine-2,8-diamine


分子量: 442.559 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N8
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris 5.0, 22.5% PEG 3350, 5mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 105418 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.85→39.487 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 5277 5.02 %
Rwork0.1735 --
obs0.1758 105211 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9735 0 208 1003 10946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02310329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8913998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2323974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.141554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8710.33241710.25053206X-RAY DIFFRACTION97
1.871-1.8930.30671850.23473301X-RAY DIFFRACTION96
1.893-1.91610.2811630.23343258X-RAY DIFFRACTION96
1.9161-1.94040.26321610.21663270X-RAY DIFFRACTION96
1.9404-1.96590.29591770.21373296X-RAY DIFFRACTION97
1.9659-1.99280.27591810.22053252X-RAY DIFFRACTION97
1.9928-2.02130.28371670.21383288X-RAY DIFFRACTION97
2.0213-2.05150.27651590.19733277X-RAY DIFFRACTION97
2.0515-2.08350.23711720.19343292X-RAY DIFFRACTION97
2.0835-2.11770.22852000.18483289X-RAY DIFFRACTION97
2.1177-2.15420.25571840.18513232X-RAY DIFFRACTION97
2.1542-2.19340.26371750.17793313X-RAY DIFFRACTION97
2.1934-2.23560.24751690.17583308X-RAY DIFFRACTION97
2.2356-2.28120.26191670.18693295X-RAY DIFFRACTION98
2.2812-2.33080.25741850.18443355X-RAY DIFFRACTION98
2.3308-2.3850.2391790.1823312X-RAY DIFFRACTION98
2.385-2.44460.22381940.183314X-RAY DIFFRACTION99
2.4446-2.51070.24451910.17583345X-RAY DIFFRACTION99
2.5107-2.58460.22481950.17843371X-RAY DIFFRACTION99
2.5846-2.6680.24151820.1773352X-RAY DIFFRACTION99
2.668-2.76330.22241780.18053380X-RAY DIFFRACTION99
2.7633-2.87390.2481750.18023388X-RAY DIFFRACTION99
2.8739-3.00470.21331730.17673406X-RAY DIFFRACTION99
3.0047-3.1630.22811850.1783377X-RAY DIFFRACTION99
3.163-3.36110.2181670.16773376X-RAY DIFFRACTION100
3.3611-3.62050.19591690.15873426X-RAY DIFFRACTION99
3.6205-3.98450.18061800.14543389X-RAY DIFFRACTION99
3.9845-4.56030.15331740.13433396X-RAY DIFFRACTION99
4.5603-5.74270.17881510.15443450X-RAY DIFFRACTION99
5.7427-39.49590.19531680.18323420X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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