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万見
- PDB-5b7i: Cas3-AcrF3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b7i
タイトルCas3-AcrF3 complex
要素
  • CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
  • Uncharacterized protein AcrF3
キーワードHYDROLASE/UNKNOWN FUNCTION / DNA nuclease / phagy protein / Anti-CRISPR / HYDROLASE-UNKNOWN FUNCTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cas3 inhibitor AcrF3 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / Cas3, HD domain / : / CRISPR-associated Cas3-type HD domain ...: / Cas3 inhibitor AcrF3 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / Cas3, HD domain / : / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal / HD Cas3-type domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phage protein / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, X. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81322024 中国
National Natural Science Foundation of China81561130162 中国
National Natural Science Foundation of China31370722 中国
National Natural Science Foundation of China81530068 中国
National Natural Science Foundation of China81501717 中国
Natural Science Foundation of Zhejiang province, ChinaLR13C05001 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of Cas3 inhibition by the bacteriophage protein AcrF3
著者: Wang, X. / Yao, D. / Xu, J.G. / Li, A.R. / Xu, J. / Fu, P. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
B: Uncharacterized protein AcrF3
C: Uncharacterized protein AcrF3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,2876
ポリマ－157,7803
非ポリマー5073
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area48850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.304, 127.197, 218.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST


分子量: 122554.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cas3, PA14_33340 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3)
参照: UniProt: Q02ML8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 Uncharacterized protein AcrF3


分子量: 17612.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: L7P7R7
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE 529 IS GLY ACCORDING TO AUTHOR SEQUENCING RESULTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 100mM ammonium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→109.23 Å / Num. obs: 41828 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/av σ(I): 25.067 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.6912.50.8161100
2.69-2.813.40.621100
2.8-2.9313.20.4511100
2.93-3.0812.50.3131100
3.08-3.2813.30.2151100
3.28-3.5313.30.1471100
3.53-3.8812.50.1071100
3.88-4.4513.50.0771100
4.45-5.6130.0641100
5.6-5012.70.0561100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 11.988 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.341
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 2105 5 %RANDOM
Rwork0.2038 ---
obs0.2061 39622 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.54 Å2 / Biso mean: 42.344 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10454 0 29 85 10568
Biso mean--67.79 31.12 -
残基数----1319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.95214547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54751314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43522.404545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.075151683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.36615129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218363
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.671 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 140 -
Rwork0.266 2614 -
all-2754 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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