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- PDB-3vg0: Antibody Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vg0
タイトルAntibody Fab fragment
要素(Monoclonal antibody 9F8 Fab fragment ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Fab fragment / Immunoglobulin fold / N-linked Glycosylation site / Fab fragment / LBD domain of ObR receptor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Carpenter, B. / Hemsworth, G.R. / Ross, R.J. / Artymiuk, P.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of the human obesity receptor leptin-binding domain reveals the mechanism of leptin antagonism by a monoclonal antibody.
著者: Carpenter, B. / Hemsworth, G.R. / Wu, Z. / Maamra, M. / Strasburger, C.J. / Ross, R.J. / Artymiuk, P.J.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Monoclonal antibody 9F8 Fab fragment L chain
H: Monoclonal antibody 9F8 Fab fragment H chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4075
ポリマ－47,6812
非ポリマー7263
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.219, 39.966, 105.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Monoclonal antibody 9F8 Fab fragment L chain


分子量: 23873.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#2: 抗体 Monoclonal antibody 9F8 Fab fragment H chain


分子量: 23807.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-D-6-deoxy-Altp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 93分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH4.6, 25% PEG-4000, vapor diffusion, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54182 Å
検出器タイプ: MAR345 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月22日
放射モノクロメーター: Varimax confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→37.55 Å / Num. all: 21142 / Num. obs: 21142 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 82

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1cix, chains A and D for chains L and H repectively

1cix


解像度: 2.27→37.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.303 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2595 1047 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.1936 20419 --
obs0.1936 20419 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 223.4 Å2 / Biso mean: 36.8956 Å2 / Biso min: 14.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å2-0.38 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→37.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 47 91 3362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.9594598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0385430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.224.215121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96315488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2741511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.9711.52156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.35723486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.99131201
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.0274.51112
LS精密化 シェル解像度: 2.268→2.326 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 40 -
Rwork0.251 1129 -
all-1169 -
obs--73.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9617-0.15081.09041.58880.31671.4852-0.05370.162-0.03020.0790.1723-0.0495-0.00390.0702-0.11860.1356-0.0307-0.05210.15660.02980.228664.5641.36232.92
21.69210.6381.06181.31860.43560.9348-0.01320.06820.03430.0882-0.03140.05750.00140.01910.04460.2297-0.0215-0.03010.10310.00710.155133.7188.51128.457
33.53520.91644.56740.19431.28236.77440.13780.6009-0.3294-0.04810.2564-0.0713-0.27770.6069-0.39410.16470.0135-0.0080.3657-0.08050.068761.757-4.4912.296
41.2409-1.2346-0.41561.92471.24461.2085-0.02670.23640.14640.0056-0.0383-0.0486-0.07960.12070.0650.2281-0.0116-0.00220.12920.02390.142932.36316.35314.717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H3 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2H118 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3L3 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4L108 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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