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- PDB-8fab: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT FROM THE HUMAN MYELOMA IMMU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fab
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT FROM THE HUMAN MYELOMA IMMUNOGLOBULIN IGG HIL AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • IGG1-LAMBDA HIL FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1-LAMBDA HIL FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Saul, F.A. / Poljak, R.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Three-dimensional structure of murine anti-p-azophenylarsonate Fab 36-71. 1. X-ray crystallography, site-directed mutagenesis, and modeling of the complex with hapten.
著者: Strong, R.K. / Campbell, R. / Rose, D.R. / Petsko, G.A. / Sharon, J. / Margolies, M.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1979
タイトル: Amino Acid Sequence of the VH Region of Human Myeloma Cryoimmunoglobulin Igg Hil
著者: Chiu, Y.-Y.H. / Lopez De Castro, J.A. / Poljak, R.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978
タイトル: Amino Acid Sequence of the Variable Region of the Light (Lambda) Chain from Human Myeloma Cryoimmunoglobulin Igg Hil
著者: Lopez De Castro, J.A. / Chiu, Y.-Y.H. / Poljak, R.J.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1969
タイトル: Crystals of Fragment Fab': Preparation from Pepsin Digests of Human Igg Myeloma Proteins
著者: Rossi, G. / Choi, T.K. / Nisonoff, A.
履歴
登録1992年3月23日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG1-LAMBDA HIL FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG1-LAMBDA HIL FAB (HEAVY CHAIN)
C: IGG1-LAMBDA HIL FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG1-LAMBDA HIL FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7154
ポリマ－93,7154
非ポリマー00
水12,034668
1
A: IGG1-LAMBDA HIL FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG1-LAMBDA HIL FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8572
ポリマ－46,8572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
C: IGG1-LAMBDA HIL FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG1-LAMBDA HIL FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8572
ポリマ－46,8572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.600, 127.420, 66.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE 141 IN CHAINS *A* AND *C* ARE CIS PROLINES.
2: RESIDUES 155 AND 157 IN CHAINS *B* AND *D* ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: 抗体 IGG1-LAMBDA HIL FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 22767.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: PIR: S25738
#2: 抗体 IGG1-LAMBDA HIL FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 24090.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: EMBL: Y14737
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN THE SEQUENCE DATA BASE, THE SEQUENCE FOR THE HEAVY CHAIN IS INCOMPLETE AND THE SEQUENCE FOR THE ...IN THE SEQUENCE DATA BASE, THE SEQUENCE FOR THE HEAVY CHAIN IS INCOMPLETE AND THE SEQUENCE FOR THE LIGHT CHAIN IS NON-EXISTENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: referred to 'Rose,D.R.', (1990) Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 87, 338-342
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114.9 %(w/w)PEG80001drop
24.0 mg/mlprotein1drop
350 mMphosphate1drop
40.5 %(w/w)1dropNaN3
58.5 %PEG80001reservoir
650 mMpotassium phosphate1reservoir
70.5 %1reservoirNaN3

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 2.5 /
Rfactor反射数
Rwork0.173 -
obs0.173 64477
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6405 0 0 668 7073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.96
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 64477 / σ(F): 2.5 / Rfactor obs: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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